最近发生一连串孩童杀害事件，亨利和库伯决定前去探察。驱车来到废弃的地铁口，亨利独自一人深入探索。
第一个场景直接无视，进入亮着的车厢，在车厢内取得一个空的易拉罐、一捆电线以及一根铁管。
从右侧车门出去，在上方角落取得一个电动玩具人。
左下角落玩具箱里找两次，先后得到玩具电话和玩具键盘。
回到第一个场景，在左侧发现一个皮箱被压在废墟下。在皮箱把手上使用电线，之后在绑着电线的柱子上使用铁棒，皮箱被拖出来，从里面找到一把小刀、一把螺丝刀、一卷胶布。
螺丝刀和电动玩具人组合可得到电池组；电池组和键盘组合；小刀和玩具电话组合可得到电话听筒；小刀和易拉罐组合可得到一片铝片。
来到铁门紧锁的场景，在挂锁上使用铝片，打开挂锁，进入一个布满石像的区域。
亨利被抓获并接受审判，回答白发老者彻克的问题，当彻克问有什么理由不杀他时，选择最后一项“智力超群”。接下来的三个国际象棋拆招，分别选择第3项、第5项和第4项。彻克决定不直接杀死亨利，而是让他解谜。
剧情后，亨利在急切寻找儿子丹尼斯的疯子鲍瑞斯的监视下，不得逃脱。既然是疯子，耍耍他，对他使用玩具听筒，他会正儿八经的打起电话来，此时偷走他口袋中的黄色听筒。
来到有破损电话的场景，在自动售货机上使用教主给的地铁币，得到硬币一枚。
在破损电话上使用黄色听筒；再使用键盘和硬币，电话拨通；正在车上睡大觉的大块头库伯接到电话立即行动起来。
现在由库伯行动，先调查车头部，得到火柴和车钥匙；对车尾部使用车钥匙，得到棒球棍和一桶汽油。
调查垃圾桶得到一块破布；调查一旁被破坏的铁丝网，得到一根铁丝。
组合破布和棒球棍；再将汽油组合过来；最后组合火柴，得到火炬。库伯举着火炬进入了隧道。
来到列车旁场景，捡起地上的电线和柱子边的铁棍。用铁棍撬开车厢门。
进入列车，一尊雕像披着疯子鲍瑞斯的外衣，走过去调查两次，分别拿到红色听筒和手枪子弹。
来到列车右侧区域，调查破损的篮筐，将它整个掰了下来；调查右上方的砖石堆，将砖块搬开；对门锁使用铁棒，将锁撬开。
进门，组合篮球筐和电线，然后在场景上方的大铁管上使用，越过深渊。
从铁柜上方取得手枪，组合好子弹；调查一旁的铁柜门，将它铺在场景中间的铁杆上，然后回到外面场景。
上楼梯来到教主所在区域，看到亨利被鲍瑞斯反绑着，彻克正在作最后的宣判。情况危急，不由多想，直接使用手枪朝彻克射击，干掉他后再轻松击倒鲍瑞斯，被推下地洞的亨利安然无恙。
亨利决定不烧掉两个疯子，将它们背上车后座，驱车离开。途中，曾被子弹击中眉心的彻克竟然站起身来!......
回到现在，亨利怀特已成为某财团老总，当日召开了手下的雇员约翰。约翰前不久在调查“血肉神教”事件时遭遇不测，醒来后失忆了，忘了自己是谁。亨利要求约翰马上前往巴黎，继续调查“血肉神教”。
到达巴黎，住进豪华酒店套房。调查房间中部的画，发现背后有一保险柜，但打不开；调查书桌得到拆信刀、钢笔和笔记本；调查书桌上方的三幅画，触发回忆，原来自己当初并非如亨利所说要自杀，而是被逼迫喝下某种药水...
来到露台，从桌子上取得欢迎卡片；在马头雕像上使用拆信刀，刀尖被磨断。
进入卫生间，分别拿取玫瑰精油、手霜、毛巾、肥皂。
组合玫瑰精油和手霜，触发回忆，自己当初应该在镜子上留有文字。对右上角的排风扇使用拆信刀，打开盖板；使用毛巾将排风扇堵死。
调查热水笼头，放热水，镜子上显示隐形文字“ALCHEMY”。
回到卧室，对遮盖保险柜的画使用拆信刀，发现一张部分镂空的卡片。
到阳台，对着远处的埃菲尔铁塔使用镂空的卡片，看到词语“REVOLLITION”。
到卧室床头给前台打电话，选择最后一项两个词语，取得自己当初保存在前台的邮包。
用拆信刀打开邮包，得到一副泳镜和一张写着“EVEGREEN...”的纸。赶紧给亨利打电话，问他关于“EVEGREEN”的事，得到提示。
到露台，打开墙壁上的浴池开关，对浴池使用泳镜，看到一个8X8的方格区域被标示出来；再对泳池使用拆信刀，撬开E7格子，得到一个纸包，打开纸包，取得保险箱钥匙。
回卧室用钥匙打开保险柜，取得一张卡片，同时一位女子的形象出现在脑海，她是谁？约翰决定次日去古董店查访。
第二日，约翰来到古董店，感觉美女店主很眼熟...刚一自我介绍，就迎来当头一耳光，记忆也被打了回来，原来 约翰和该美女泼丽几个月来有一段罗曼史。半个月前约翰说回酒店准备下行装就来接她一起走，可一去不回..泼丽满心怒气，将一柄钥匙交给约翰，让他拿了父亲的日记就离开。
从左侧矮桌上找到珠宝放大镜，中间小台子上找到剪刀，和店里几位客人聊聊天，观察二楼左边的日本武士盔甲，触发一点回忆。用钥匙开门进入仓库。
仔细搜索仓库，在左边墙壁上得到十字架；在铁架子上得到油灯；在左侧台子上得到一个装满木螺丝的木盒；在下方桌上得到一根木棍；在右侧墙壁中间的暗格中得到一盏紫外光灯；在右侧墙壁上部得到密码图。
回商店，对右上方墙壁挂着的画毯使用密码图，得到木螺丝使用提示。
到仓库，对大十字架使用木盒，进入十字架视角，分别对十字架上下左右四个孔位装上如图四颗木螺丝，中间位置孔槽开启，之后将小十字架安装上去，打开下方暗屉，得到日记本。
木螺丝如图安装。
翻开日记本，回忆随之而来，自己曾被囚禁折磨，而罪魁祸首就是亨利，自己一直信任的亨利！
组合剪刀和日记本，得到捆扎日记本的丝带；组合丝带和木棒将丝带绑在木棒上；再组合木棒和紫外光等，看到帕皮教授留下的讯息。
和泼丽交谈，突然红衣男子出现，一枪一个干掉了店里的游客夫妇。约翰趁机逃进仓库。
调查墙壁上的暗屉，发现泼丽已将二楼钥匙藏在了里面。取出钥匙上二楼，先使用油灯润滑一下锁孔，然后用钥匙开门出去。
小心移动到日本武士铠甲处取得武士刀，陷入回忆...
原来自己曾苦行三个月，找到盲眼大师训练体格精气，拜习神奇刀法...
和盲眼大师欧拉克阿德夫对话完毕后，调查龙头取得武士刀，调查水缸得到水杯。
用武士刀撬开侧面墙壁的窗户，阳光照进来。开始和大师玩猜拳游戏，这下可以作弊了，自己想好出指后，观察墙壁上大师手指的影子，就能知道他要出的数字，这样必胜！先后赢他3次，取得大师的牙齿、烤鸡和螺丝钉。
出门来到门厅，在刚出来的大门处使用剃刀，取得螺丝钉和门把手。
向右走出到天桥场景，从门口平板车上取得一捆绳索；从下方桥头地上取得木板。
回门厅，向下来到转经台，从墙角取得一个袋子。
组合门把手和木板和螺丝钉，制造撬板；在撞钟木一端使用撬板；在撬板高的一端使用食物袋子；在升起的撞钟木尾部使用绳索；调查撞钟木敲响大钟；一只蓝色的神鸟飞临鸟巢。
大师表示约翰通过了自己的考验，并将精妙的武士刀法悉数传给了约翰！
回到现实，约翰手持武士刀，飞身下楼，将红衣杀手制服，最后泼丽一枪结果了杀手。
约翰和泼丽交代完毕后，回到纽约。在纽约与催眠状态的鲍瑞斯谈话，被鲍瑞斯勾出又一段回忆...
鲍瑞斯讲，约翰拥有复活的能力，他就是当初被库伯枪杀的彻克。每次约翰死而复生，都会失去记忆。两人一同回忆起亨利和库伯驱车将它们运回装备库那日的情景，约翰在车上复活并且变得年轻，在车辆停下时偷偷溜出了车，之后又返回来救鲍瑞斯。
向右走到铁路场景，在铁门处使用地铁币，打开门并取得约束带；调查左侧地面得到一块木片；调查列车打开车厢门，在左侧物品堆中找到摄像机，在右侧箱子下方找到一卷胶带。
回到装备库门外场景，在左侧路灯下捡起几个轮胎。
向左进入塔楼底部场景，在右侧垃圾堆里找到一片圆锯；调查左侧的遮盖物，找到一个测距仪和一块帆布；组合圆锯、木片和约束带，得到一个凿洞装置；在塔楼底部图纹处使用凿洞装置，凿出一个凹洞；调查塔楼上部竖梯，可登上塔楼。
先不上塔楼，在三脚架上使用摄像机，拍下一段录像，为了提醒待会儿死后复生的自己知道一些事情。
接下来爬上塔楼，捡起地上的油漆桶；先后组合轮胎、摄像机、帆布、胶带、油漆桶，将摄像机裹得严严实实，并画上“Y”标记，好让复生的自己注意到。
先扔下包裹严实的摄像机，然后纵身一跃......约翰果然又睁开眼睛......
醒来身处装备库，从中间位置单个的杂物桶中找到一根连接线。
在右侧墙壁上的铁盒上使用帆布，砸开玻璃取得手斧。
进入里间控制室，用手斧撬开左侧的铁柜，取得控制台说明书。
进入控制台视角。在右侧孔洞处使用连接线；然后在同一位置使用摄像机，成功打开监控视频；按动长方形的红色按钮，监控视频会依次切换，切换到频道6时，发现鲍瑞斯正被拘禁在某个房间中。
按下控制台中部标示着“OVEN”的灰色按钮，听到咔吧一声，火炉房的电控门被激活。
在控制台左边的一排开关上使用说明书，了解各个开关的作用；然后打开标示着“F”的开关，关闭室内电灯；库伯从拘留室跑出来查看，黑暗中，约翰运用大师那学到的功夫，飞起一斧劈在库伯额头上，将其击昏...
对火炉房电控门使用帆布，约翰披着帆布冲进火焰，到拘留室救出鲍瑞斯，将他扛到装备库边列车上。
正准备上车离开，几声枪响传来，约翰应声倒地，原来是亨利追赶过来，并朝受伤的约翰身上猛补了N枪......这段回忆结束，正与催眠状态鲍瑞斯谈话的约翰陷入了沉思：自己是约翰，也是彻克？
根据帕皮教授的日记本线索，约翰和泼丽驱车来到了圣母大教堂遗址，调查神秘的血肉神教。先从一开始的十字架场景退出来，调查左侧石碑处，取得一把断柄的刷子。
来到右侧的露营区，和泼丽聊聊天。拿取墙角的铁锹、一口铁锅和平台上放着的所有8个元素瓶子。
回到大场景视角，对远处的湖水使用铁锅，得到一锅冷水。
到露营区，先将醋元素瓶（VINEGAR）和装满冷水的铁锅组合；然后对野炊炉子使用铁锅，再使用打火机，将铁锅里的醋水煮热；最后将铁锅回收。
到中央十字架场景，对十字架前地面使用铁锹，将周围泥土撬去，得到一枚硬币。
将刷子和热的醋水铁锅组合一下，再对十字架使用刷子，可以清除表面的藤蔓和污垢；十字架各端的孔洞都露了出来。
十字架右侧的孔洞需要使用小刀来撬开盖子。
接下来在各个孔洞放置正确的元素即可：上孔放盐（SALT）；左孔放硫磺（SULFUR）;右孔放汞（MERCURY）;下孔先放入酒精（ALCOHOL）,再使用打火机点燃。密室门打开，约翰进入地下密室...
约翰点燃墙壁上的”Y“型符号，远古回忆席卷而来：原来自己（最初生命）曾经是血肉神教教主的左右手，名叫米古尔德.卡斯特罗，作为撒旦的信徒，干下了许多伤天害理的坏事，有一次在执行谋杀50人的秘密任务时，出于怜悯放过了一个孩子，因此被神教抓捕并审判。审判结果是赐予他永恒的生命（死后重生），重生后继续为撒旦服务。被灌下神秘药水后，心脏被扎进尖刀，正当弥留之际，看到外敌入侵神教，整个血肉神教被作为邪教绞杀......
库伯带领一群黑衣打手突然赶到，将约翰团团围住。约翰已迅雷不及掩耳之势撩翻近身两打手，腾跃到发电机旁将发电机关闭，整个地下密室一片漆黑...
再次回忆起在盲眼大师处修行的经历。在寝屋内，先拿取大师身前中间碗里一块黄油；再对左边的碗使用空杯子，取得半杯蜂蜜。
出门来到露台右侧的天桥场景，对桥右边的升降装置使用黄油，润滑卡住的转轮，之后转动转轮升上铁桶；对铁桶使用武士刀，取得一个带绳索的空桶。
对天桥中部下方的龙头雕像使用空铁桶，可取得冰柱。
回露台，向下到撞钟台，从墙角单个的袋子中取得玉米。
到露台，对左边缘中部的孔槽使用杯子，将蜂蜜倒进一个孔槽中；再对孔槽使用玉米，将玉米粒放置到另一槽中。此时对面崖顶的蓝鸟被吸引过来，两脚踩在蜂蜜上将玉米啄食一空，然后逃之夭夭。接下来再去撞钟台取得玉米，重新放入露台边缘孔槽中，那只蓝鸟又来啄食，飞走时将脚底粘带的真理之花种子粘在了蜂蜜孔槽中！调查蜂蜜孔槽取得真理之花种子。
对露台上的香炉使用装着冰柱的铁桶，使冰柱融化，取得一桶水。
来到天桥场景，对墙边的枯树使用武士刀，将枯树撬走，留出一个坑槽。然后对坑槽使用真理之花种子；再使用装满水的铁桶...几周之后，真理之花盛开，约翰将花采来交给大师，完成考验。
黑暗中，盲眼大师终于将毕生绝学——“神秘感应”悉数教授给约翰。
回到现实，黑暗中，约翰运用秘技“神秘感应”将敌人一一击倒在地。突然灯光重新亮起，原来是一直冒充自己母亲的伊莲博士拉上了电闸。定睛一看，泼丽已被亨利抓住，正用枪顶着脑袋。
亨利要求约翰立即为他配置永生药水，他也要得到永恒的生命。约翰自然不肯就犯，阴险狡诈的亨利早有预谋，向泼丽身上射了一枪，泼丽倒地流血不止，生命只剩最后二十多分钟。为了救活心爱的泼丽，约翰别无他法，利用脑中恢复的记忆，快速调配了永生药水，并在最后关头给泼丽味服下去，泼丽喝下药水后，停止了呼吸...
在等待泼丽起死回生的期间，约翰分别向亨利、库伯和伊莲三人发问，了解了更多事实真相。伊莲之所以伪装成约翰的母亲，是受亨利所胁迫，再则，亨利答应她事成之后会分得一杯永生之水。库伯一直是亨利的死党，对他忠心耿耿，且为了同样分得永生之水，帮助亨利干尽了丧尽天良的事。
事实上，自从两年前约翰（也就是彻克）被亨利抓获并被发现拥有不死之身后，一直被囚禁并受尽折磨。两年来，亨利责令库伯对约翰进行日复一日的严刑拷问，目的就是问出永恒生命的获得方法。期间，约翰被折磨致死50余次，但每次又会死而复生。问题是，复活的约翰不会保留前生的任何记忆，他自己也不知道永恒生命的取得方法...
最后，亨利通过帕皮教授（泼丽的父亲）和伊莲博士的调查，发现永恒生命和血肉神教有关，而约翰在接触某些特定事物时能够回忆起一些前生的记忆片段，于是他设下了一个大局，放出了复活的约翰，并骗取他的信任，为他调查血肉神教的真相，其真正目的是让约翰在调查的过程中恢复前生的记忆，取得永生之水的配方。而一切进展的都很顺利......
戏剧的一幕发生了，谈话中，约翰揭露了亨利的假面孔——他是绝对不允许别人和他分享永生或知道太多真相的。一旁的库伯和伊莲同时向亨利投来疑惑的目光，亨利狗急跳墙，一人一枪杀害了自己的盟友库伯和伊莲。
此时，泼丽从死亡中复活，由于在喝下的永生药水中添加了汞，前生的记忆得到完整保留。她愤怒的冲向亨利，只换来更多的子弹，再次死亡倒地。转眼间，已证实药水效用的亨利举杯喝下了永生之水......
春风得意的亨利万万没想到枪中子弹已经射光，面对步步近逼的约翰仓惶后退，脚下一绊摔入无底深渊。约翰却一个箭步拉住了他。（选择约翰进入A结局）为了给不死的亨利留下一个便于识别的记号，约翰从身旁的地上拿起已经被火焰烧红的匕首，在亨利手掌刻下了”Y“形印记，之后松开手指，将罪恶的亨利放逐进无底深渊...
春风得意的亨利万万没想到枪中子弹已经射光，面对步步近逼的约翰仓惶后退，脚下一绊摔入无底深渊。约翰却一个箭步拉住了他。（选择亨利进入B结局）在亨利巧舌如簧的哀求下，约翰动了恻隐之心，将他拉回地面。然而......邪性不改的亨利暗自捡起被火焰烧的通红的匕首，趁约翰不备一刀将他捅落无底深渊...
春风得意的亨利万万没想到枪中子弹已经射光，面对步步近逼的约翰仓惶后退，脚下一绊摔入无底深渊。约翰却一个箭步拉住了他。（选择库伯进入C结局）库伯中枪后并没有死，此时站起身来，走到深渊洞口一把拎起慌乱不堪的亨利，如今再也不可能听信他的狡诈谎言，只可惜自己一直信任的这份友情。一松手，亨利掉落万丈深渊...
（A结局）将地下密室封口掩埋之后，约翰与泼丽拥抱在一起，噩梦般的日子已然结束，从这一刻起，两颗相爱的心将共同谱写平静幸福的无尽人生......黑暗密室内，库伯并没有死，隐约听到深渊传来熟悉的口哨声，”亨利？“库伯走近查看。难道宿命的对决才刚开始......（全剧终）
（B结局）获得永恒生命的亨利将地下密室掩埋封口，欲将约翰永久封葬在地底深处。拖走泼丽的尸体，亨利暗自得意，因为他得到了一个新的不死玩偶...黑暗的地底深处，约翰复生醒来，看一眼手掌上的”Y“形印记，记起了前生的一切：”亨利！“愤怒的吼叫表明，他要重新开始他的复仇之路...（全剧终）
（C结局）约翰、泼丽、库伯三人将地下密室封口掩埋，库伯拖着受伤的身体离开，而约翰与泼丽相拥在一起，憧憬美好的明天，一切都结束了吗...黑暗的地底深处，亨利复生醒来，具有前生的一切记忆，他沉思片刻，注意到身边一把明晃晃的武士刀。“这应该很有趣！”亨利说完操起武士刀朝自己手臂猛砍下去...他是要用无数自己的断肢来逐渐填满深渊，经过无数次死而复生来爬上地面！...（全剧终）
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