沉寂四年之后，救世英雄再度出山。在黑暗统治的颓废社会里，弗里曼再次为了自由挺身而出，向以布林博士为代表的暴政提出挑战。游戏的风格承延前作，剧情紧凑，节奏明快，幽默的对白时常叫人忍俊不禁，巧妙的关卡设计使战斗过程充满新奇和挑战——几乎每关都会加入一些新鲜的道具和伙伴，如汽船、重力枪、侦察车、信息素囊等。
不同特性的敌人要利用对应的武器，战斗不仅要用枪，还要用脑，在很多情况下可以节省弹药。比如对付动作敏捷的猎头蟹，最好使用撬棍；对付僵尸则最好是霰弹枪；炮塔用重力枪；狙击手用手榴弹；远方的敌人则要用弩弓来“料理”。
战斗中还要时刻观察有无可利用的东西，如地上旋转的叶片、煤气罐，这些都是对付僵尸的利器，而散落的油桶也可引起连锁大爆炸，使附近大群怪物和敌人灰飞烟灭。游戏中还增加了谜题的份量，经常要利用重力、浮力等物理特性触发机关寻找出路，使冒险的过程轻松有趣，张驰有度。游戏不仅画面逼真细腻，声效也很具临场感，不足的是枪械的模拟不够真实，几乎感觉不到后坐力，箱子等重物拿在手里也轻飘飘的毫无重感，但瑕不掩瑜，它仍不失为本年度FPS经典佳作。
第一章 进入地点
第二章 “好日子”
克莱纳博士正在埋头寻找他的宠物，接着他打算利用刚研制完成的时空转输机将我送到伊莱博士那里。不久巴尼也赶来了，他在里间找到了克莱纳的宠物拉玛，原来这只所谓的“猫”是猎头蟹改造的调皮家伙，没有一点温顺的样子。穿上防护衣跑到屋角用能量插座补充能量，随后克莱纳打开传输机实验室的大门，走到右边的插座旁待命。爱莉克斯在传输机里准备传送，帮她将掉落的插头插好，然后扳动右边的开关，爱莉克斯顺利地传送到了伊莱的实验室。然而我在传送时被拉玛搞坏了仪器，结果几度被送到错误的空间，看到咆哮的鱼龙、办公室里的布林、焦灼等待的爱莉克斯等，最后回到了联合军护卫队控制的区域，我要靠自己沿着河道前往伊莱博士那里。
开始时位于电厂的平台（1）上，跳落地面进入围栏找到楼梯（2）上去，穿出铁门来到胡同，这时巴尼出现在屋顶（3），丢给我一根撬棍后离去。拿起撬棍打碎栅栏（4），下楼梯穿出走廊来到火车站的天桥。由断裂的天桥跳到地面，往左跳上第一辆列车的车厢（5），打碎木箱穿出去。这时有一辆火车呼啸而来，快速跑到车厢间隙（6）躲避，跳上第三辆列车的车厢（7），由竖梯爬到车厢顶部，跳到第四辆车厢上，纵身跃过铁网离开火车站。
第三章 运河航道
沿着幽暗的走廊下阶梯，前方看到两名护卫队员在袭击一对夫妇（1）。我用撬棍将护卫队员杀死拿到手枪，沿楼梯（2）上去杀掉一名敌人，右转又是一段楼梯（3），杀掉护卫队员来到天台，穿出铁丝网可看到下面的铁轨，站到铁梯的缓步台（4）上，跳到车厢顶部再跳到对面的平台（5），这时身后会有五名追兵，用手枪射杀后跳回去搜集子弹。用撬棍破坏屋门的木板，在废屋里射爆一架侦察机，穿出去到院落（6），这时平台（7）上出现三名敌兵，引爆油桶炸死他们。然后往左绕过去找到一处弯曲破损的铁丝网（8），跳过去会受到来自对面平台（9）敌人的袭击，射杀五六名敌人后进入胡同，在标志有“入”的地方找到一条通道（10），钻进去来到铁网另一边，对面又有一处敌人的伏击点（11），跑到通道尽头由铁网的缺口跳到铁路轨道（12）上。躲开呼啸飞驰的列车，沿通道前行右转看到敌人将油桶推了下来，迅速后退避开，透过玻璃窗射杀值班室（13）里的两名敌人。进屋看到铁路对面跳下来几名护卫队员，杀掉后沿通道往前走找到楼梯，上去过天桥横越铁轨，这时铁路（14）上出现两名追兵，射杀他们后用撬棍打碎木箱进入对面的楼梯间（15）。下楼梯来到平台，跳到铁路通道里射杀三名守候的护卫队员（16），在右侧（17）找到弹药和电池等补给。往右跳入河道游到尽头，在一辆废车厢的左侧找到竖梯爬上去，由天窗跳入车厢里找到接应的反抗军（18），一名弗地岗人为防护服补充能量。
穿出车厢沿河道继续前行，用撬棍破除几道木板和横栅栏，在前面看到桥顶吸附的藤壶怪，垂下来的绳状舌头待物而噬。对付它的方法很简单，在附近拾取杂物（如箱子、易拉罐、石头等）扔过去，怪物会将它们吸起吞噬，趁机穿行过去。从瓦砾堆里爬出去，看到右侧管道（19）里的反抗军被护卫队击毙，往右转射杀河道里的护卫队员和上方机枪手，在旁边的墙壁找到管道入口，由此进入反抗军避居所。拾取补给后由竖梯爬上去控制机枪（20），这时敌人开始发动攻袭，护卫队员蜂拥而至，空中还有侦察机飞来扫射，用重机枪将敌人全歼后结束战斗。
沿右侧的平台走过去，射爆支架（21）上的油桶，它会将支架的铁板炸掉，落下来铺通前方平台，跑到尽头跳下去，沿着堆满水泥管的河道走过去，注意避开头顶的藤壶怪，这里共有三个。穿出去是一个方形的蓄水区（22），往左钻进水泥管道，跳入蓄水池（23）。这时从天窗掉落几只油桶，在护卫队员的射击下发生连锁爆炸，将水道的铁栅炸开。在水中射杀天窗上的敌人，穿出管道来到河道的另一侧（24），射杀远处平台（25）的几名枪手，往前接近阻截河道的桥梁（26），上面出现四名枪手，引爆下面的一堆油桶将桥炸毁，河道的障碍清除掉了。穿过桥柱杀掉两侧跳下来的枪手，看到前面的两个桥洞被垃圾阻塞了。爬上土堆钻进狭窄的洞口，里面的通道（27）内密布藤壶怪，将油桶和轮胎等杂物丢下去，吸引它们吸噬，趁机穿行过去。由通道跳到河水中，敌人不断往下面投掷油桶，引爆，躲到水中射爆桥梁（28）上的油桶将敌人炸掉。由竖梯攀上平台跳到桥梁另一边，游到尽头爬上木台，连续几次跳跃到达另一侧的木台上，钻过水管到达里面的房间（29），在地上的水管上搭着一块木板，俨然是一块翘板，在房间搜集地上的铁块，将它们置于翘板的一端，差不多八块就够了，使翘起的一端朝向一旁的平台，跳上翘板迅速跑过去跃上平台。穿出隧道来到外面的河道，空中有一架猎捕直升机在盘旋，快速往左转，踏着浅浅的水湾找到阶梯。上平台打开铁门进入弯曲的梯道（30），在通道右侧有竖梯（31），爬下去拿到急救包和弹药。前行进入排水渠通道，在水渠（32）里有几具浮尸，在附近找到几个急救包。沿通道走到水渠出口（33、34）看到很多藤壶怪，将地上的轮胎和铁桶沿斜坡扔下去，趁它们的长须升起时跑下去。推门来到外面的河道平台，往左转疾速跑动，避免被空中的猎捕直升机射伤，拐入河道尽头的洞口（35），进去后收集一些补给，往前进入地下通道迷宫。用撬棍打碎箱子和木栅，打开通道，在一个房间（36）里遇到一名接应的反抗队员。打开门后飞进来三只飞锯，用手枪将它们摧毁，在离开这里前收集一下装备，由竖梯上去找到弹药和电池。离开房间沿通道走会听到飞锯的声音，隔着铁栅门（37）将里面的三只飞锯射爆，继续前行还有两只，引爆油桶炸掉它们。在迷宫末端的房间（38）拿取弹药和急救包，离开迷宫进入前面的水渠区域。沿水渠前行，在右侧移开铁桶找到一条暗道（39），在里面拿到补给品。往前来到有水池的房间（40），正中是旋转的十字轮，潜入水底在左侧墙里找到一条水道，游进去在中途找到竖直的水道（41）游上去换气，然后游到尽头浮出水面跳入通道（42）。
进入蒸气管道区域，往左转到尽头（43）射杀两名护卫队员，抢到冲锋枪和弹药，跳上管道，沿隧道一直走到末端，注意途中要避开不时喷射的蒸气，还有头顶的藤壶怪，用枪射杀再闪过去。转角处的尸体旁有弹药和急救包，走到管道末端在右侧用撬棍打开栅门（44）跳下去，在角落找到一条暗道钻进去，潜入水中游到水轮房间的铁栅另一侧（45），由竖梯爬上去射杀背对的一名敌人，这时前面卡车上有油桶滚落，迅速潜入水中等爆炸结束再出来。由竖梯爬上去，沿河道右转，在右侧墙壁找到通道，走进去消灭三只飞锯（46），继续走到一个幽暗的房间，打开手电筒在墙壁上找到排风通道入口，钻进去跳入一间放满油桶的仓库（48）。这间仓库的下方是个水池，水池上方有一根水管通往相邻的房间（49）。先爬竖梯跳到空中的管道上，往左走，爬到尽头跳落到平台上，来到隔壁管道纵横的房间（50），由管道跳到下方两根白色的水管上面，沿着它走到主管道的排水阀门前，转动阀门将水池中的水位提升，回到仓库（48）跳入水中潜下去，游过水管到达房间（50）。手中换上撬棍潜入水底，破坏几道木板条会有两只木辊浮出水面，爬上木辊跳到对面的平台。沿走廊出去后面前是一条水沟（51），爬竖梯跳到旁边的石沿上，沿木板走到对面跳落到水沟里，游过水沟攀上平台进入通道（52），打碎木箱消灭空中的飞锯，在右侧找到一座圆塔（53），由竖梯爬上去沿着木板搭成的栈桥顺时针绕过去，走到尽头跳落地面，穿出通道是水渠（54），跳下去沿木板跑到左边平台，跳上管道走到右边平台拿补给。由水渠下面的通道钻进去与反抗军（55）会面，通讯机里传来了爱莉克斯的声音，叫他们为我前往黑山基地东区提供必要的帮助。
从箱子里拿到弹药，往前进入杂乱的院落（56），这里会有运载猎头蟹的炮弹坠落，将猎头蟹杀掉后穿出去看到污水河流（57），踏上去会减生命值。由木板过去杀掉僵尸和猎头蟹，进入院落，避开空中摆动的电线踏木板过河，尽头的集装箱上带电，小心穿过铁箱不要触碰铁壁。来到院落（58）又有炮弹落地，杀掉猎头蟹后踏木板进入建筑，在平台（59）上找到接应的反抗军，她为我准备好了一艘汽船，于是开始了紧张的水上冒险。
在河流中冒险时要注意，受污染的水源（褐黄色）是不能沾染的。由开始的水道（60）开动汽船，遇到第一道闸门（61）时跳下汽船，跑到平台上转动阀门将闸门升起来。
第四章 水障碍区
汽船穿出隧道后左转，不远处有一处障碍（1），要沿着斜搭的木板飞过去，往右转抵达一座水池（2）前，这里有个谜题要解决。水池上方是个弯曲的木板，俨然是一根很好的翘板，现在还不能使用。先跳下汽船钻入旁边的管道到达水池上方，将里面的两只塑料桶推落到水池里，跑入水池潜到木板的底部找到一只铁笼，将水面的三只塑料桶全部放到水下的笼子里，这样上方的翘板就翘了起来。返回汽船由翘板飞跃到对面，沿河道飞驶过去途中（3）会遇到护卫队员的袭击，不用理会他们直接冲过去。前方有一道沟堑（4），靠左墙的斜坡前飞越过去，沿途的敌人用汽船撞死。遇到第二道闸门跳下汽船，由竖梯爬上平台（5）进入屋里，往前到车库射杀一群护卫队员和几只飞锯，旁边两间屋子里可补充装备。穿出房间来到庭院（6），射杀对面的机枪手，穿过庭院进到对面的屋子，杀掉里面的两名敌人，推门来到外面的平台，发现控制闸门的阀门坏掉了，注意观察空中的吊车，木架上的缆绳上吊着一捆铁料（7），将支架下面的油桶射爆，吊车缆绳上的铁料像巨锤一样砸向闸门，闸门瞬间被毁坏。巨大的响声触发警报，迅速抽身回到庭院，控制重机枪扫杀涌来的敌兵，清除完毕回到汽船沿河道继续飞驶。穿过闸门左转遇到水坝桥梁（8）上枪手的扫射，岸边装甲车发射的飞弹也密集攻来，驾驶汽船划着曲线躲避。冲过水坝后是一段弯曲的河道（9），沿途出现更多枪手，冲过去后前面是座双洞桥（10），敌人在桥前燃起一道火墙，从右侧的斜坡冲过去，下一座桥（11）直接由桥洞穿行，这里敌人火力相对密集，因此动作要快。
沿水道前行找到两只吊篮（12），将吊篮里的铁块取下，降下另一只，从里面拿到急救包和弹药。往前行驶遇到第三道水闸，旁边是一个码头（13），靠岸跳下汽船，打坏门锁进入房间（14），射杀几名护卫队员穿出房间，上楼梯来到天台的货场（15），这时不仅要应付集装箱之间的敌人，还要躲开空中猎捕直升机的扫射。穿过货场进入仓库（16），清除敌人后往右上平台，由三只集装箱跳到左边平台上，上楼梯到二层，再下楼梯到达外面的货场（17），进入控制室（18）打开水闸大门。回到汽船穿过闸门，这时空中的直升机会扫射并投掷炸弹，注意等炸弹自爆后再穿行过去。正前方的路被废船阻住，往右转开到水坝，利用水坝（19）的斜坡飞到相邻道水域（20），穿出一段隧道（21）是开阔的水面，沿着河流蜿蜒直上，在尽头是一连串的水管（22），穿过去有一段要沿水管顶部开过去，然后飞落到前方的管道（23）中。穿出管道往右转看到阶梯（24），沿左侧搭着的两根木柱开上去，飞落到前面的通道中。穿过开启的闸门（25）进入河道，往前穿过隧道是狭窄的河渠（26），进入主河道穿过几道桥梁（27），前方桥梁下的河道被一艘废船阻住，沿右侧的斜坡冲上去，飞跃到对面的平台上，旁边的大房子是船只修理厂（28），进去可找到生命和电力恢复点。将汽船停放到升降梯上，放到水中，跳上汽船沿主河道继续飞驶，穿过隧道（29）跳下汽船，这里要解决一个谜题。
前方的通道被隔断了，在左侧有一部起重机（30），先扳动地上的拉杆，回身由墙壁爬上竖梯跳上管道顶部，沿木桥走到墙边的雨蓬上，跳上前面的平台将旧洗衣机推下去落在吊篮里面，这样左边的吊架被升起来，上面的木板搭成斜坡，驾驶汽船沿斜坡冲上去跃过前方的障碍，沿河道进入山洞遇到接应的反抗军（31），进屋子里听他们照地图解说计划，那名弗地岗人将机枪组装在了汽船上。跳上汽船冲出山洞进入河道，射跑一架直升机后从一座铁轨桥底（32）穿过去，跳过斜坡往右转进入闸门，敌人将前后两道闸门（33）全部封闭想要瓮中捉鳖时，冲上右侧的平台跃入前方河道。避开飞弹往前看到隧道（34），等滚落的油桶爆掉再进去。在隧道两侧平台有很多敌人，远处射杀后再通过。穿出隧道落到河道，桥上的装甲车（35）可拦截飞弹将它炸掉。在穿过一连串的隧道后来到水坝（36），上面会滚落油桶，小心地避开它们射杀顶部的敌人，利用斜坡的冲力进入相邻的河道。往前来到一处港湾（37），这里有几只废弃的旧船，先将上面的两辆装甲车摧毁，在尽头找到一个红色的集装箱，射爆里面的油桶将后门炸开，穿过集装箱沿着通道逆时针开过去，冲上斜坡跃入墙壁里的管道。
穿出通道进入开阔的河滩地带（38），在这里会受到一架猎捕直升机攻击。躲避投掷的炸弹，趁它飞近时用重机枪扫射直至摧毁。往前找到一道闸门（39），爬上岗亭用阀门将闸门打开，冲上斜坡绕过建筑过桥，在平台上跳下去找到阀门（40）打开水坝的闸门，这时河滩的水位上升，驾驶汽船返回去，由几根木头飞跃闸门里，通过水坝。
第五章 黑山基地东区
第六章 “我们不去莱温霍姆……”
第七章 17号公路
第八章 沙地陷阱
第九章 诺瓦矿场
由开始的房间（1）推门来到牢房区（2），下楼梯到地下牢房找到墙洞（3）进入警卫室（4），来到走廊看到炮塔正在攻击蚁狮，用重力枪将炮塔摔毁，这样蚁狮就可在监狱通行了。往前到楼梯间（5）回到一层，在警卫室（6）的墙上找到生命和电力恢复点，监视器可看到监狱各处的警卫情况。由楼梯间（7）到二楼，往前在通道（9）摧毁两座炮塔，进入它们保护的大门，里面是有水池的房间（10），跳入水中游到对面的平台（11），沿通道进入炸掉天花板的房间（12），沿着堆积的水泥板跳到二楼，往前来到牢房区（13），这里会遇到四只猎头蟹。前方的道路被封闭，由炸坏的地板一直跳到一层。出去来到大厅（14），在平台（15）有两座炮塔，投掷手雷将它们炸掉，由楼梯上到顶层沿着走廊穿出去。来到房间（16）拿补给，将堵住走廊的箱子打碎，跑到尽头越过栏杆跳到大厅（17），在这里遇到第二只蚁狮卫兵，边退边战，不断用重力枪吸附油桶等物朝它投掷，身上有手榴弹或榴弹的话也拿出来使用，将它炸死后牢房各处的地洞会陆续跳出蚁狮，成为后面战斗的好帮手。
进入走廊（18）展开战斗，专心用霰弹枪对付空中的飞锯，蚁狮则是护卫队员的克星。来到牢房区的走廊（19），控制室（20）有一道电磁屏障，用重力枪将墙上的插头打掉消除屏障，进屋将墙上的开关拉下来，打开走廊的铁门。上楼（21）进入警卫室（22），用墙上的开关打开另一道栅门（23），和蚁狮一起进入走廊（24），将炮塔和士兵全部清除后，用重力枪将墙边的栅门移开，打碎盖板进入通风道，由此爬入排风室（25），用重力枪拾取屋里的杂物，如铁锹、木板、水桶等卡住巨大风扇的叶片，这样就可从风扇间隙爬过去了。来到走廊（26）射杀敌人，用重力枪将两座炮塔摧毁，将墙上的插头拔下来消除电磁屏障，这时蚁狮可以会合过来了。而后上楼梯进入牢房区（27）展开战斗，开枪射杀远处平台上的机枪手，走廊地上有激光探测器，蚁狮会前赴后继引爆它们，冲到前面走廊用手榴弹炸毁两座炮塔，进入附近的走廊清除机枪手和炮塔，由楼梯一直杀到四层平台找到控制室（28），在墙上找到生命和电力的恢复点，从窗户可看到敌人的增援部队赶来，派蚁狮去应付他们。在房间墙上按动开关，原路返回找到打开的铁栅门（29），进入走廊（30）遭遇几名敌兵，派蚁狮杀掉。往前面的走廊（31）有两座炮塔，用手榴弹炸掉。进入洗衣房大厅（32），这里的战斗仍然派蚁狮当主力，用弓弩射杀较远一些的枪手。由竖梯上平台进入厨房（33），这里有三座炮塔，在这里蚁狮会破坏煤气管道引起大火，穿出厨房上楼梯进入警卫室（34）拿补给，用墙上的恢复点补满生命。由警卫室破碎的窗口跳到大厅（35），在这里再次遭遇强悍的蚁狮卫兵，将它杀死后由大厅的一侧找到杂乱的通道（36），这时前后的路会被封死，往左攀上平台找到出路，从尽头的竖井跳下去。
第十章 牵连设备
由坑道爬出去是一条铁路线，在这里看到爱莉克斯的身影一晃而过，顺着铁路线往前走找到她，得知伊莱博士可能被关在封锁区某处，跟随着她跑进建筑，上电梯（1）进入走廊（2）开始战斗。杀掉三名敌人后，爱莉克斯到房间（3）进入基地的安全系统查找伊莱的位置，然后消除走廊的电磁屏障（4），跟着她上楼梯（5），在走廊（6）杀掉五名敌人进入房间（7），爱莉克斯利用电脑找到密封舱里的伊莱博士，打算利用克莱纳的传送门救他出去，可是目前传送门还没修好。
回到走廊（6）爱莉克斯离开，接下来要单独行动，不过会收到爱莉克斯的通话提示，并用敌人的安全系统来帮助通过这片封锁区。出门下阶梯，在左侧房间（8）杀掉两只猎头蟹拿到弹药，穿出走廊爱莉克斯会用电脑打开大门（9），走廊另一端的大门（10）却打不开，这时按她的指点到警卫室（11），打碎架子在后面找到排风通道（12），钻进去遇到三只猎头蟹。爬出排风道来到大厅（13），这里有激光探测器，小心朝一侧跳跃过去，杀掉猎头蟹后往前走，爱莉克斯打开门（14），马上进入警卫室（15），从箱子里拿到手榴弹。这时监视器里出现爱莉克斯切换的画面，有四名敌人潜行过来，投掷手榴弹将他们炸死。用手榴弹炸毁走廊（16、17）的炮塔和机枪手，对于通道（18）的屏障需要往房间（19）里投掷手榴弹将插头炸掉，使电磁屏障消除。走廊（20）拐角里的炮塔可用重力枪把它摔坏，远处的仍用手榴弹来炸。上楼梯进入大厅警卫室（21），马上按柜子上的红色按钮，里面有两座炮塔，将它们安置在大厅的两侧角落，不久爱莉克斯会启动炮塔程序，它们开始自动防御，扫射由大厅两侧大门（22）进攻的敌人，在杀掉几拨敌人后用枪打掉空中的飞锯。回到警卫室，爱莉克斯从天花板的通道跳落下来，操作电脑看到莫斯曼与布林谈话的一幕，原来布林劫持了她的爱人凡斯，致使她投靠护卫队使他们成功地绑架了伊莱。
第十一章 反叛者
在实验室与克莱纳谈话，在与巴尼通讯时，反抗军的集结区遭到联合军的炮击，于是我带上爱莉克斯的改良宠物阿狗前往增援。由电梯竖井跳下去来到外面的街道上，这时警报响起，阿狗变得狂躁愤怒，举起一辆汽车朝敌人砸去。跑到街道尽头阿狗打开一道沉重的大门，跑进院落后它却留在外面，跳上一架敌人的直升机离开。
往左由墙洞进入房间，出去看到楼梯和电梯间都堵住了，穿出有土堆的走廊来到户外的街道，在这里有反抗军的队员加入。沿着熟悉的街道往前走，在广场有三名反抗军战士正在摧毁电视墙，交谈后加入队伍。率领反抗军队员往广场右边胡同穿行过去，出胡同被困在铁网里，将盖在地上的石棉瓦用重力枪移开，地坑里有四枚跳雷，接近的话会自动引爆。用重力枪小心吸起来再轻轻放下即可解除，或者扔到远处引爆。由地坑爬出铁网，进入房间拿补给，穿出胡同来到大街，这时有一名医疗兵加入，有队员受伤的话会自动治疗。杀掉几只猎头蟹，空中出现的侦察机会投下跳雷，用重力枪吸附它们后当手榴弹使用，消灭街上的敌兵。由街道尽头的胡同穿行到下一条街道，射杀冲过来的敌人。不要跑得太快，地上有跳雷，清除掉再继续前进。穿过大楼来到另一条街道 （也可爬到顶楼打僵尸，不过没什么奖励），清除地上的跳雷，在街道前方有一个巨大的弹坑，这里没法直接过去。进入对面的大楼，在一楼打碎箱子拿补给，由楼梯间直接上三楼杀掉里面的驻军，穿过控制室找到墙洞跳下去，再由一楼返回街道。前方有道坚固的防御墙，不宜硬拼，进入对面的大楼，杀到顶层找到炸开的地板，跳到一楼来到防御墙的里面，投手榴弹将里面的敌人炸死，墙后有恢复点。爬防御墙的竖梯，沿着平台进入左侧大楼，穿过房间找到楼梯间，一直下到底层地下室，跳到炸开的墙洞里找到通道，出去是一条隧道，这里是反抗军的补给线，接下来要率领队员清除占据在这里的敌兵。
沿隧道前行会遇到大群的飞锯（1），边退边打消灭它们，这里的战斗会很持久，将飞锯消灭后往前找到一辆阻路的油罐车（2），在驾驶室旁找到一道弯曲的铁丝网。跳到铁丝网上，再跳到驾驶室顶（难度较大，多试几次），再跃到相邻的另一侧铁笼顶部，跳到地面用枪打开铁栅门进去。穿出房间遇到护卫队（3），利用柱子的掩护前行，投手榴弹先将机枪手杀掉。附近有很多油桶也可射爆来杀伤敌人，杀到隧道尽头（4）听到另一边反抗军队员的说话声，这时要抵御出现的飞锯，不久反抗军队员用炸药炸开前方的通道。穿过炸开的小洞，隧道旁的门被锁住了。跳上油罐车（5），看到前方是一片污染水源（6），这里不能趟水过去，利用身上的重力枪吸引木辊在水面搭成浮桥，到达污水的对岸。在隧道左侧找到倾斜的几根管线，沿着它走上去找到排风道口，爬进去跳入隧道一侧的走廊（7），跑回去为队员打开铁门。
上楼梯出楼遇到炮弹轰击，猎头蟹出现，杀掉它们后进入前面的楼房（8），上楼梯打碎栅板进去，穿过起居室、餐厅（9）继续上楼梯，找到炸开的地板（10）跳下去，房间里有名反抗军正在安慰MM。出楼找到一扇门进入楼（11），上顶楼再找地板的弹洞跳下去，杀掉窗口的枪手，对面的反抗军会放下吊桥，过桥进入对面的楼（12）里，沿着漆黑的楼梯走上去会遇到一群猎头蟹，打开手电筒射杀它们，然后找到地洞一直往下跳，遇到燃烧的猎头蟹和僵尸。穿出走廊来到街道（13），解除地上的跳雷后进入相邻的楼（14）里，在里面有几名队员加入。来到平台射杀附近埋伏的枪手，用拉杆放下吊桥到对面的楼房（15）阳台，进屋里拿到大量的补给。从地洞跳到底层，穿过几个房间消灭伏兵，找楼梯上二楼，找到一条燃火的通道，里面有大量的燃烧僵尸，杀到尽头跳下地洞穿出去找到楼梯。由楼梯进入走廊（16），进入房间（17），由地板的洞往下扔手榴弹，炸掉下面的几座炮塔，跳下去与爱莉克斯会合。沿走廊（18）穿行到另一侧走廊（19）找楼梯下去，在控制室有几名队员加入。出大楼来到广场，这里爱莉克斯要破解电脑程序来开启大门，要保护她10分钟左右。开始时敌人会从各处楼顶出现，还有零星的飞锯，后期敌人由两侧的电磁门穿过来朝广场中央进攻，要尽量用手榴弹轰炸他们。破解完成后用重力枪打一下身后的堆心，大门轰然开启。跑过大门发现前方的桥梁切断，敌人的直升机也在空中出现。
跳入河道钻入一条地下通道，由竖井跳下去，用重力枪将门闩扔掉打开栅门，进入通道摧毁两只飞锯，在尽头将铁架下的两只铁桶打掉。站上铁架跳到管道上钻进通风道，越过前方的铁网栅栏跳到另一端，进房间杀掉三名士兵，跳到下一层绕到一侧，在窗口使用重力枪打开铁门。继续走是一条水道，僵尸和护卫队互相厮杀。先沿右侧通道走，跳到河道底部找通道进入厂房。爬上工厂车间的平台，到控制室将吊车移过来，乘吊车到达二层平台。往左爬竖梯跳到空中的管道，走到吊车的轨道上，再沿着它跳到三层平台。走到左端爬竖梯到第四层平台，走到对面跳下一层进入大门。
第十二章 跟着弗里曼
下楼梯在房间内找到队员加入，来到街道遭到楼顶狙击手的攻击。这时不用还击，利用街道两侧的角落藏身，然后用快跑（Shift）到下一个安全位置等能量恢复。在商店里找到一名女队员，得知巴尼在屋顶被狙击手困住不得脱身。跑入大楼在洗手间拿到补给，听到救命声跳入下面的水里找到受伤的队员，得知其他人在楼上。消灭出现的七只僵尸，由楼梯上去找到困在楼顶的巴尼，然后从箱子里拿到手榴弹，再确定两名狙击手的位置，朝窗户里扔手榴弹炸死他们。
和巴尼一起来到街道，他会操作电脑打开防御墙。由楼道穿出去来到庭院，这里遇到伏兵，用重力枪投掷油桶炸死他们。上阶梯进入大楼，由走廊的窗户看到博物馆的大楼，据巴尼所言，那幢大楼的顶部安装了抑制系统，要把它关掉才能穿过那里。来到房间被敌人发现，一道白光射过来能将人体融化，那就是博物馆顶的抑制武器。下楼梯穿出走廊来到户外街道（1），前方通道有电磁屏障，沿街道走到末端进入仓库（2），沿途要躲避白色光柱，沿着围栏一直跑到另一侧的房间（3），放出铁笼里的俘虏，带着他们穿过广场跑到博物馆大门的右侧屏障（4）前，用重力枪打掉插头。进入大楼后上楼梯，在走廊里遇到蓝色激光，上前触发它会出现一座炮塔，将手榴弹扔到炮塔里面炸掉它，巴尼上前用电脑打开大门。进入大厅（5）看到穹顶的直升机，大厅附近有几道电磁屏障，要关闭发生器才能消除它们。走到大厅另一侧的小门（6）前，门口有激光触发它，用手榴弹炸掉两座炮塔。找到楼梯间（7），上去在房间（8）释放战俘，炸掉两个炮塔进入控制室（9），用重力枪关闭发生器。过天桥（10）进入走廊，沿着它抵达仓库（11），进去后两侧大门同时关闭，走廊上出现敌人围攻，这时用重力枪透过墙洞在走廊上安置跳雷，然后守在墙洞射击跑动的敌人。在杀掉10余名后，大门被敌人割开，敌人由两侧攻进屋里，保护巴尼的安全，杀光敌人后穿过走廊到控制室（12）关闭第二台发生器。接下来走天桥（13），不用触发走廊尽头的炮塔，往右转进入房间（14），里面激光密布，不要触碰它们，利用设备（管道、铁架）跳过去。地上的跳雷用重力枪解除（不要引爆），跳到房间的另一侧按动开关将所有激光关闭，巴尼跑进来会合，进入控制室（15）关闭第三台发生器，这时所有的屏障解除，大厅的出口被打开。解除三只跳雷进入控制室，巴尼打开楼梯间的大门，三名队员加入队伍，巴尼离队。
来到楼顶杀掉一群敌兵，在门口旁拿到无限榴弹箱，这时空中出现直升机，用榴弹炮摧毁它，然后敌人的运输机会投下一队士兵，打开一道铁门冲过来。杀掉他们后沿铁门出去来到大楼另一侧，用开关放下天桥进入对面的建筑，找到炸坏的地板跳下去。回到博物馆前的广场，这里出现四只巨大的三角机甲怪，快速跑动跳入巨大的弹坑，穿出去跳到街道对面，在角落里有一只无限榴弹的箱子，使用榴弹炮将机甲怪全部炸毁，而后进入街道尽头的院落找到楼梯下去。穿过地下停车场上楼梯，沿着残垣断壁爬上去，在楼梯间找到另一只榴弹箱，消灭街上的机甲。由走廊的地板大洞跳下去，穿过地下停车场来到另一处废墟。据队员所说，这里的街道被机甲所占据，下面要做的是寻找制高点来压制它们。沿着断墙和柱梁一直往上冲，在平台上找到榴弹箱，将两只三脚机甲炸死后，踏着空中的铁梁走到废墟边缘，纵身跳落到街道上遇到阿狗。在杀死所有敌兵后，跳入阿狗打开的地下通道。
第十三章 我们的恩主
沿山洞往前进入昏暗的山谷，前方的路断掉了，这时往左沿峭壁一路跳过去，这里的道路异常险峻，稍有不慎便会摔得粉身碎骨。由水管跳到中央往复升降的石台上，再跳到相邻的通道。沿石径一直走，途中会有升降的石柱小心被砸到，往前看到有两排运输舱的空中轨道，其中有一排要进行电子灭菌。跑到另一侧进入航道相反的运输舱，接下来展开一段奇妙的旅程。
进入检查站后所有装备被自动清除，这时敌人来袭，迅速跑到角落拾起充满能量的重力枪，重力枪此刻威力增加，几乎可以吸附远处的敌人，摔出去使他们融化掉。前方一路没有岐路，一边听布林的唠叨和说教，一边应付沿途围截的敌兵，在尽头找到升降梯一直到达上层。前面的电磁屏障用重力枪吸引能量球来消除，找到升降机后会遇到大批飞锯和敌兵，按动开关等平台降下来。
升到顶层沿通道杀过去，在宽大的走廊遇到大批敌兵，快速往前冲并处理掉敌兵，然后出现一只巨大的三脚机甲，吸引两侧的能量球摧毁它。在左侧有道屏障，将光柱里的三只能量球吸出来可解除它，然后跳下去找到运输舱继续在城堡中穿行。
第十四章 暗能
运输舱最终被布林所捕获，在莫斯曼的带领下去见布林。在中央室里看到布林正在劝说伊莱放弃抵抗，并以爱莉克斯的性命要挟，这时莫斯曼突然倒戈解除了我们三人的束缚，布林见状不妙仓皇逃跑了。
跟着爱莉克斯进入升降梯，出升降梯进入一间实验室，结果布林又跑掉了。爱莉克斯打开了电梯，接下来要去破坏暗能聚变堆。在大厅听布林演说完，往右侧等柱子升起来跑过去，吸走左侧光柱中所有的能量球。由升降的柱子跳到对面的平台，绕到右侧再往中间的通道跳上柱顶，升上去后一直往上跳跃，最后到达顶层平台看到布林开始启动传送门。跑到平台的左侧，用重力枪吸附光柱里的能量球消灭两架直升机，然后朝传送门下方的白色光团发射能量球，直至将白光和传送机摧毁。布林在爆炸声中消失了。
任务终于完成了，神秘的G-man再次出现，看来说不定什么时候他还会交给我什么有趣的任务……
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