第一关：超人类POST HUMAN
地点：纽约自由穹顶西面第30号门（West 30th Gate,Liberty Dome,NY）
时间：2047年11月29日凌晨4点30分（04:30,November 29th, 2047）
茫茫雨夜，塞可（Psycho）带着几名部下登上了CELL的货船，用消音武器清除了几名敌兵后找到了关押普若非（Prophet）的货柜，重新启动以后塞可的部下走进货柜，突然苏醒的普若非抓住了此人，塞可解释之后普若非放下了他，问他的纳米服到哪去了，塞可回答说除了普若非，CELL脱掉了其他人的纳米服，随后塞可给了普若非一把HammerⅡ手枪，这把手枪有不同的弹种，还能加装激光瞄准器。
塞可让两个部下去吸引敌人，告诉普若非想要把他送进穹顶内部，但敌人已经不是早期的Alpha-Ceph，塞可提到普若非先前在西伯利亚被CELL用k-volts枪击倒，封在柜子里很多年，这些人脱掉了其他人的纳米服，并准备以同样手段脱掉普若非的。进入室内后给手枪加上消音器，击倒一名士兵后就能拿到Feline，经过下面的仓库来到对面的房间里打开大门，塞可进入后穿过过道，在另一边的玻璃窗前塞可交给普若非一把复合弓，便于其隐身暗杀，但普若非刚开始并不喜欢这把弓。塞可解释说谈激光枪能够把弓投射到纳米服上，弓的动能足够干掉犀牛，而且还带有爆炸箭头，最重要的是使用弓箭时仍然能够保持隐身。
这时队友汇报已经突破四号大门，穹顶东墙边的风速超过运行上限，清除下层区域的敌人后登上旁边的楼梯，走出大门后外面的货船上发生了爆炸，在过道末尾使用纳米服远程控制窗户里的计算机打开大门，里面是CELL总部，大约有一两千的特种兵，在楼下的显示器前塞可发现了剥掉他纳米服的CELL士兵，在剥掉纳米服时很多人因心脏无法承受，在惨叫中痛苦的死去。外面雨中的过道上有不少CELL士兵，有些人装备了Scar。通过以后用纳米服打开大门，和塞可分头行动，普若非问他行不行，塞可还调侃说他才不需要纳米服。走廊边上的箱子里可以拿到K-volt电枪，出去以后是仓库区，打开另一面的大门后控制对面的机枪塔，这个装置会帮助普若非控制住那条走廊，打开右侧的大门后不久和塞可会合，塞可说他们将和他的部下会合，普若非好奇的问他说你现在居然有部下了？塞可说他一向有部下。
普若非利用纳米服的功能查看了塞可的资料，他的变节率（renegade）是87.3%，行为不和常规率（maverick）是74%，违抗命令（disobedient）的可能性是58.6%，失去控制（out of control）的可能性是45.1%，播放的一段视频是孤岛危机一代第一关末尾发现那艘冰冻的轮船后，塞可公然违抗普若非命令的场面。
在电梯中，塞可说大多数人都是债务的奴隶，CELL控制了所有能源，普通人无法支付账单，只能通过不停工作来偿还，当然还有另一种选择就是进行反抗。电梯停止后他们进入一个房间，塞可打开了窗口的护罩，迷蒙的阳光下，纽约市的废墟一览无遗，纳米服竟然收到了城市中传来的能源信号。原来CELL利用Ceph的科技在穹顶中建造了一台机器，通过这台机器向全球供电。塞可认为只能破坏CELL的能源，就能除掉CELL。异形已经是过去时，只不过残留了一些残兵败将，但CELL正在逐步控制整个世界，普若非应该帮助他们除掉CELL。但是普若非认为Alpha-Ceph曾经给过他一个预示（vision），人类曾经在过去经历过这些事情，两者之间必有联系，事情并不简单，需要寻找线索跟进，这不仅仅是场简单的革命。CELL并不知道他们正在做的事情将会导致世界毁灭，因此必须阻止CELL的进一步行动。
第二关：丛林召唤WELCOME TO THE JUNGLE
地点：纽约佩尼车站西翼（West Side Yard,Penn Station,NY）
时间：2047年11月29日上午8点05分（08:05,November 29th, 2047）
塞可和纽约战区指挥官（regional commander）克莱尔·弗他娜丽（Claire Fontanelli ）进行了联系，在CELL作出有效反应之前，塞可有半小时时间将普若非送入穹顶，穹顶内的敌人并不多，但是信号塔仍然在扫描整个区域。随后塞可向普若非介绍了克莱尔，她不是士兵，但工作非常出色，普若非对塞可对克莱尔的高度评价非常惊讶，认为他竟然也会开始尊重上级的命令，塞可回答说她与众不同，口气十分暧昧。
下了电梯以后从里面的墙壁上拿到一个设备，获得的点数可以对纳米服的功能进行升级，打开大门后，外面是杂草丛生的街道和战车的残骸，塞可调侃说这里已经热的像是冒汗的腋窝，普若非在纳米服里当然不觉得热，但实际上天气比咖喱肉还热。一路上塞可介绍着这些年的情况，CELL向全球提供廉价能源。由于没有成本，所以没有其他公司能够和CELL进行竞争，通过这种手段，CELL在市场上建立起垄断地位，当能源使用者债务缠身以后，CELL将他们驱逐进“志愿者”劳动营做奴隶。
刚走了没多远，前面出现了一片雷区，这些CELL部署的智能地雷只有在察觉到未授权者进入该区域时才会爆炸，通过纳米服关闭这些地雷，经过以后过道外面有一个Pinger的残骸，纳米服似乎受到了干扰，纳米服提示充能超过基本参数，普若非察觉到有问题，塞可问他怎么回事，他说只是能量浪涌，离开Pinger一定距离后恢复正常。帮助塞可踢开大门后，登上楼梯后是条废弃的铁轨，轨道末尾右侧俯视下面的低地，距离34街车站还有数公里，塞可似乎身体不适，高塔上的大炮不停的轰炸下方的目标，塞可想要避开高塔的火力覆盖区域，但普若非认为时间紧迫，可以冒险穿越。塞可大为不满，认为他没了纳米服，只是个普通人，没法和普若非比。他要获得支援和情报，才能逐步消灭敌人，普若非觉得塞可变了，塞可也没否认。
随后两人分头行动，塞可向普若非通报敌情，让普若非到几个地方去拿装备。隐身后穿过这片区域，一旦被发现就会遭到炮火袭击，前两个地点都没什么发现，第三个地点可以拿到Scar MOD 2自动步枪，塔上火炮弹药耗尽后自动下线装弹，第四个地点比较远，那里有一把异形的狙击枪（Bolt Sniper），可以拿来击毁高塔上的炮台。用纳米服关闭边上的雷区，穿过一大片草地，CELL的部队正在赶来，塞可提示普若非复合弓的电箭头可以通过水面击倒敌人，击毙数名敌人，跑过草地后在一个生锈的大门口和塞可会合，塞可对普若非能发现那把Ceph的狙击枪非常奇怪，进入下面的隧道以后，他提到很多人都在谈论普若非和纳米服、异形的模块和一些预示，其他人并不确认普若非是否可靠。
隧道里部署有CELL士兵，来到外面的空地上后用纳米服远程控制机枪塔，隐身通过后从另一面上楼，下面的敌兵开始扔出电磁手雷，会使纳米服受到干扰。走到末尾跳过残缺的楼板和塞可会合，转弯后地上有不少尸体，塞可让普若非搞清他们的死因，他去高处查看情况。过道末尾打开大门后下面黑暗的草地里Ceph的追踪者（Stalker）正在袭击CELL士兵，消灭这里的stalker后普若非发现他们的行为看起来不像是高级智慧生物，通过后面的过道时要用纳米服逐步解锁激光地雷，打开底部的大门，登上楼梯，CELL的广播里提到佩尼车站发现了异形，下面的厂房内有大量CELL士兵，通过以后楼上的小屋里能补充弹药和手雷，边上的走廊上有个自动机枪塔。从右侧的过道隐身过去，地上可以看到L-tag榴弹发射器和Grendel自动步枪。
末尾跳到上面的过道上，那里也有一个机枪塔。前进一段后通过滑索穿过斜对面的窗口，来到另一个屋子里，弹药箱边有把MK60 MOD0机枪。这时纳米服突然失效，通话也受到干扰，屋外是片草地，到处是Ceph，穿过草地，来到对面的高地，那里有个自动榴弹发射器，坚守一段时间后和塞可继续前进，却发现火车隧道已经被封了，两人登上不远处一辆装满了高爆物品的火车，普若非在后面推了一段，火车撞开了隧道的墙壁，两人趴在车顶上通过防守严密的隧道，火车撞毁了里面好几辆步兵车，最后火车出轨，普若非引爆了火车上的炸药。
猛烈的爆炸过后，黑暗中塞可用手电照亮了自己的脸，说这一次任务干的完美无缺。在随后的对话里，塞可称呼战区指挥官克莱尔为甜心，说他十分钟后将会返回安全屋。指挥官让他维持以往的通讯协议，含义就是别乱说话，并让塞可把“硬件”（hardware），也就是普若非带回基地。普若非对指挥官把他称为硬件非常奇怪，但没有得到塞可的答复。
第三关：罪恶之源THE ROOT OF ALL EVIL
地点：纽约金融区拿索街（Nassau Street, Financial District,NY）
时间：2047年11月29日下午13点45分（13:45,November 29th, 2047）
任务开始是一段克莱尔的形势描述，只要CELL控制着能源，就控制和奴役着人类，CELL的查克曼（zuckermann）能源枢纽被称为X系统，位于百老汇车站地下几百米处的收割厂中，这里守卫严密，是CELL的阿喀琉斯之踵，即主要弱点。抵抗组织在过去几个月蒙受了重大损失，因此克莱尔不得不担起重任，宁可玉碎不为瓦全。
塞可和普若非终于抵达抵抗组织的指挥部，己方部队正在作战，伤员躺在破败的房间里，塞可解释说由于经常面临CELL的追击，所以不得不经常改变基地的位置，克莱尔背对着他们观看着显示器指挥作战，CELL正用数字炮兵进行轰击，作战网络开始瘫痪。克莱尔要求迅速恢复网络，然后转身拥抱塞可，她看上去非常年轻，一头黑发，额头缠着褐色的布条，脖子上有块绿色的围巾，身上是白色的夹克和迷彩裤，这身打扮让她看起来有些另类，似乎不像是个军人，她对站在旁边的普若非非常害怕，觉得普若非经过了太多人为的修改，无法判断是CELL、Ceph或是人类，甚至称他为变异人（mutation）。
这时一头白发的瑞希（Rasch）走了过来，他穿着一件黑色的背心，狭长的脸上脸颊深陷，颧骨高耸，劝她说，不对称战争使他们支持了很多时间，但他们仍然东躲西藏，零敲碎打无法力挽狂澜，因此他们需要一个游戏规则的改变者，他称呼普若非为劳伦斯·巴尔内斯少校（Major Laurence Barnes），介绍自己是是卡尔·恩斯特·瑞希（Karl Ernst Rasch），并微微鞠了一躬。在说这句话时，他所用的句式“Karl Ernst Rasch at your service”和孤岛危机二代中哈格里夫（hargreave）第一次向阿卡特兹（也就是普若非）介绍自己时所用的句式是一样的，而且从长相上看，瑞希确实像是较为年轻的哈格里夫。普若非敏感的意识到瑞希的真正身份，但纳米服脸部扫描视网膜和DNA没有能够确认，瑞希近距离观察普若非时提到他有着人类和Ceph重组过的基因，普若非抓住了瑞希的右手，说无法确认其身份，瑞希说他设计了纳米服，自然无法扫描到他的资料。然后瑞希转首对克莱尔说看来她是对的，此事有风险，普若非显得非常强大，但显得不稳定、任性且易怒（volatile,willful,fractious）。普若非提到他的预感，如果不把CELL除掉，CELL的行为可能将会导致人类灭绝。
出房间以后来到巷道末尾，外面是高大的富尔顿水坝（Fulton Hydrodam），上面CELL的直升机正在巡逻，这个水坝为CELL的防御体系提供500兆瓦的电力，只要摧毁水坝，CELL的核心防御将会停顿，但普若非不理解为何CELL不从X系统中获得电力启动核心防御。普若非问塞可为何克莱尔厌恶纳米服，塞可回答说他也不知道原因，只知道是她带队将他从剥离纳米服的实验室里救出。
塞可掰开电梯门后普若非在跳下的过程中坠到了底部，从那里出来后跳下高坡，来到下面的草地上，有些地方被泉水覆盖，CELL的步兵**在各处，控制自动机枪塔能够减轻不少压力，进入基地入口后控制走廊里的机枪塔，乘坐电梯上楼，但中途CELL切断了电梯的电力，从上面的通风管道出去，干掉外面的几个敌兵。克莱尔告诉普若非富尔顿水坝是自动运行的，但是发电机过载后将会损坏。这个房间的出口用激光封锁，解锁后出门，从码头下水，游到对面的楼梯上去，进通风管道，下楼后弹药堆上能拿到DSG-1狙击枪和JAW火箭筒，在后面控制CELL的防空系统，接近发电机后，克莱尔让普若非让其过载，但CELL步兵追杀而来，普若非拆毁了发电机，电力输出减少到70%，并逐渐下降。
塞可通知CELL的QRF刺杀小组在武装直升机的支援下即将赶到。回到上面后那里有两个拿着JACKAL霰弹枪的敌兵，击杀后上楼，解除门口的封锁，游到另一面的建筑边上岸，以同样的方法来到下面的发电机处，让其过载。系统发出疏散人员的警告，克莱尔让普若非撤离，但普若非不听从命令，出去以后游到对岸，到最上面的房间里拿到台风步枪（Typhoon），出来以后游到水坝上，在铁管上安装炸药，武直发现以后进行扫射，普若非跳下水坝，遥控引爆了炸药，抓住一条铁缆滑到了对面。水坝爆炸后将普若非冲到了水里。
克莱尔对普若非的行动非常不满，认为他的行为无法预测且非常疯狂，而且继续称呼他为硬件，普若非重申了他的名字，但克莱尔坚持说只有人类才有名字，他只有代号。普若非回答说没有他，克莱尔的计划不会成功，并让克莱尔报告情况。CELL的防御系统已经瘫痪，敌兵正在撤退，并在枢纽基地重新集合，塞可说他需要援助，但克莱尔说她正有紧急事务要处理，普若非调侃她很像塞可，已经有点开始喜欢她了。
X系统位于地下，但控制系统却在上方，CELL在稳定矩阵缺乏电力的情况下仍然在运行枢纽，这样可能会导致其爆炸。因此必须将电力输出到控制系统，才能安全关闭X系统。沿着水路穿过管道，跳下山坡，下面的建筑边上埋有地雷，跳到下面的管道旁，从管道内进入，里面部署了几个激光地雷，内层还有积水，游出管道后登上平台，登上楼梯，系统警告将把非战斗人员疏散到15英里以外，上方的基地里不仅有CELL步兵，还有带有机枪的履带机器人。
乘坐电梯进入收割厂下去时，克莱尔要求尽快关闭两个发电机，进入工厂时里面弥漫着橘黄色的雾气，其中一个发电机可以直接关闭，另一个要用纳米服关闭。完成后乘坐中央的电梯上去，普若非在这个工厂中产生了好几次幻觉，克莱尔解释说X系统的力场将会严重影响大脑的颞叶，容易产生幻觉。从电梯里出来后消灭那里的CELL士兵，紧急关闭X系统的电力，控制棒弹出后普若非拉出控制棒，关闭了X系统，系统自动转换到备用电源，但是X系统的密封外壳失效，系统在倒数数秒后自毁，普若非从顶端炸飞到另一边的建筑上，他发现原来X系统的能源来源就是Alpha-Ceph，但这并非是他所预见的世界末日，Alpha-Ceph仍可被消灭。
第四关：险象环生SAFETIES OFF
地点：纽约唐人街德兰西街（Delancy street,Chinatown,NY）
时间：2047年11月29日晚上19点（19:00,November 29th, 2047）
克莱尔从CELL的数据库中得知Alpha-Ceph是其能量来源，普若非在靠近他时看到了Ceph不想让他看到的东西，可能普若非也可以通过这种方法进入他们的思想寻找弱点，塞可知道纳米服的维修地就在纳米服的剥离实验室内。
纽约的唐人街已经变成了一片沼泽地，冷月残楼之下到处是杂草和浅水，CELL士兵散布其中，用匕首杀掉一个以后，其他敌兵没有发现普若非，上报时对方回答AI系统已经发出了红星升起（red star rising）的警告，CELL的士兵惊慌一片，匆忙撤离。普若非和塞可都不知道这个代号代表着什么意思，普若非让塞可查明代号的含义，克莱尔和瑞希都断线了，普若非需要独自穿越这片区域。塞可让普若非去收集情报，以获取剥离实验室的文件，并搞清是谁脱下了他的纳米服。这片区域很多地方都部署了地雷和自动机枪塔，如有时间可全部控制，通过隐身和复合弓就不会惊动CELL，按着任务提示去几个不同的地点获得情报，不久克莱尔的通讯恢复，提到电磁脉冲炸弹影响了通讯，瑞希擅离职守。
普若非在穿行于破败的房屋中时，CELL的武直正在攻击Alpha-Ceph，其中有一架被其击落，情报显示Ceph的心灵控制装置（mindcarrier）正在附近，克莱尔让他去试试，普若非认为Ceph具有集体意识，完全受Alpha-Ceph控制。Alpha-Ceph被释放后所有的Ceph都清醒过来，mindcarrier的情况如何需要进一步确认。
往前推进一段后，在某个仓库前大门突然被打开，几个身上着火的CELL士兵走了出来，后面是Ceph的烈焰者（Scorcher），消灭以后继续前进，克莱尔通报军情，穹顶内Ceph正在大肆屠杀人类，不远处的Ceph大多可以远程控制后取消其敌意或变成友军，从敌区穿过后进入工厂，来到实验室里和塞可会合，塞可把纳米服类比成Ceph的外骨骼，在实验室里找到维修点后普若非躺在了手术台上，开始手术以后可以听到瑞希的声音，他说对属性进行根本性的改变，这样的做法总是非常冒险的，但是为了击败具有先进科技的敌人，除了变成他们以外别无选择。为了确保安全，纳米服的设计者在多巴胺受体上安置了一个阻拦器，以保护纳米服使用者的心智不受影响。如果没有这个阻拦器，Ceph的集体意志将会吞噬纳米兵。不久手术结束，多巴胺阻拦器被取出。
这时塞可在屏幕上发现了一段视频，原来克莱尔正是当年剥离塞可纳米服的人。克莱尔解释说她是因为塞可才背叛CELL，当时她为了偿还债务，不得不这么做，每天听着人们的惨叫声，毕生活在这段挥之不去的记忆里。普若非劝塞可说克莱尔是被迫这么做，塞可反唇相讥，认为普若非确实是个服从命令的机器，缺乏人类感情，整天带着头盔，甚至没有自己的脸庞。普若非说谁都要做出牺牲，塞可将以前那些纳米兵的狗牌扔给他，认为他当年为了服从命令，害死了每个人。面对这种说法，普若非无言以对，两人分道扬镳。
第五关：红星升起RED STAR RISING
地点：纽约双桥珍珠街（Pearl Street,Two Bridges,NY）
时间：2047年11月30日早晨6点15分（06:15,November 30th, 2047）
克莱尔获得了有关红星升起的情报，大天使（Archangel）是CELL最新的无线能源网络的关键调控平台，同时这个系统储备的大量电力可以被大面积定向能武器释放，以确保消灭敌人，以及灭绝城市人口。好几个条件可以触发这个协议，一旦Ceph事件达到第三阶段，大天使就会实施这个协议，这个协议就叫做红星升起，一旦实施，纽约将被摧毁。普若非认为大天使是全球能源储备，这会把所有能源传给Alpha-Ceph，会在地球上炸开一个大洞，地球将会毁灭。普若非想要联系上Ceph的心灵控制装置，希望能够使所有Ceph进行休眠状态。如果没有Ceph的威胁，CELL将会取消大天使计划。克莱尔对普若非的这个计划表示怀疑，觉得他在带有阻拦器的时候尚挣扎于Ceph的影响，现在没有阻拦器，他的心智就会全部暴露，有可能会变成Ceph。普若非认为他必须冒险一试。在他们的这段谈话中，由于塞可一事的影响，克莱尔对普若非的态度有了非常明显的改变，已经不再称呼他为hardware，说话的时候已经带有了恳求的口气。
前进不久在地上的一个桔色箱子里找到了一把MK60机枪，Grendel步枪现在也有两种弹药，还能安装新增的高倍瞄准镜和迷你台风组件，但是仍然没有消音器。在不远处的房子边除掉几个Ceph后，可以捡起他们的Pinch Rifle，射出去的弓箭也可以从尸体上回收。和心灵控制装置连上以后，周围的Ceph不再攻击普若非，并跪了下来，认为普若非就是Alpha-Ceph，普若非险些迷失在集体意识里，但克莱尔的呼唤唤醒了他，他意识到C穿好的集体意识正是其能量来源，不久真正的Alpha-Ceph重新唤醒了那些Ceph，但普若非纳米服的能量不再下降，处于无敌模式，只是这种情况并没有维持多久，很快出现了一个Ceph的重型步兵，左手能发射导弹和迫击炮，右手是一把机枪。在它尸体上可以拿到迫击炮（X-PAC MORTAR）和收割者加农炮（Reaper Cannon），消灭后克莱尔通报大天使的情况，它已经处于传输轨道上了，半小时内就可能发射。除了一座5英里外的设施，CELL已经在大量撤离，这个设施可能是卫星的指挥站，只要能进入其中，就能关闭大天使。
当普若非跳下高地，进入对面积水的房间后，克莱尔提到Ceph瘫痪了抵抗组织的步兵车，她要求普若非去支援她。驾驶一辆四驱车行驶了近一公里后上了桥，克莱尔再次发来信息说Ceph进攻猛烈，另一小队建立了防御，但支持不了太久。普若非杀进桥后的房屋，跳下楼道后克莱尔那边已经开始撤离，她让普若非继续执行阻止大天使计划的任务，而不要再去支援她。在接收这段信息的过程中，普若非再次产生了幻觉，看到克莱尔那边混乱的战况。
当普若非走出楼房时，塞可驾驶着运输机赶来，克莱尔激动的直呼他的名字，塞可这时却让她遵守通讯协议，赶到了克莱尔那边帮助进行撤离，下坡以后普若非再次找辆四驱车前进，半路上还会遭到武直和步兵车的攻击，路上到处是车辆的残骸，Ceph和CELL正在激战，包括Ceph的Pinger和重型步兵，在基地前坐车无法通过，只能步行进入旁边的工事登上楼道打开大门，然后乘坐四驱车继续前进，进入远处的一个隧道后，塞可来电说收到瑞希的求救信号，克莱尔正在追踪大天使的轨道信号，还有15分钟大天使就将抵达纽约上空，她和瑞希的信号来源地相距只有几英里，五分钟内就会抵达那里。
继续前进一段后，在一路烧毁的步兵车旁找到了高斯步枪（Gauss sabot gun），塞可让普若非去帮助他关闭CELL的防空设施电源，克莱尔已经找到了瑞希，虽然并没有受伤，但他似乎有点神志不清，不知自己在哪里，也不认识克莱尔，基地门口有一些烈焰者和重型步兵，消灭后打开大门，进入基地，这时Ceph已经不再进攻克莱尔那边，原因不明。清除附近的敌兵进入电梯，大门打开时克莱尔等人已经在大厅里，在操作另一台终端时，CELL的部队正在撤到地下设施里，不久大天使轰击了地面，但其只有释放了5%的能量，其打击力仍然在Ceph能量产生链式反应的临界值之下。CELL紧急状态结束后进行点名，开始进入第三阶段。这时瑞希开始喃喃自语，他要求抵抗组织帮助他逃离CELL的监狱，当他在沉睡时他的孩子（Ceph）处于一盘散沙的状态，感谢抵抗组织关闭了大天使，进入第三阶段后，Ceph在地球上释放出强大的光柱，形成爱因斯坦-罗森桥（Einstein-Rosen bridge），也就是可以直达M33银河系的虫洞。
普若非突然提到在基地时他无法扫描到瑞希的资料，瑞希说他是纳米服的创造者，但实际上并不是这样，而是他用Ceph的DNA延长了寿命，此时他也不得不开始和Ceph的集体意识进行斗争，但瑞希没能敌得过集体意识，成为了Ceph的一员。当普若非扭转过瑞希的头颅时，幻觉里他的左脸已经变得狰狞不堪，眼中放出白光，窗外Alpha-Ceph伸了过来，瑞希双手释放出巨大的能量，击倒了普若非，也击倒了冲上前来的克莱尔。塞可向其开枪，普若非冲上前去猛击，当瑞希清醒过来后他让普若非赶紧离开，普若非从边上的大门出去，跳上了塞可的飞机，操纵炮台轰击Alpha-Ceph，竭力避开外面Ceph大量的战斗机。
这个关卡几个任务地点之间相距很远，大多要有几公里之遥，地图非常庞大，即使驾车也要不少时间才能抵达，一路上作战场面也比较激烈，很有孤岛危机一代的感觉，和二代的小型地图不可同日而语。
第六关：人的力量ONLY HUMAN
地点：纽约地狱厨房西面第五十二号（West 52nd,Hell's Kitchen,NY）
时间：2047年11月30日上午11点50分（11:50,November 30th, 2047）
第三阶段是Ceph殖民战略的最后一步，也就是最致命的一步。如果Ceph的入侵部队受到显著而持久的抵抗，他们将通过爱因斯坦-罗森桥连接母星系的中央。通过这种方式，Ceph可部署精英部队消灭所有抵抗者。现在地球上的Ceph只是一小部分，Alpha-Ceph在入侵部队抵达之前都会为光柱充能。
塞可驾驶的飞机遭到大量Ceph战机的拦截，坠毁于地表，克莱尔因伤势过重而死亡，在临死之前，她终于获得了塞可的原谅。克莱尔死后塞可心灰意冷，认为他只是个普通人，无法拯救他人，而普若非意在劝说他继续执行任务，两人因此发生争吵，普若非提到正因为他没有穿纳米服，未被围困，才救了大家。塞可被说服后，让普若非去摧毁防空炮，他去寻找另一架运输机。纳米服截取的CELL通讯显示，光柱的充能已经达到5%，VELA3卫星侦测到了距离地球1.2天文单位的霍金辐射，根据太阳光谱遥感技术，白洞已经形成。抵抗组织的另一名指挥官获得了普若非的通讯信号，表示能够相互支援，且形势严峻。普若非提及他将赶去摧毁Ceph的防空炮，指挥官表示一旦他清除了防空炮，运输机就能赶来支援。
在距离坠机地点不远处可拿到狙击枪，然后从杂草丛生的高地上逐渐跳跃下来，来到对面的一幢建筑里关闭防空炮，门口的Ceph拿着一支狙击枪。这时塞可已经找了其他的运输机，Ceph正用集体意识所产生的能量运行防空炮，普若非冲进房屋后连入集体意识之中，摧毁了能量罐，塞可赶来击毁了防空设施。
另外两个防空炮所在地都在五六百米以外，下山后CELL的通讯里提到光柱的能量已经达到13%，白洞非自发的扩展进了太阳系，微引力透镜显示现在的水平线倾斜了不到10微米。这里的地形颇为奇怪，大部分区域都布满了浅水，显得十分空旷，山头之间相距甚远，上面覆盖着植被，看上去像是从远处飞来的山峰径直降落在浅滩上。这里敌兵数量也不多，偶尔有几个Pinger从远处开火，在一些武器堆上还能拿到火箭筒，如要快速行进，可驾驶一些四驱车。以同样手法摧毁第二个防空炮后，光柱的能量达到28%，白洞的水平长度至少18公里，白洞中心将要形成。
摧毁第三个防空炮后塞可驾驶着VTOL降落，普若非登机后是一段空战，击毁了大量Ceph的战机，不过VTOL也严重受损，不得不暂时降落修理引擎，Ceph在该区域大量空投部队，普若非使用VTOL上的榴弹发射器进行压制，起飞后Ceph空投下了心灵控制者（mastermind），它有四足四手，把普若非吸出了机舱，通过控制周围的物体进行攻击，生命值异常之高，中途还有其他单位增援，需要缠斗很久才能消灭，最后在把普若非吸到身边时，普若非同样释放出了巨大的能量将其摧毁。成功以后来到平台的边缘，外面不远处光柱正射向天空，发射时聚集的能量越来越大，导致周围的建筑不断的坍塌，把普若非掩埋在其中。
第七关：众神与魔鬼GODS AND MONSTERS
地点：纽约哥伦布广_场下（Under Columbus Circle,NY）
时间：2047年11月30日上午15点55分（15:55,November 30th, 2047）
当普若非苏醒过来时正身处废墟之中，下方有一具CELL士兵的尸体，从铁架后抽出双腿后，捡起带有手电的NOVA手枪，纳米服的核心系统断线，需要重新启动，呼叫塞可一时也没有回音，前进了一段后受Ceph集体意识的影响又开始产生幻觉，在废墟狭窄的巷道里走了没多远就掉进了下面的水里，然后再次钻入山洞，穿过一个小瀑布，后面的山洞里到处是燃烧的木架，再穿行过很长一段的隧道后来到外面的峡谷里，光柱充能达到52%。过道边上有一些火箭筒和弹药，不久还听到以前哈格里夫让普若非进入迷宫（克里特迷宫）对抗弥诺陶洛斯（人身牛面怪）的话，周围的山洞里已经出现了很多Ceph特有的触角，远程解锁一些地雷，外面是一艘Ceph的飞船，船头是第一个心灵控制装置（mindcarrier），除掉几个Ceph步兵后来到指定地点时再次出现幻觉，纳米服获得了外部能量，短时间内处于无敌状态。不远处有具重型步兵的尸体，X-PAC迫击炮和收割者加农炮就扔在旁边，捡起迫击炮轰击附近的敌兵，根据CELL人工智能系统NAX的通讯，光柱充能已达到61%，虫洞已经扩展开来，外星战舰预计抵达时间为25分钟。
跳上战舰后面的高地后在不远处的弹药箱里可以拿到狙击枪，可以狙杀不少远处山头上的Ceph，抵近以后下面的武器箱里还有火箭筒、C4和MIKE微波枪，接近第二个心灵控制装置后再次获得外部能量，用迫击炮轰击Ceph时，光柱充能达到81%，超光速粒子显示战舰抵达时间为15分钟。在第三个心灵控制装置充能后，用迫击炮在数秒内就能击杀重型步兵和Pinger。前进不久再次看到Ceph的飞船，破坏冷却装置后跑到船头，水中升起另一艘战舰，跳到平台上后，就能看到不远处的Alpha-Ceph，它正给光柱充能，和它遭遇不久，纳米服的外部能源就耗尽了，击毁Alpha-Ceph的一个武器端后，它把普若非吸到身边，但普若非释放出了红色的能量，将其击退，然后拿着台风步枪、高斯枪等装备击退一些Ceph步兵的进攻，一些固定机枪塔可以被遥控，靠近能源箱后还能使纳米服继续获得外部能量，之后接连两次被Alpha-Ceph吸到身边，均用红色能量击退，当Alpha-Ceph继续尝试用集体意识同化普若非时，塞可驾驶着VTOL及时赶到，打断了同化过程，但VTOL也被Alpha-Ceph击落，普若非用复合弓射出了致命的一箭，Alpha-Ceph和其他敌兵阵亡，光柱把周围的一切往中间吸，普若非为塞可打开VTOL的舱门后被卷入了光柱，和其他东西一起卷到了太空。
醒来以后是一段漫长的回忆，以前他牺牲了一切成为了普若非，但即使如此，任务仍然失败了，他绝望的放开了手中昔日队友的狗牌。然而幻觉中的克莱尔提醒他纳米服上的纳米结构已经自由，可以转换成任何形态，普若非借力跳到了大天使卫星上，控制卫星以后，对准穿越虫洞的外形战舰开火，战舰爆炸的冲击波将周围的一切摧毁，普若非坠入大气层时纳米服开始燃烧，最后他掉在了一个热带的小岛边，醒来时鸟语花香，海涛阵阵，新闻里正在播报政府没收CELL公司资产的事情，丝阙克兰德参议员（即孤岛危机2中打入CELL内部的CIA情报员，父亲在孤岛危机一代中掩护队友撤退时阵亡）在国际复苏高峰会议上透露了很多举措，并坦言在运用技术解决人类切身问题的过程中付出了沉重的代价，对未来缺乏远见。实际上技术应该是服务于人类的工具，而不是囚禁自我的牢笼，因此必须吸取教训，好好把握第二次机会。
普若非在照镜子时发现他的纳米服已经融入身体，变成了皮肤，眼睛也变成了蓝色，桌上放着队友的狗牌和合影，走出小屋时，他想起新兵训练营时第一周教官说的话，当纳米服损坏以后，真正可以仰赖的并非准确的情报，也非精良的装备，更不是顶级的武器，而是他自己。直到这次战争结束，他才真正意识到了这一点，然后他把狗牌扔到了海里，然后隐身离开，临走时还不忘来一句“They called me Prophet.Remember me.”，和孤岛危机2的结尾遥相呼应，而从周围的环境和地形来看，这里应该是孤岛危机1第一关太阳初升时看到的那个小屋，似乎又意味着一切重回到最初，人类重新开始新生活。
总评：
和二代长达十九章的战役相比，只有七关的三代略显简短，作为弥补，每个关卡的地图相较于二代大了许多，少数几关的规模达到了一代的程度，敌人的数量也有增加，除了主要任务以外，仿照一代的战役增加了一些支线任务，战役的地点仍然集中在纽约，只是二代中繁华的城市在多年以后已经变得荒芜，有机的结合了一代野外作战和二代城市作战的特点，在剧情上也较好的承接了一代和二代的内容，在很多细节上采用了前作的资料，只是二代中的阿卡特兹（alcatraz）在三代中完全没有出现，无论是躯体还是意识都被普若非全面取代，一代中的塞可成为了最重要的配角，从外貌看，塞可已经是个有着略胖圆脸的中年人，只是那口英国腔还是丝毫未改。新增的卡莱尔带有指挥官和科学家的两种性格特征，到第四关才揭开了她才是剥离塞可纳米服的人，后来才转入抵抗组织，经历也比较复杂，瑞希对普若非的态度充满了哈格里夫的逻辑，从他创造了纳米服这种说法，以及普若非认为他用Ceph的DNA延迟了衰老来看，他似乎正是当年的哈格里夫，或者和哈格里夫有某种牵连，但战役中并没有明确的说明他和哈格里夫是同一个人，对他的背景描绘并不多。为了进一步说明这些事件，实际上战役中可以穿插一些回忆性质的关卡，由塞可来完成，体验一下作为一个普通士兵在游戏中的作战情况。
CELL方面战役中并没有塑造一个鲜明的反面人物，而是用CELL非常冷静的NAX人工智能取代了人类形象，通过她来不断发布命令和提供各种资讯，就CELL的装备看，和二代并没有太大的区别，只是多了些智能地雷之类的改良产品，从剥离纳米服的措施来看，CELL似乎全面销毁了这种技术，但并没有取代它的技术出现，在游戏中很多角色都提到纳米服只是一个外骨骼，实际上纳米服是个生物外骨骼，从现有的技术条件来看，制造一种纯装甲性质的外骨骼并不是难事，如果CELL没有纳米兵，那么生产一些用于强化士兵的普通外骨骼装备也是可以的，这样可以增强装甲，携带更多的武器，保持更快的运动能力，如果要更强些，还能增加隐形能力。在缺乏足够的装甲车辆的情况下，出现这种兵种能够弥补CELL士兵战斗力较差的缺陷，这样也有了可以对抗纳米兵的有效单位，在基地内部，部署一些盾牌兵也是很不错的选择。
虽然在任务背景中CELL已经垄断了市场，但政府军在战役中置身事外仍然非常奇怪，在末尾普若非摧毁了外星战舰后，政府又突然出现没收了CELL的所有资产。从现实角度和战役编排看，CELL前期和抵抗组织的小规模作战政府军可以特种作战的形式介入，CELL、抵抗组织、Ceph和政府军之间是彼此对立和相互利用的，在Alpha-Ceph逃出以后，建立光柱和虫洞，想要从母星系召唤入侵舰队时政府军开始全面介入，刚开始四方混战，产生不少摩擦，尔后在大敌当前时再进行合作，这样也增加几个相互冲突的新关卡，也可以充分利用后期关卡那几个庞大的地图，进行更大规模的空地协同作战，引入类似于一代的地面装甲车辆和武装直升机。
Ceph这次增加了好几个新单位，包括喷火的烈焰者、悬浮的侦察单位、心灵控制者和Alpha-Ceph，但是出场的次数均不是很多，前作的大型兵种Pinger和重型步兵仍然在编，只是重型兵的装备略有改良，迫击炮的威力很大，从实际的作战情况来看，心灵控制者和重型步兵反而是最难的单位，个头不大，但武器很有杀伤力，令人奇怪的是Ceph似乎不再有隐形单位，也没有带有防护盾的小队长，少了很多特色，只是这一次Ceph的五种武器可以独立使用，相对实用的是闪电狙击枪和X-PAC迫击炮，只是弹药补给并不算多。
传统武器中这次主要新增了复合弓、台风步枪、FY71和一把新的机枪，复合弓最大的优势是暗杀时保持隐身，而且弓箭可以回收，弹头也有好几种，对付很多普通单位都是一击必杀。台风步枪的射速很高，近距离杀敌较快，后座不明显，但射程稍远弹着点的散布比较大，子弹的威力也偏小，弹药的消耗量过快。FY71和新机枪出现在联网作战中，单机任务里似乎没有注意到。配件方面这次增加了很多，有好几种枪支都有两种弹药，还增加了重型枪管和制退器，一些步枪上可以安装高倍瞄准镜，两种瞄准镜内的基线也做了调整，颜色改成了黑色，比二代要更细一些，这样在瞄准远处敌兵的时候不容易遮住目标。MK60机枪在游戏中出现的次数非常多，但是弹药基数仍然是200发，Grendel出现的次数反而少了，携弹量比前作略有增加，达到了144发。
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