迷一样的故事情节给了玩家神秘的体验,机密档案是让玩家不忍离开的充满悬念和破译谜题乐趣的平台。恐怖袭击永远是令人们恐惧和担忧的事情,玩家为了躲避恐怖分子的追杀和攻击,将四号机安全无损坏的运送到一个叫做NERV的总作战指挥部,开始了一场与恐怖分子斗智斗勇的军师探险。而机密档案正是揭开前几部作品当中出现的未能解开的秘密钥匙,玩家的名字叫做剑崎,这是一个充满了神秘色彩的名字,这个人物更是充满了神秘和超能力。剑崎在寻找机会搬运四号机的过程中,遇到了美里等六名美里的助手,她们各自都拥有着不同的技能,通过和她们之间的对话,剑崎得到了进入下一关的秘诀。一个个人类的谜团即将由玩家揭开,阴谋即将展现在玩家面前,玩家肩负着这个历史重任,由此成为不败战士。