安纳克的任务（Anarky Missions）
在前往旧轮船找完企鹅后，离开最后出价号的时候会从电视上听到安纳克的演说，解锁他的支线任务。安纳克说在城里放置了三枚炸弹，来到甲板与桅杆上的安纳克支持者说话，得到第一枚炸弹的位置，要在时限3分钟赶过去。抵达地点解决掉看守的一群匪徒，再将炸弹解除。
剩下的两枚炸弹也是如此拆法，然后安纳克说在法院等着他。赶往废弃的法院和他的手下混战，注意躲避他不时投掷的燃烧瓶。打到一定程度他会跳下来参与战斗，很清理杂兵，最后再击倒安纳克。揭下面具，发现他不过是个少年，只想别出心裁吸引人的注意罢了，蝙蝠侠将他绳之以法。
企鹅人的任务（Penguin Missions）
在从哥谭市警察局出来后，芭芭拉说有几只军队级别的证据箱不见了，它们被企鹅人偷走了。在大地图上标注了6个位置，分别在伯恩利区、钻石区、考文垂区、鲍威利区、谢尔顿公园和企鹅人旧船。按坐标找过去，清掉守卫用干扰器破坏掉它，使里面的武器失效。
要注意鲍威利区的武器箱在地下通道里，清除守卫后用凝胶炸药破开墙壁。旧船上的武器箱在空中悬吊的集装箱里，用钩索拉开铁门。
摧毁所有武器箱完成任务，芭芭拉会说要做蝙蝠侠的助手之类，后来她终于得偿所愿。
疯帽商的任务（The Mad Hatter Missions）
在从警察局的下水道出来后，会遇到三个唱歌的家伙，说欢迎蝙蝠侠加入他们的狂欢派对。他们是疯帽商的傀儡，唱完歌就被处死了。随后通信频道里传出女孩爱丽丝的呼救声，疯帽商贾维斯向蝠蝙侠致意，说有个招聘的职位找他磋商。
找到帽子店解决外面的打手，进到店里听到疯帽商在和手下说话，用钩索拉开通风道盖板爬进里屋，清掉所有戴兔子面具的匪徒。向疯帽商逼问爱丽丝的下落，疯帽人让他看座钟的时间，结果蝙蝠侠坠入幻境之中。
尤如《爱丽丝梦游仙境》的场景，七彩缤纷的童话故事。桥面上有电路板，等电流消失的时候再走，桥末端要跑到最后一块电路板上，用飞镖打钥匙孔两侧的灯罩，全部打灭会放落吊桥。
沿着覆盖藤蔓的石墙攀爬，由墙洞跳落到塔底的走廊中。三道门对应着上面的镜子，戴兔子面具的人会出现在一面镜子里，如果进错门的话疯帽人会大笑，不断的进兔面具下面的门就能走出迷宫了。
进到房间，从镜子里跑出很多的兔面具打手，将他们清光后镜子破碎，出现一道门。来到大厅阳台，地面仍有不时通电的电路板，趁间隙走过去，在末端墙壁上涂凝胶炸药破开墙壁。外面是一条河流，踩到一只盘子上面，朝羹匙发射钩索，拉到河中央再朝对岸发射钩索。
沿着外墙攀爬，再踡缩的墙缝里沿坡道走，爬到塌掉的房间里，看到前面是纸牌搭成的桥梁，爱丽丝被疯帽人追逐着。蝙蝠侠沿着空中的铁索行走，切换成滑索模式，过去踢碎纸牌落身到桥面上，快速沿着纸牌桥奔跑，身后的钟摆会不断的将桥面切掉。
进到钟塔内部，四壁都是转动的齿轮，将道具切到遥控钩索，在头顶搭设索道，跳到上层。来到钟塔外部，躲避钟摆逐层平台爬上去。回到内部，跳上一只配重砣，踩下去后看到头顶出现一个孔洞，由那里钻出去。再到外部爬平台和竖梯，来到疯帽人劫持爱丽丝的房间。
掏出飞镖按住鼠中键锁定目标，将疯帽人击倒救出少女爱丽丝，任务完成。
瓦西的任务（Shiva Missions）
在哥谭市银行见过小丑后，在外面的街道闻听到婴儿的啼哭声，循声过去调查，看到婴儿车里是一台录音机，随后瓦西现身，说要测试蝙蝠侠。
在清理警察局外围守卫的时候，出现任务目标。赶到地点听到警察的呼救声，进到购物中心的大厅，看到一名警察被吊在喷泉之上，水池里是蓝色的电花。进入侦察模式，确定电线是由两侧墙壁过来的，不过两侧有栅栏。先往左边的栅栏发现一个缺口，钻进去破坏控电箱，随后出现三名女忍者，她们只能用斗篷晃晕后组合拳击杀。清场后在墙壁的锚点上射绳索，顺着绳索爬到右侧栅栏里，破坏掉另一只控制箱，再解决掉出现的三名女忍者。
返回大厅用飞镖割断警察的绳索，上前与之对话，得知他的一位同事被打伤了，逃出建筑。扫描喷泉边缘的血迹，沿着血样痕迹一路追踪，最后找到那名警察的尸体，西瓦随后出现，邀蝙蝠侠到谢尔顿公园会面。
在公园找到奇迹塔的大厅，西瓦从电梯里施施然走出来，随后与手下一起袭击，这里打女忍同样要晃晕用组合拳打，与此同时注意西瓦的动身，适时反击扣她的血。打倒女忍会换男忍上场，最后将西瓦的血槽打光，她会说出主人很看中蝙蝠侠的能力，但他所作所为都是错的，哥谭市不需要挽救，需要的是清洗，说完就扔烟雾弹遁走。任务完成。
黑面具的任务（Black Mask Missions）
完成炼钢厂事件后，出来的时候破坏掉一只毒品罐，解锁黑面具的毒品任务，需要在城中摧毁6处毒品藏匿点，用凝胶炸药摧毁它们。要注意的是考文垂区的毒品罐藏在隧道里，需要从皇家酒店拿到脉冲手套，用它给发电机充电打开栅门。
将6处毒品罐摧毁后，前往教堂找黑面具对决。进入教堂先清除看守，上前将最后一只毒气罐炸毁，黑面具带着打手出现，清场将之逮捕，完成任务。
电光眼的任务（Deadshot Missions）
在从银行离开后会收到一个呼救讯号，赶到指定地点调查，看到一架警用直升机坠毁。先落身到街面调查现场，扫描驾驶员的尸体，重建现场，发现直升机是扫到一幢高楼的边沿坠落的。跳到那幢楼顶，调查平台边缘的支架，确定直升机的尾翼被广告牌打掉了。走到平台的另一边调查地上的尾翼，上面有弹痕，根据弹道找到子弹飞行的轨迹。
赶往子弹发射的平台，调查地上的警员尸体，子弹不是他射出的。沿着子弹折射的轨迹继续搜索，在平台上拾取弹壳，确定凶手是电光眼。
扫描通讯信号，电光眼邀蝙蝠侠到银行一聚。银行大厅里有众多的枪手，将他们逐一解决掉，随后还会补充进来一批，清理期间顺道打电光眼，他只能由身后偷袭，打一拳立刻撤离到滴水兽上，准备再次攻击。将他的血槽快打光时，他会过去抓人质，此时不能正面攻取，迅速抄到他的身后击倒，任务完结。
鸟的任务（Bird Missions）
在警察局扫描完尸体后接到此任务。前往考文垂区调查黑帮火拚事件，遭遇大群帮派分子的围袭，这里是达成连击挑战的好地方，激活脉冲手套后连击几率大大提升。清场后审问最后一名小弟，透过电话得知他们另一火拚地点。
赶往娱乐区的海岸找到火拚现场，将黑帮分子全部清场，逼问最后一个家伙，他不肯交待。扫描附近的一只铁笼子得到微量的毒液成分，按照提示前往考文垂区的一间夜总会调查。解决掉一群喽啰，最后审问鸟，任务完成。
黑门囚犯任务（Blackgate Prisoners）
在完成游戏后，接到戈登局长的电话，逮捕逃跑的20名囚犯。有的金色标记，有的普通，表明防备力量的差异。在抓完所有的囚犯后，换来戈登局长的一声“谢谢”，蝙蝠侠让他的人让开，别妨碍他办事。
英格玛任务（Enigma Missions）
在清除所有的网络继电器后，前往调查英格玛的总部，从一块广告牌上发现入口。进到谜之总部，这里的服务器有电流保护。英格玛说他隐藏了最深和黑暗的秘密，蝙蝠侠得在天亮前将它们找出来，否则会给哥谭市带来一场灾难。
此时在大地图上出现20名数据处理者，逼问他们可以得到英格玛数据包的具体位置，总共有200个英格玛数据包，每10个数据包组成一份勒索文件，要找到20个勒索文件。
恢复通信塔的工作
通信塔总共有7个，每区有1个。蝙蝠侠必须找到进入通讯塔的路径，然后用密码破解器来解除干扰电台，这样就能够解锁蝙蝠战机的投放点，并显示该区域的10台英格玛网络继电器的位置。
网络继电器类似前作《蝙蝠侠：阿卡姆之城》里的摄像头，都挂在墙壁上，用飞镖将它们全部摧毁，可使用英格玛的服务器。
工业区的通讯塔，需要先摧毁附近的两台继电器解除门上的电流。
娱乐区的通讯塔，需要拿到凝胶手雷，在水面结成筏划进去。用凝胶手雷堵住蒸汽孔，在房间清场后有，和钩索拉开天花板上去。
钻石区的通讯塔，需要主线任务在皇家酒店拿到电刑人的脉冲手套，用它给缆车的电机充能，下去破开墙壁用干扰器解除装置。
公园区的通讯塔，需要从通风管道钻进去，然后用遥控飞镖取电，击中对面墙壁的控制箱，解除大门的电流。
黑暗骑士系统
本作将各种挑战任务归结到黑暗骑士系统，分为“暗影义务警员”、“哥谭守护者”、“最恐怖梦魇”和“全世界最伟大侦探”四大类。
“暗影义务警员”罗列了各种战斗挑战，比如使用某道具击倒多少敌人，在滑行中击倒两名敌人等，其中最主要的是阻止各街区发生的犯罪，在收到犯罪通缉后立刻前去制止。
“哥谭守护者”主要是滑翔挑战，主要完成各等级的AR滑翔练习。
“最恐怖梦魇”是与掠夺者遭遇战相关的挑战，比如在烟雾弹有效时间内解决3名敌人、用汽油罐消灭3名敌人等。
“全世界最伟大侦探”是前往各个案发现场收集线索，找出真凶。
犯罪现场－吉萨贝尔广场坠楼事件
先在地上调查尸体，是从附近的楼顶坠落下来的，再扫描地上的血迹，落地的速度非常之大。前往楼顶扫描撞坏的栏杆，确定凶手在抢夺死者的公文包。根据现场重建判断那只公文包的掉落地点，落身到中层的通风管道上找到它，扫描公文包，得出凶手名叫海恩斯。
接着前往钻石区解决掉一伙匪徒，将海恩斯抓捕归案。
犯罪现场－迪克森港口枪击事件
凶手被一弹穿胸，扫描尸体和地面，确定他中弹后挣扎着逃离。扫描平台边缘，发现死者曾在围栏用照相机拍摄凶手的方向。现场回放，确定他脖子上相机的落点，扫描相机确定凶手的身份，赶往一处天台将凶手抓捕归案。
犯罪现场－考文垂起火事件
死者是一小型军火商，心脏中一枪。先扫描尸体和地上的擦痕，证明杀手在很近的地方开的枪，两者之间是认识的。再扫描地上的燃烧痕迹，大火是死者扔的燃烧弹引起的。重建罪恶现场，追踪凶手逃跑的路线，调查上层墙壁的擦痕，确定凶手身份。动身往企鹅的旧船逮捕凶手，任务完成。
犯罪现场－伯恩利肇事逃逸事件
在警察局扫描完尸体出来时接到此任务。调查地上的尸体和擦痕，再跑到一边调查血迹，观察汽车的行驶轨迹，在墙上找到刮掉的油漆，分析得知车主的身份。前往附近的平台将凶手抓捕，任务完成。
犯罪现场－娱乐区锤击事件
调查尸体和地上的擦痕，重建犯罪现场。跟随重物的轨迹跳到底层的地面，调查空调机确定杀人凶手，赶到指定的街道将他抓捕归案。
犯罪现场－犯罪巷枪击事件
这条小巷就是当年蝙蝠侠的双亲遇害的地方，死者是一对恋人。调查地上的两具尸体，再调查尸体旁的擦痕，重建现场，观察到弹壳掉到凶手旁边的通风道里。打开栅板扫描弹壳，确定凶手的身份，赶到地点将他抓捕。
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