波斯王子3:王者无双讲述的是发生在远古的波斯王国内的一场神秘的事件,玩家在这里扮演的是有着超人智慧和技能的波斯王子,王子在之前的战斗当中身心疲惫,带着疲惫的身体,王子回到了巴比伦王国当中。然而就是在这个时候,王子发现自己的王国已经被战争蹂躏了,名字叫做卡莱娜的女皇也被一个邪恶的黑暗组织控制住了,这一切的背后究竟隐藏着怎样的大阴谋呢?王子开始了一场神秘的追踪经历,冒险的来到了王宫之内,这个时候王子看到了女皇被杀害时的场景,由于王子目睹了一切,他被邪恶之箭重伤,倒在了宫殿当中。重伤的王子的灵魂被黑暗势力的病毒侵蚀了,王子即将成为黑暗势力指示的杀手,如何战胜自己,让自己摆脱黑暗势力的控制,成为拯救整个波斯王国的人,是玩家需要解决的一切。