Big Boss，也就是本作的Snake（他和四代主角Solid Snake算是父子关系），在三代「食蛇者行动」中亲手杀害被冠上叛国罪名的师父「The Boss」，也从她手中继承了「贤者的遗产」，在Kaz的帮助之下建立了海上的「MSF（无国界军队）」组织。这是一个专属于佣兵的国度，不隶属于任何国家。同时，曾与Snake携手建立美国特务组织「FOX」的Zero少校，则秘密建立了另一组织「Cipher」，并且派遣双面间谍Paz渗透窃取MSF的新型兵器「ZEKE」 ，然而事迹败露，Paz被Snake打倒后落海生死不明。
Snake：让你久等了吗？我：哇嘎嘎嘎！ ！ ！ （失控粉丝）
这次Snake要拯救的人之一：Chico。那Paz又身在何处？
当然一个拥有大型兵器与众多佣兵的组织，是不可能见容于其他军事强权的。就在Snake意外接获Paz生还的消息，得知她被美军俘虏至古巴基地拷问的同时，联合国也表示要查验MSF是否持有核武。由于Paz是唯一知道Zero所在地的关键人物，于是Snake决定趁联合国的「客人」造访MSF时，只身冒险潜入古巴基地，救出Paz与之前冒进救人反而也被俘虏的少年兵Chico。然而，Snake却不知道他与MSF早已深陷谜样组织「XOF」的陷阱当中…
XOF首领「Skull Face（骷髅脸）」。他口中的「讨伐海盗去」又是什么意思？
《合金装备5：原爆点》承继了系列作的传统，是一款正统的匿踪游戏。玩家越是不被敌军察觉与避免杀人，不但对战局极为有利，任务过关评价也会变高。 《原爆点》采用了现行匿踪游戏流行的标记系统，只要利用望远镜或一定距离内举枪瞄准，就能标记敌人以便追踪其动向。除此之外，Snake还带了一个就算是现在的科技也做不出来的情报装置「iDroid」，玩家可以利用它查阅地图、标记目标地点，甚至呼叫直升机等等。而玩家藉由胁迫敌兵而获得的情报也会收录在iDroid中。
用方向键即可切换武器。初期有麻醉枪、灭音步枪与手榴弹可用。
用望远镜即可标记敌兵。
超不科学的iDroid。可以用A键标记目标地点，游戏画面就会出现箭头指示。
还可以呼叫直升机，降落区的危险度都各不相同。
最安全的降落区其实就是Snake任务开始时站的地方。
但千万别以为敌兵是好惹的，《原爆点》敌兵的视力与警觉性远远超过系列前作登场的「前辈」。一旦发现任何风吹草动，或是发现同僚倒地、摄影机被破坏、无线电没人回，他们就会请求总部支援并加强巡逻。除了敌兵，监视器也是很讨人厌的玩意儿，正当你以为自己神不知鬼不觉，头上的监视器就对着你笑，笑到敌兵增援为止。当然你可以把监视器打坏，不过总部还是会发现有异状，派一两个小兵到「案发现场」巡逻，总之，不管怎么做都有风险。
当敌兵有所警觉时，画面上会出现白色弧光指示敌兵的位置。而且背景音乐也会变。
Snake的天敌：监视器。
但是《原爆点》也不是完全没有对玩家让步。本作取消系列作以往的警戒倒数制，你只能以画面左侧的文字资讯判断敌兵的警戒状态，假如被敌兵发现，会出现慢动作镜头，此时如果你反应够快把敌人击倒，他就不会呼叫增援，你的任务评价也不会因此受损，我只能说这是《原爆点》做得最好的新系统。就算你被追杀，本作也采用了现今主流的自动回血制，Snake不用狂嗑军粮，找个地方龟起来等画面上的血迹消失，又是一条好蛇。至于从三代开始就几乎成为MGS代名词的CQC（近距离战斗术），在《原爆点》中又更加帅气顺手了。当然，从《和平先驱》开始导入的连续CQC也依旧健在。
左侧显示敌兵进入警戒状态。此时千万别白目四处趴趴走。
等到显示出回归正常巡逻后再行动吧。
一旦被发现就会出现经典的惊叹号！但这次你有慢动作时间可以缓冲！
睡吧！我是护肝大使‧谢震蛇！ （误）
摸到背后按下RT键即可施展CQC制伏敌人，之后看你要逼供、勒昏还是让他下地狱，悉听尊便。
就算被追杀也有自动回血制罩你！不过这血迹还真写实...
《合金装备5：原爆点》可说是未来《合金装备》系列的缩影，以我这个MGS粉丝玩下来，觉得不但没有失去原味，导入的新系统也更加符合玩家对现代游戏的期许，非常顺手。所以如果你是《合金装备》系列的粉丝，这片绝对不能错过。至于长期支持Xbox系列主机的玩家，或许会对《细胞分裂》比较熟悉，不过我也推荐你们玩看看《原爆点》，体验并比较两款经典的匿踪游戏有什么共同或相异的风味，也是一种乐趣。
到底是谁发现谁呢？
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