命令与征服:红色警戒3讲述的是发生在前苏联的战争事件,事情的起因是由于前苏联的一场战争,在这场战争当中苏俄的部队一次又一次的战败,盟军决定要对克林母林宫进行攻打,军队的首领库可夫将军决定背水一战,由此玩家就加入到了这场充满了硝烟的战争当中,成为一名有着超人的技能的战士。在这场战争当中,军队的指挥者决定采用一款新的武器,叫做时空机器来对付敌人,当时空机器被开启的时候,意外却在此时发生了,历史因为时空机器的串改,苏联的领袖被取代了。苏联的总理变成了一名叫做查丹科的人,于是战局发生了新的改变,在查丹科的带领下军队大局进攻盟军,打退了盟军的一次次进攻。然而,这场战争却牵引出来一个相当令人震惊结局,究竟是什么样的阴谋在等待着玩家揭开呢?