合金装备3：食蛇者 Metal Gear Solid 3 Snake Eater
2004年发售于PS2平台，MGS系列第三部正统续作，而剧情世界观却描写了整个《合金装备》系列的原点。2战结束后，世界逐渐分裂为东西方两大势力，美苏两个超级大国开始对峙，冷战开始！美国为了应付冷战的谍报任务，THE BOSS成立了特种部队FOX UNIT. 不久后苏联也为了应付冷战的谍报任务，成立了特种部队HOUND UNIT。
1963年METAL GEAR的主体开发完成，并被制造出来了。此时在苏联GRU上校认为时机成熟准备叛乱，目标为夺取METAL GEAR，妄图来征服世界，计划绑架苏联科学家，METAL GEAR的研发者-索科洛夫博士。而索科洛夫博士则美国提出求救，Snake临危授命，空降到诺亚斯克山区，降落到地面后正式开始"贞洁行动(COMMENCING VIRTUOUS MISSION)"，任务目标为确保索科洛夫博士的安全并将其成功带回来。但是任务失败了，而且更糟的是GRU上校Thunderbolt发射了THE BOSS带来的两颗自带手持发射装置的微型核弹。核弹爆炸引起苏联政府的震动，接着THE BOSS被美国政府出卖，核掸爆炸所引起的一切责任都推到THE BOSS头上，成为世界的罪人。
第一次任务未完成，Snake又被安排了新任务，被安排去了解这场危机，解决掉这其中所有对美国不利的人，因为将要面对的敌人中有THE BOSS创立的眼镜蛇特种部队，行动代号取名“食蛇者(Snake Eater)“。任务中又邂逅了另一名间谍EVA。在EVA的帮助下，Snake成功潜入守卫METAL GEAR的基地，消灭了眼镜蛇部队，摧毁了“峡谷虎（Shagohod）”，最后忍痛杀了自己心爱的恩师THE BOSS，回国后被授予”BIG BOSS“的称号。
这时的BIG BOSS才醒悟到这一切是一个骗局，他想好了自己以后该走的路，就是不要相信政府，并继承了THE BOSS的意志，就是要靠要用强硬的手段再让东西方统一。BIG BOSS后来成立了猎狐犬部队，开始用自己的意志来处理世界上的各种争端。
本作在当时借助平台强大的性能不论是画面还是系统都达到前所未有的高度，而精彩绝伦的剧情塑造出数个被玩家永远铭记的人物，“Big Boss”成为系列全新的主角，“The Boss”则是《合金装备》精神内核的溯源，师徒二人的最终决战成为游戏史上最经典的镜头之一，而故事中对于“战争与和平”，“爱国与尽忠”的阐述与人性拷问，足以震撼每一位玩家的价值观。
合金装备：掌上行动 Metal Gear Solid：Portable Ops
2006年发售于PSP平台，是系列在掌机平台的第一部正统续作，游戏发售时成为Fami通第一个PSP平台获得39分高分游戏。故事发生在3代6年之后的1970年，有着Big Boss称号的Snake已于FOX小队中退役。之后来自CIA底下的特殊部队偷走当时正在研发的最新型武器。虽然Snake已经不在FOX部队了，但依然被当成同谋者逮捕，遭特殊作战部队FOX小队囚禁在南美，在留置场中结识了同样被逮捕的年轻绿扁帽成员Roy Campball。在合力逃出牢房后，Snake试图联络之前的长官Zero上校，才发现Zero上校也已经被逮捕，而Snake则被视为这次叛乱事件的首谋者。之后从Roy Campball口中得知叛变的Fox小队指挥官Gene的意图后，决意要阻止Gene。
由于Snake无法获得任何外援，所以他从对FOX领导者Gene的行动有所疑问的士兵中，将过去敌方士兵纳为自己的同伴。Snake在途中遇上了Fox小队的士兵Johnthan、以前在Fox小队的战友Python、绝对士兵NULL、ESP能力者Elisa，并成立了猎狐犬部队部队，开始对FOX进行镇压行动。更以单人之力击败了Metal Gear，最终打倒了Gene，也阻止了Metal Gear的发射。
在这次事件中，起源来自于国防部的计划，国防部希望能借此解决掉CIA。但原本被当作棋子的Gene早知道整个计划，反过来利用这些资源，企图建立只属于军人的国家Army's Heaven，并将整个世界的军事平衡给打乱。在Gene被Snake打倒后，将所有手中的资源包含资金、设备以及人才，全部交给Snake，并且预言Snake总有一天会用到这些东西。
虽然PSP的机能有限，游戏还是完整的再现了《合金装备》独特的玩法和世界观，同时在本作中登场的诸多角色也对全系列的剧情起到了梳理贯穿的作用，另外首次用到的漫画风格CG过场让游戏的艺术性更进一步。
合金装备：和平行者Metal Gear Solid：Peace Walker
2010年发售于PSP平台，小岛本人称这部作品的意义不亚于任何一部主机上的续作，后2011年在PS3级XBOX360平台发售HD版。故事设定在1974年，也就是3代剧情整10年之后，正当冷战接近尾声，美苏两强签订战略武器限制谈判的时机点，位于被称为“美国后院”的中美洲国家哥斯达黎加遭到不明外来军队入侵。但哥斯达黎加在和平宪法的制约下无法拥有自己的军队，由于外来军队入侵的目的不明，哥斯达黎加和平大学的女学生Paz和教授Galvez委托无国境军队的总指挥官Snake调查外来军队入侵的真相。而在委托过程中，Snake从Galvez提供的录音带里得知恩师The Boss可能还存活在世界的某个地方感到意外，因而接受了委托。然而在调查的过程中，Snake不但步步将自己和无国境军队推入险境，同时，也将揭开The Boss不为人知的过去……
《和平行者》对系列剧情的承前启后有至关重要的作用，也是Big Boss人格转变的发端，在迷茫和迟疑中重新崛起，建立Outer Heaven也为后续的故事引导了方向。
合金装备 Metal Gear
1987年发售于MSX2平台，同年在FC平台重制，是《合金装备》系列真正的开山之作，在当时开创潜入游戏的先河。但与之后PS平台的《合金装备》有所区分，不同之处在于英文游戏名为“Metal Gear”没有“Solid”所以称本作为“MG”系列，后PS平台作品为“MGS”系列。而在大陆多数玩家也是从PS平台开始得知本作，所以按习惯直接一律统称为《合金装备》。
剧情上则讲述了1995年，核武器的阴影开始在全世界范围内扩散，整个世界笼罩在这种不安的阴云之下。在南非中部发生军事暴动，一支不明身份的雇佣兵部队占领了一个叫“Outer Heaven”的军事基地，特种部队猎狐犬随即派出了特工Grey Fox前去调查，后渺无音讯。
Big Boss 的克隆之子——猎狐犬部队特种兵Solid Snake正式出场，单枪匹马的潜入非洲中部的恐怖分子要塞 "Outer Heaven"。任务是摧毁 "Metal Gear"，所谓的巨型核搭载战车，海陆空作战核武器。在执行任务过程中，Snake 竟然地发现 "Outer Heaven" 的首领竟然是猎狐犬部队的创建者兼最高指挥官 Big Boss，而且 Snake还要独自面对Big Boss身边背叛他的猎狐犬前战友。经过惊心动魄的苦战，Big Boss最终还是倒下了，Snake拯救了世界，任务过后便一个人孤独的在阿拉斯加隐居。
合金装备2：固体蛇 Metal Gear 2：Solid Snake
1990年发售在MSX2平台的MG系列第二弹正统续作，故事随着前作之后的1999年，随着美苏关系缓和，国际局势区域冷却，世界军事力量进入了互相压制的时代。
1999年，在中东某国突发暴动，Zanzibar（桑给巴尔岛）上的一个军事管制临时政府，突袭了世界各国的“核武器临时安置库”，夺取了那些并未来得及按照和平条约销毁的核武器。这样一来便成为了世界上唯一用有核武器的国家，对世界范围内造成了严重的核威胁。
同年，Marv博士被Zanzibar的武装力量所绑架，因为Marv博士发现研发了一种叫做OILIX的微生物，一种能精练石油的细菌。Zanzibar力图通控制过核武器和“OILIX”控制达成其控制全球的军事目的。对于Zanzibar的核武器威胁，为了世界的和平与稳定，避免一场核危机即将爆发，猎狐犬部队临危授命再次出动。
在上次的Outer Heaven的事件中被BIG BOSS出卖猎狐犬部队又回到了新司令官Roy Campbell手中，在其召唤下，已经退役Solid Snake再次接受了任务。
任务目的是潜入Zanzibar Land，救出Marv博士和销毁新型的Metal Gear。Snake独自潜入了Zanzibar，然而在任务中，Snake发现了Zanzibar's组织的首领竟然是前猎狐犬队友Grey Fox。经过苦战，Snake终将这夕日的战友亲手打败。然而事件还没完，Snake和“BIG BOSS”再度相遇，从塞外天国的火焰中生还的Big Boss，并驾驶着新型的Metal Gear回来了！经过一番苦战，Snake终于手韧了自己的老爸。任务完成后，Snake再度退出了猎狐犬部队，独自隐居在偏远的阿拉斯加山双子湖地区。
合金装备1 Metal Gear Solid
1998年发售于PS平台，从此开始《合金装备》真正意义上开始被全球玩家所熟知，游戏名正式更新为”Metal Gear Solid“。后1999和2000年分别在PS以及PC平台上发售英文加强版《合金装备：实体》；2004年在NGC平台发售复刻版《合金装备：孪蛇》。
故事发生在2005年，位于影子摩西岛的核武器废除基地；正在举行的演习的高科技特种部队猎狐犬部队突然发起武装暴动，当时的他们已经成为了一支反恐部队。其队员都经过严格检测筛选，具有优秀战士DNA的最精锐部队，这支强悍的作战部队队员，甚至被灌以超人称号。
猎狐犬武装控制了阿拉斯加海域上的影子摩西岛，掠夺了新的Metal Gear"REX"，并以发射核弹作为要挟，要求得到20世纪最强战士—BIG BOSS的遗体和10亿美圆。这是历史上规模最大的恐怖行动。应美国政府的请求，猎狐犬的旧任指挥官-陆军上校 Roy Campbell 作为解决此次事件的总指挥官，由他召回在已经阿拉斯加隐居的传说之战士“Solid Snake”，来完成最后一次被认为不可能完成的任务。任务目的是在24小时内，解救被作为人质的DARPA局长唐纳德-安德森与ARMSTECH公司总裁肯尼斯-贝克，打击暴动的猎狐犬部队，解除他们的武装与Metal Gear的核威胁！
Snake这一次潜入到基地的核心，发现叛变武装的首领是Lquid Snake。Liquid身边的是猎狐犬部队里最顶尖的成员，gunslinging torture、左轮山猫、一年螳螂、火神渡鸦、狙击雪狼、伪装大师章鱼。而Liquid Snake的目的就是企图得到BIG BOSS后，通过基因技术，筛选那“传说中的战士”的基因，实现优化DNA精锐战士部队的量产化。
在行动中，Snake得到了Hal Emmerich博士的协助，Hal Emmerich博士(代号 Otacon)曾经参与过合金装备的研制工作。任务中Snake不幸被捕，却意外邂逅了坎贝尔上校的侄女Meryl，她帮助Snake成功越狱，任务后成为了Snake的爱人。另外，Snake还遇到了个神秘忍者。其实神秘忍者的真正身份是Sanke的猎狐犬战友Grey Fox，也是在桑吉巴尔岛事件中投靠Big Boss的猎狐犬成员.。不过，他这一次来是要助Snake一臂之力的。在FOX的帮助下，，Snake成功地摧毁了REX，FOX却光荣牺牲。 最后Snake找到了恐怖组织的首脑 Liquid。Solid Snake和Liquid Snake两人都带有20世纪最完美的战士Big Boss的基因，实为一对孪生兄弟。他们两人之间展开了一场激烈拼杀。最后还是Snake击败了Liquid。任务完成之后，Snake和Meryl一起消失在阿拉斯加的冰天雪地中，这一幕成为游戏史上的经典！
合金装备2：自由之子 Metal Gear Solid 2：Sons Of Liberty
2001年发售于PS2平台，系列中第一次允许玩家用非致命方式制伏敌人，加入了全新的主角雷电（Raiden）后2002年在Xbox PS2 PC三平台发售加强版《合金装备2：实体》追加了超过700个VR任务关和5个以SNAKE为主角的平行剧本。
故事发生在上代影子摩西岛事件之后的2007年，Snake加入了国际性组织，与OTACON博士合作调查新型“METAL GEAR”的详细资料，并向全世界发表以阻止其生产。Snake潜入停泊在港口的美军的一部运载着新型“METAL GEAR”的油轮内，搜寻所需的资料。但是上船后不久就发生了突发事件，军舰被一伙似乎是俄军的武装组织占领，Snake从望远镜里面看见武装中其中一人是苏联GRU的上校GURLUKOVICH。随后Snake先是和武装成员，GURLUKOVICH的女儿OLGA展开枪战，后终于找到了新型号的METAL GEAR“RAY”。找到METAL GEAR RAY后，便用手持数码相机拍照做为证据。利用电脑将照片传送给了OTACON。 就在这时OCELOT也杀出，而OCELOT的体内似乎存在着LIQUID的意志。OCELOT成功地将METAL GEAR RAY夺走，破坏了油轮，SNAKE也消失在茫茫大海之中，生死未卜……
在METAL GEAR RAY被夺走的“TANKER事件”后两年，美国总统和一批政要被恐怖份子“DEAD CELL”绑架在一个名为“BIG SHELL”的海上装置上。并索要30亿美元，否则除了杀死全数人质外，还会将“BIG SHELL”炸毁，令该处的有毒废料严重污染海洋。为了解决此绑架事件，政府派出代号为“RAIDEN”的特工。
雷电成功地潜入，碰到了由Snake假拌的PLISKIN，完成了拆除C4的艰巨任务。在和总统见面后得知不少关于这次事件的真相，此次绑架事件的首领为“SOLIDUS snake"，BIG BOSS又一个克隆体，而且竟然是自己的养父。为了阻止新型METAL GEAR“ARSENAL GEAR”的启动，RAIDEN从总统手上接过载有病毒程序的光碟，以及奉命寻找ARSENAL GEAR主程序员之一的EMMA，以阻止发生核弹危机。后来RAIDEN找到了OTOCON的妹妹EMMA。可惜病毒战术未能生效，最后还是没有阻止得了ARSENAL GEAR的启动，而EMMA在哥哥OTACON身边死去。
ARSENAL GEAR终于还是启动，而RAIDEN也被由OLGA假扮的“X先生”抓到SODLIUS处。但随后又得到OLGA的帮助，RAIDEN成功逃出。在消灭了许多量产型METAL GEAR 后，RAIDEN和SOLIDUS展开了大决战。继SNAKE后，又一次演绎了弑父的经典场面。
合金装备4：爱国者之枪 Metal Gear Solid 4：Guns Of The Patriots
Metal Gear Solid 4 故事发生时间2014年。Metal Gear Solid 3 1964年，Metal Gear Solid：Portable Ops 1970年，Metal Gear 1995年，Metal Gear 2 1999年，Metal Gear Solid 2005年，Metal Gear Solid 2 tank篇2007年，plant篇2009年……始于3代，50年的故事终于有了一了断。
地点，总共5个ACT，分别是中东，南美，东欧，Shadow Moses Island(一代场景)，Outer Haven(2代Arsenal Gear的改进型)
登场人物及去向：
Solid Snake：想必这人来龙去脉都知道....也没必要多做解释了，作为Les Enfants Terribles计划的产物，Snake受到生长加速的影响，所以在1代的9年后已经显得如此苍老，因为多年的战争记忆及Foxdie的影响，一度对自己的生存失去信念，但最终还是勇敢的选择了活下去，不管剩下的日子是多久.....
PS：题外话，关于Snake自杀这点，国外网站有过大论战，说穿了还是文化意识形态差别，日本人的文化，对自杀觉得是相当"崇拜"的心理，尤其是以一个战士的身份选择自尽，而在西方人眼里，不管出于什么情况什么条件，"自杀"都是一种懦弱和逃避的表现，所以欧美玩家根本无法接受Snake这样的英雄人物以自杀的方式了结自己的一生。
Hal Emmerich（Otacon）：此人还是老样子，装得老实实则一肚子闷骚，而且是红颜克星，跟他有关系的女人不管远近没一个善终，本作跟Naomi在直升机里野战了一场，也该知足了
Sunny：Olga Gurlukovich的亲生女儿，在出生后就被Patriots带走以此威胁Olga合作，导出了2代后来Olga的情节，被Snake和Otacon救出后就一直与2人一起在Nomad(他们的运输机)生活，年仅7岁有点语言障碍确是个电脑天才，帮助Naomi编写的程序最终造成Partiots整个AI系统崩溃，了结了一切。
Naomi Hunter：她和Grey Fox的关系不用说了，一代里为了报复给Snake注射了Foxdie的人，但最终还是选择了原谅. 本作可以说是举足轻重的关键人物，她和Sunny编写的程序摧毁了Patriots的整个AI系统GW，JA，TJ，JM，和JD.....另外跟Otacon玩了一夜情，原本已经得了癌症，全靠身体里的nanomachine维持身体机能，最后在Shadow Moses的机库，Grey Fox死去的地方关闭了体内的nanomachine，选择了结束生命。
Ocelot：可以说是MGS系列的Wesker了，见证了整个系列的几乎全部事件，了解几乎所有的内情，并且还是The Boss在战场上生下的亲生儿子(老爸是The Sorrow)，但Ocelot出生后随即被Philosophers带走....游戏2代装上了Liquid的手臂后一直处于与Liquid共存的状态......不过都是装出来的，Liquid从未寄生，而是Ocelot用体内nanomachine的作用和心理暗示，使自己完美演了这么一场戏，为的就是蒙骗Patriots的AI，掩人耳目，他的目的就是为了救出Big Boss和了结Patriots，从3代就可以知道Ocelot一直都是和Big Boss一条战线的，可以说对Big Boss有点崇拜和战友之情，最后和Snake在Outer Haven甲板上肉搏一场，给自己70年的风雨画上了句号。
Raiden：2代的小白脸，这次变成熟了点，当然还是很奶油....因为受2代事件的影响，和自己女人闹散了(可能也是刻意的)，独自一人去寻找真相并遇到了Big Mama(3代的Eva)，本作出场身体已被完全改造(和Grey Fox差不多)，连血液都是人造的，中途救了Snake不少次，自己倒搞成人棍了....不过游戏最后手术接好了双手，并且和Rosemary重归于好，连儿子都这么大了。
Rosemary：2代Raiden的女友，游戏之后因为原因种种Raiden选择了独自离开，她就和Snake和Raiden的上司Roy Campbell结了婚.....不过事后知道是假扮的，Campell这么做为了保护Rose，和她跟Raiden的儿子，事后一家三口团圆，算happy ending吧。
Roy Campbell：Snake和Raiden曾经的顶头上司，冒着被Meryl骂老牛吃嫩草的骂名，和Rose结了婚，实则是为了保护母女俩不受Patriots的伤害，事后和Meryl和好。
Meryl Silverburgh：一代的女主角，Campbell口中的侄女，实则是他的女儿，本作作为Rat Patrol Team 01的指挥出场，职责是监视PMC的活动，比1代还强势，那体型比他老公还强壮。
Johnny(Akiba)：系列著名龙套了，这作咸鱼翻身，戏份大增，还秀了真面目是个帅哥，最后和Merly结婚，又一happy ending....此人就是1代看守牢房的守卫，先在囚室被Meryl拨了个精光(搞得感冒)，后来又在看守Snake的时候闹肚子.....3代故事中，Johnny的爷爷Johnny作为看守Big Boss的守卫登场，闲聊中提到了自己的妻儿在美国，自己却因为冷战留在了苏联，他们家族所有的男孩都叫Johnny。
Meiling：1代作为Snake的后援部队之一出现，是她发明了Snake使用的Codec和Soliton Radar，2代作为反Metal Gear的组织的成员但没有"直接"露脸，4代作为密苏里号的舰长出场，这艘原本已经作为博物馆的战舰在合约到期后又作为训练舰派上了用处(因为其设备太过陈旧)，而正是因为曾经退役作为博物馆，设备太过陈旧，密苏里没有接入Patriots的控制网络，因此在Ocelot瘫痪了美军全部的武器系统后，它仍能活动。
Vamp：2代的罗马尼亚不死男，4代终于解释了其不死的原因，并非此人身体机能有何特别，而是他体内特殊的nanomachine赋予了他惊人的回复能力(不就是Wolverine嘛....)，Naomi干的好事.....在Shadow Moses的Rex机库中，Snake破坏了他的nanomachine，并最后死在Raiden手里。
Zero：3代中Big Boss的指挥官，Major Zero，在3代以及Potable Ops的故事后，他成功控制了Philosophers' Legacy，并利用这笔空前庞大的资金创立了Patriots，意图以The Boss的意愿为纲领建立一个统一的理想的世界，但随着组织实力的空前膨胀，以Big Boss为首的势力在意识形态上难以与Zero共存，曾经的好友最终反目，走上了各自的道路. 在Zero年老之后，他不相信任何的继任者，而是把Patriots所有的决定和控制权都交给AI去完成，分别是GW，JA，TJ，JM，而这4个AI又由最重要的Proxy AI JD掌控全局，整个系统几乎控制着美国和世界的一切. 随着4代的结束，Patriots的控制土崩瓦解，已经处于植物人状态的Zero，被Big Boss关闭了氧气供应，结束了生命。
Big Mama：就是3代的Eva，算年龄已经70多了，虽然Snake和Liquid是Les Enfants Terribles基因工程的产物，但却仍然需要母体来培育，Eva就是他们的生母，3代中作为美国在苏联的2个卧底(Adam和Eva)帮助Big Boss执行任务，事后知道Adam其实就是Ocelot，而真正的Eva已经被Eva干掉，她是C国派去夺取Philosophers' Legacy的间谍，虽然表面上任务成功，但Ocelot早知真相从中作梗，Eva得到的核试验资料是真的，Legacy确实假的……任务失败后Eva被C国驱逐，由此加入了Patriots，成为了6名创始成员之一，在Patriots内部分裂之后，她理所当然的选择和Big Boss站在一起。深爱Big Boss的女人，游戏最后死在Snake怀中。
Big Boss：这位也不用介绍了，亲密战友如The Boss和Major Zero称其为Jack，代号Naked Snake，3代和Portable Ops的主角，传奇的英雄，几乎可以说是整个故事的起源(当然还有个The Boss在上)，The Boss的死可以说是Big Boss心中永远的烙印，对他后来的所有价值观，作为，起了决定性的作用，像Eva这样深爱他的女人也明白自己不可能取代The Boss在Big Boss心中的特殊地位. Portable Ops事件之后，受Major Zero的邀请加入了Patriots，成为了组织的6位创始人之一，不过随着Patriots实力的空前膨胀，Big Boss最终与Zero反目并分道扬镳，一心想达成自己心愿的Big Boss在Outer Heaven和Zanzibar Land两次被Snake阻止并深受重伤，其躯体被Patriots回收并保持在休眠状态，随后又被Eva夺回并用Liquid和Solidus的身体组织修复了Big Boss躯体. Big Boss最后出现在The Boss的墓地，刻意接近Snake让他体内的Foxdie病毒杀死了自己，临死前他告诫Snake在剩下的时间里好好活着。
Patriots：Major Zero在Portable Ops故事之后建立的秘密组织，总共包括6名成员，Zero，Big Boss，Ocelot，Eva，Para-Medic，Sigint，就是3代的6名主要角色。
追溯Patriots建立的根源，玩过3代的人都知道，在世界大战期间美国，苏联和中国最有影响力的人物集结了所有财力和物力建立了Philosophers，目的就是动员所有资源击败轴心国，包括 之类的一系列工程都是用其资金运作的，用Volgin的话说其资源至少可以再打5次二战，但随着冷战爆发东西对立，组织内部矛盾激化，而苏联方面GRU的Colonel Volgin利用其父亲曾经掌管Philosophers的资金流动，夺取了这笔财富。
美国方面的Philosophers势力为了夺回Philosophers' Legacy，于是派出The Boss假意投诚苏联，利用苏联内部GRU方面以Volgin为首的势力和赫鲁晓夫的权力斗争，上演了3代的无间道，The Boss为国捐躯，却要背负叛徒和引爆核武的恐怖份子的一世骂名，对Big Boss的心理有着重要影响。
在Portable Ops的最后，FOX unit反叛势力的首领Gene把自己所有的资金设备全都交给了Big Boss，并暗示他终有一天会用到这些(后来的Outer Heaven)，另一方面，Zero和Ocelot铲除了美国方面的Philosophers势力，并利用Legacy重新建立了Patriots。
在Zero理想中Patriots的理念是继承The Boss的信念，建立一个统一的世界，但随着Patriots的实力日渐增强，Zero开始利用组织的资源和权力掌控美国的经济，军事，，进而到整个世界，眼见自己的同僚已经走上了与自己不同的道路，Big Boss，Eva离开了组织，Ocelot表面没走但实则是帮Big Boss的。
接下来就是几十年的对抗，从Outer Heaven到Zanzibar Land，甚至是Liquid和Solidus的叛变，基本就是Big Boss和Sons of the Big Boss理想中的世界，和Zero理想中的世界的激烈冲突。
在Zero年迈后，固执的他不愿意也不相信将Patriots的权力交给任何继承者，而把全部的分析权决定权都交给AI完成，分别为GW，JA，TJ，JM，这4个AI又由最重要的proxy AI JD(John Doe)掌控全局，整个系统完全控制着整个美国和世界经济军事等等，大到核武，小到每位士兵手中的步枪，全都受到系统的完全控制，在4代中反复提到的每个士兵体内的nanomachine也是AI的另一种控制方式，nanomachine完全掌握着士兵所有的行为，从情绪行为到心理状态，也完全是系统的一部分....也许这就是他心中最完美的世界。
6名成员的四人，Zero，Big Boss，Eva，Ocelot，前面介绍过了。
另2位，Para-Medic，就是后来MGS1中提到的Dr.Clark，她直接参与了70年代克隆Big Boss的Les Enfants Terribles计划，后来又把受重伤的Grey Fox改造成Cyborg Ninja，不过在MGS1事件前就死在Fox手里。
而Sigint，3代里那个说话搞笑的武器专家，就是1代里那个DARPA Chief Donald Anderson(Snake受命要去救的2个人之一，还有个ArmsTech的老总Kenneth Baker)，不过游戏后来说了，在牢里和Snake对话的DARPA chief是Decoy Octopus假扮的，真正的Sigint早前已经被Ocelot干掉了，尸体扔在牢里都生蛆了。
算上在MGS1已经死去的Para-Medic和Sigint，4的故事中死去的Eva和Ocelot，最后在The Boss的墓地，Big Boss关闭了Major Zero的氧气瓶，并刻意接触Snake让Foxdie感染自己，最后也倒在了The Boss的墓碑旁，应了一句话，it ends where it begins。
至此随着Patriots的AI系统崩溃，6名创始人也悉数离开人世，爱国者组织彻底告一段落。
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