极度恐慌：珀尔修斯的指令讲述的是一场发生在克隆工厂内部的军事斗争，玩家扮演的角色名字叫做什么，究竟来自于哪里，这一切从游戏的开头就是一个谜团，在谜团即将揭开的过程中，玩家又一次体验到了前所未有的恐惧，一场更大的阴谋即将拉开序幕。帕克斯顿是一名久经沙场的战士，他曾经对玩家说过，感觉玩家的长相和自己曾经的兄弟很相似，玩家始终没有搞清楚自己真实的身份，这句话引起了玩家更大的好奇心，要揭开自己的身世之谜。这一暗示揭示出玩家有可能就是当时的秘密组织ATC的一名克隆人产品，克隆人的原型被部队的指挥者否定了，他们决定利用原型的外貌和部分超强的能力，来克隆出貌似对方的更加强大的一名特种兵战士，于是玩家就这样来到了这个克隆工厂内，开始了一次刺激的旅行。
