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Sequence 3
这个DNA段落分成三个记忆区块，Ezio要分别与罗马的佣兵、妓女与盗贼领导人接触，并取得他们的协助。玩家可以自行决定要先与哪个阵营接触，完成各阵营的记忆后，可雇用该阵营协助作战（佣兵）或引诱敌人（妓女与盗贼），达成各阵营告示牌上要求的条件还可获得奖励。
到了故事的这个阶段，玩家可以开始消灭Borgia塔楼并购置商店与房产，累积资金为Ezio添购各种新的装备。此外，解除Borgia塔楼的势力范围也可减少任务进行时可能的阻碍。
Memory 1：Double Agent
100％同步条件：降低恶名值时不被发现，保持匿名状态回到盗贼公会与La Volpe会合。
Ezio与盗贼公会的头目La Volpe重逢，并寻求他的帮忙。然而La Volpe怀疑Machiavelli与Borgia一族勾结而不愿协助Ezio，因为他既是教廷的大使、Cesare的私人宾客，同时还在Borgia一族袭击Monteriggioni之前抢先离开庄园。 Ezio为Machiavelli的清白辩护，此时La Volpe的部下带来情报，指出Machiavelli正在Trastevere与人会面，于是La Volpe找Ezio一同探个究竟。
到了指定地点，Ezio看到某个Borgia守卫偷偷递了封信给Machiavelli，就在Machiavelli离开不久，一群盗贼朝现场的守卫发动攻击，其中一个盗贼Claudio受了伤，需要协助。
Ezio出手相助杀光守卫后，要带着Claudio平安逃离现场：杀害守卫后Ezio的恶名值（体力量表左侧的图示）全满，守卫一旦见到Ezio便会主动攻击，因此玩家要利用附近的人群作掩护才能避开沿途的守卫。当玩家看见一群人集体移动时，可以走到他们中间，当Ezio以及身旁的人群变成灰色，脚下还有额外的白光提示时，表示Ezio正处于人群掩护状态，不会被守卫看见。
利用沿途的人群一路隐匿移动到目标地点，就能带着Claudio平安逃出。
接下来玩家要解除Ezio的恶名状态，才不会处处惹上麻烦。解除恶名有三种办法：摘下场景中的悬赏告示（一份告示可降低25％的恶名值，地图上以海报图示代表）、贿赂报信人（Herald，地图上以嘴图示代表），或是杀害官员（Official，地图上以眼睛图示代表）。将恶名值归零、恢复隐密身分后回去找La Volpe，他虽然对Machiavelli仍有怀疑，但看在Ezio救了盗贼同僚的份上，最后还是同意协助Ezio与阿萨辛的目标。
La Volpe打算重建盗贼公会的据点，交谈结束后，玩家操作Ezio与一旁的建筑师（Architect）交谈，就能把旁边的一栋旧房子改建成客栈，连带修复旁边的地道入口。建立盗贼公会的据点后，Ezio请La Volpe利用间谍找出苹果的所在；绕到客栈大厅后的赌桌，可以与La Volpe交谈并解开额外的盗贼支线任务。另外，现在玩家可以雇用盗贼协助战斗与扰敌，并且在地图上的无人据点花钱让盗贼进驻，让盗贼常驻于该地、便于雇用。
Memory 2：Between a Rock and a Hard Place
100％同步条件：仅杀害Borgia队长一人。
来到佣兵军营，开门迎接Ezio的是豪爽的老友Bartolomeo D'Alviano，他把太太Pantasilea介绍给Ezio认识、彼此寒暄几句后，言归正传谈起了目前与法国人之间的战争。突然一名佣兵进门向Bartolomeo求助，Bartolomeo二话不说就抄起剑杀出门去；这时Pantasilea拉住Ezio，向他说其实目前战况危急，Bartolomeo正受到法国人与Borgia一族的围攻，但Borgia的势力较弱，如果Ezio能打退Borgia，那么Bartolomeo的兵力就能专注在法军上。
接受Pantasilea的提议，Ezio前往暗杀附近Borgia塔楼的队长。无视其他人直接朝他跑去，立即就能刺杀他。顺手把旁边的Borgia塔楼烧掉，再回去找Bartolomeo，他高兴地告诉Ezio胜利的消息，并打算重建军营。 Ezio请Bartolomeo注意Cesare与Rodrigo的动态后结束对话，与一旁的建筑师交谈即可扩建军营。
与Bartolomeo和Pantasilea交谈后，玩家可以在军营的地下室进行格斗赛赚取奖金，并开启额外的暗杀任务。玩家现在也可以雇用佣兵，并指挥他们攻击守卫，并且在地图上的无人据点花钱让佣兵进驻；不过一个据点一次只能让单一阵营（盗贼、佣兵或妓女）进驻，想换人进驻的话得另外花钱。
Memory 3：High-Stakes Negotiation
100％同步条件：不下水游泳。
Ezio到妓院Rosa in Fiore拜访负责的Solari女士，不料她竟然被奴隶贩子给抓走了，要妓院付出2500元才肯放人。 Ezio自愿协助她们，但首先得凑出赎金，玩家可以用偷钱的方式凑足2500元（步行状态下接近路人按A键）、寻找隐藏的宝箱，或是投资商家房产累积足够的资金亦可。
凑满2500元后找奴隶贩子赎人，交了赎金后对方却把Solari女士撕票，还想杀了Ezio。把奴隶贩子全部杀光、抢回2500元后回到妓院，Ezio却惊讶地发现原本应在翡冷翠避风头的母亲与妹妹正与妓女谈天。妈妈说她们两人想来罗马帮忙Ezio，妹妹也自愿接管少了Solari女士、群凤无首的Rosa in Fiore，让妓院情报网得以继续运作。 Ezio气急败坏地说妹妹不适合从事这个工作，但Claudia也倔强地说自己管理Mario叔叔的生意好多年了，再适合这个不过。 Ezio拗不过妹妹的脾气，只好气呼呼地答应了她，并要她差遣妓女找到Caterina Sforza的所在。
用刚才拿到的2500元找一旁的建筑师重建妓院，并与母亲交谈，可以解开额外的妓女支线任务。玩家现在也可以雇用妓女，让她们引开守卫、分散他们的注意力，并且在地图上的无人据点花钱让妓女进驻。
Memory 4：Collective Intelligence
成功联系上三个阵营之后，Ezio在基地与Machiavelli和La Volpe、Bartolomeo与Claudia三个负责人一同会面，确认目前收集到的情报（Machiavelli带来的消息正是先前La Volpe任务中他向守卫取得的资料）：Bartolomeo查到了Cesare目前正与教宗待在Castel Sant'Angelo里；La Volpe说苹果悄悄运到某人手上进行研究，但该人身分仍不明；Claudia则确认了Caterina下个星期会移监至Castello。 Machiavelli提议往Castello行动，若有机会则一并暗杀Cesare与Rodrigo，众人也都同意他的看法，要Ezio别再剑下留人。
Ezio承诺了他们的要求，完成对话后，与一旁的建筑师交谈就能完成这段记忆与整个DNA段落。
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