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序章新宿
新宿，苍白的街道。仿佛没有生命的存在一般，主角NIER在这里抱着头，形同死尸，面对突然来袭的怪物，嘴里边吼着“别过来！！！”边挥动着手中的棍子，却也渐渐显得力不从心。而此时支持他的，只是他那唯一的妹妹吧。 “我去找找看有什么吃的”，看着咳嗽不停的妹妹，NIER的心里是说不出的苦涩，“听好了，无论发生什么事，都不要碰那本书”。地上，一本黑色的书显得异常违和，而上面的图案也比较令人生畏。 NIER走了出去，怪物再次出现了，而他此时早已精疲力尽，最后还是倒在了地上...“给我力量...”或许是出于本能的关系吧，是的，为了生存，无可奈何。 NIER还是借用了黑之书的力量。
之后，他如同打了鸡血一般...越战越勇，LV飙升到了30~~~再次回到了妹妹身边...尤娜依然咳嗽不止，“哥哥，这是我刚刚找到的”，“饼干，这不是尤娜最爱吃的么”，“恩，我想和哥哥一起吃”，“但是...那，我就吃小的那一块吧”，“不行”尤娜硬是想递给哥哥大的一块，却透支一般的倒下，而身上的黑色文字，也慢慢衍生到了头颈，脸上....
1412年后画面一转，1412年后...
NIER的鸡血被抽干，回到了LV1，而时代风格也大相径庭。唯独没变的，还是妹妹的病，依然咳嗽不止。 NIER说要去打猎，来到教堂，找到POPOL，当被问到尤娜的病情时，NIER低下了头，“别灰心，一定会有办法的，你是一个出色的哥哥”，“恩，希望如此”。之后，POPOL让NIER去北平原采肉和药草。
虽然这个世界有被称为的魔物的东西四处徘徊，但是我所在意的，仅仅是如何能和妹妹一起，生存下去。虽然我们两人，还是孩子，生活自然比较艰辛，但是，我想，我已经找到了我们的立足之地，是的，就是这个村子，这里的人都十分热情善良。因此，我也必须努力去做我力所能及的事情。这，也是为了尤娜...。
轻松的任务——虐羊..扒皮..不知道为什么给人一种怪物猎人的感觉呢...回到村入口处，发现魔物已经在这里徘徊，NIER担心村里出什么事，立刻赶了回去，所幸，这里还是一如既往的宁静，完成了任务，NIER回到了家中。尤娜告诉哥哥，他今天看了一本名叫“月之泪”的书，书中说，如果能找到“月之泪”的话，就能够吃到好多好多的美味的食物。 “尤娜..想要能治好我的病的药...”，“恩！尤娜的病一定会好起来的！”，“晚安!"。第二天，NIER一如既往的来到了POPOL那，想帮村子做点力所能及的事情，POPOL表示修桥的职人那里由于魔物作祟，运输出现了问题。 “我去打倒魔物！”，“但是，这太危险了啊”，“放心！我可是村里最强的！”。这些战斗力只有5的渣当然阻止不了伟大的妹控，魔物纷纷倒在了NIER的单手剑之下。回到家中，却发现尤娜不在，到底去了哪里呢？ NIER立刻想到了图书馆，是的，尤娜就是这样一个爱看书的孩子，虽然有时候会看些奇怪的书...向POPOL询问尤娜的去向，得知她早上临走前说是要去石之神殿找“月之泪”。这傻孩子...NIER十分担心，立刻出发前往东门，寻找石之神殿。
石之神殿
来到石之神殿，首先映入眼帘的是一颗枯萎的大树，但是，NIER显然不会在意这些，现在他的心里，只有妹妹，妹妹，妹妹...大树什么的死两次！来到顶上，终于找到了尤娜，但是她却被魔物们像祭品一样贡在台子上，NIER心急如焚，不停的用剑击倒阻挡去路的两把巨斧，不久后，一阵强光，一本书掉了下来...
“好痛，可恶好痛！”书说话了。但是NIER顾不了那么多，书告诉NIER，要救尤娜的话，就必须打倒魔物，解除魔法阵。 “这种事情真的能做到么？”，“你以为我是谁，我可是掌管森罗万象的白之书啊！”，“快想想办法吧，小白！”，“喂喂别把我的名字省略了啊”。不久，白之书就解放了力量，而NIER也能够使用魔法了。 “血即是音，音即是力”小白说着不明所以的话语...而身后的两个巨大怪物，也向NIER袭来了...
BOSS战：守卫X2
两个守卫。作为第一个BOSS战，自然是比较简单的，毕竟两个不会同时攻上来，看到一个有魔法壁包围的情况下，就去打另外个，注意用R2来躲避攻击，R2的判定很神，基本攻击都能闪掉，打掉一定HP后，会出现ATTACK GAGE，再上去打就可以了，建议用蓄力攻击...途中会不断学习到魔法... “对不起，哥哥，又给你添麻烦了。”“不，该道歉的应该是我，对不起，让你害怕了，我们快回家吧，尤娜”。眼看神殿即将倒塌，千钧一发之际，NIER背着妹妹逃过了此劫。 “我没有找到月之泪..哥哥...有了它..哥哥就能变成有钱人了...真是对不起...”看着一再道歉的妹妹，NIER心里百味交加，而此时，尤娜的手臂上却浮现出了黑色的文字。 ——————是的，黑文病。残酷的事实，却不得不接受。得了此病的人，全身会被黑色文字所侵蚀，最终死亡。 “为什么，偏偏是尤娜！她到底做错了什么！”面对命运，NIER所能做的只有叹息和无助的抱怨..
村子喷水池旁，DEBOL正在弹琴唱歌，看到NIER，不禁关心的问候了几句，而让她在意的，正是那本白之书，而令NIER吃惊的是，DEBOL居然知道白之书， “我刚唱的歌里面有出现哦，白之书”“这歌，有什么意义么？”“意义？额，我也不是很清楚。但是，当黑之书降临于世，散布病源之时，白之书就会出现并拯救世界。大概就是这样了吧...”NIER十分在意，决定去问知识渊博的POPOL。
POPOL不愧是POPOL，“当黑之书降临之时，白之书会用封印之咒语，将黑之书消去，并镇平灾厄”。 “封印之咒语..是什么？”，“关于这个也没有详细的记录，不过应该是类似于魔法的东西”。 “对了，在神殿打倒怪物之时，我们所吸取的，一定就是封印的咒语！”，“没错，只要有小白在的话，尤娜的病就一定能治好了”，但是，问题是，现在没人知晓黑之书的下落。为此，NIER决定去杀魔物，来获得封印之咒语，从而对事情能有更好的把握。而POPOL也提供了他魔物的信息，那就是——崖之村。
崖之村
到达后，NIER和白之书立刻被这里的奇特构造所吸引了。但是他们毕竟不是来参观的，当务之急还是找到村长。爬到最顶处，却被村长赶出，“看来是没法好好谈了，而且这里都是些杂鱼，根本没有封印之咒语”。 “恩，还是先回POPOL那整理下线索吧”。路经小屋，发现里面有一朵十分美丽的花，闪闪发光，“这..就是尤娜一直在找的...”，“别碰那花！”背后的声音惊动了NIER，“喂喂，她这穿的是什么..”难怪，NIER也是个生理正常的青年啊...“白痴，你怎么不看看别的地方吧”，只见眼前的女人握紧了拳头，上面浮现出了黑色的文字。 “这个人..是魔物！”
BOSS战：KAINE
小心她的突袭攻击，速度非常快，好在攻击力不怎么样，但是打到一半HP左右她会爆发，之后会使用远距离魔法，小心躲避。她有一招放雷球的招式，破绽比较大，可以抓住机会上去蓄力攻击。正当两人厮杀之时，一个超展开的魔物，从山谷上方爬了下来。 KAINE立刻转换了攻击目标，这令NIER十分费解..“别碍事，现在首要目的是打倒这个家伙！”“魔物...在攻击魔物...”。
BOSS战：魔物
体型巨大，而我方有KAINE帮忙..虽然没啥大用..BOSS攻击方式主要是掌击冲击波，看准时机躲避，攻击的话击中在脚上就可以了。一定HP之后它会爬上去，并吐出许多杂鱼，杂鱼的攻击方式是魔法弹，数量多，好在血少，迅速灭掉，再反复之，最后注意好ATTACK GAGE，不难。眼看BOSS的攻击就要击中NIER了，KAINE立刻上前把NIER踢开，“少碍事”，但是，在她注意力被分散之时，魔物的一记侧拳，硬生生的击中了KAINE 。但是KAINE却挺了下来，并且发出冲击波将魔物打跑。 “等等...别走”，KAINE看着魔物远去的身影，显然，刚才那一下，还是伤的不轻。 “快看！文字消失了”白之书指着KAINE的手臂说道。 “这个人，是人类吧？”，“恩，只不过是被魔物附身了”，“这样啊..我好像做了不该做的事，完全把她当成魔物看待了..总之，当务之急是救她！”。休息之后，KAINE向NIER自报了姓名，并赶他走。 NIER，你能理解一个魔物附身的人的心情么？临走前，KAINE表示“那个家伙是我的猎物，你别出手”。
分支 1：去POPOL处收集情报
分支 2：去看妹妹的情况
村子身为妹控，我选择了2...回到家中，尤娜感到身体不适，NIER立刻赶去拿药。 “看来黑文病病情恶化的十分迅速，至少，能缓和她的痛楚就好了，哎，先去找POPOL商量下办法吧。”来到图书馆，NIER问POPOL有没有止痛药，能够缓和妹妹的痛楚，POPOL提议了“药鱼”，这是一种在海岸之街才有的鱼，具有非常好的镇痛效果。事不宜迟，NIER决定立刻前往海岸之街。
海岸之街来到海岸之街，通过白之书的奇妙能力，找到了熟悉药鱼的人。但是那人扔给NIER一根鱼竿..让他自己去钓...为了亲爱的妹妹，钓鱼什么的自然难不倒NIER，很快，一条药鱼就上钩了，“得赶快带回去给尤娜！”路上，遇到一个老婆婆，要求NIER帮忙去跑一次邮政局，催一下老婆婆的信件。邮政局的人一眼就看出NIER是从POPOL的村子来的，顺便还让他把POPOL的信件带回去。
“哥哥...我好痛...”（想歪了的自己去死两次）。 NIER赶紧喂她吃药，第二天，尤娜的状态终于好了许多。 NIER也放心的去找POPOL了。原来，信件的内容是崖之村的魔物大量泛滥了，但是NIER表示他的武器，实在是无法和那个巨大魔物抗衡，因此POPOL提议他先去机器人山采取金属，强化武器。来到机器人山，开店伙计表示已经没有足够的材料去强化NIER的武器，NIER便自告奋勇的去山中采集材料。
机器人山
机器人山，充满了古代科技的气息。 “古代的人果然聪明啊，这些机器我可是一点都不懂”，“真的聪明的话就不会灭亡了”，白之书在一旁忍不住吐槽。顺利收集到了材料，回到了店里。这样，武器终于得到了强化，但是店里的伙计却还要求NIER去寻找他们的母亲，嘛，谁叫NIER是大好人呢...“其实你没有必要那么帮他们”，“没有母亲的寂寞，我们兄妹两个是最清楚不过的了”，白之书沉默了。来到地下深处，NIER被此地的防卫设施认定为侵入者，巨大的机器向NIER袭来。
BOSS战：机器人
激光扫射比较棘手，利用跳跃和翻滚来躲避，攻击还是靠魔法比较好，建议使用蓄力后的黑之枪攻击弱点，可以给BOSS造成巨大伤害，看准时机上吧。打掉两只手后，会出现不少杂鱼，可以等他们聚集在一起再用黑之手解决。剩下头的时候就简单了，躲好导弹，等他放激光的时候，就把炸弹扔到它嘴里，大概5颗炸弹就能送它回老家结婚了。来到门后，NIER所看到的，只是两具死尸...看来，是母亲抛下了两个孩子，想和这个年轻男子私奔，最后命丧于此，NIER只能带着化妆瓶回去，但是这些，又叫NIER如何启齿呢...
选择1：已经去世了了
选择2：没有找到
善良的NIER选择了撒谎，“对不起，我没有找到她”。但是这，骗得了弟弟，却骗不了哥哥，“母亲，是一个人死的么？”，“额..这个..”，“没关系，我已经都知道了，母亲，是和喜欢的人一起死了么？”，“恩，遗体，有两具”白之书帮忙回答了问题。 “太好了...”，“你说什么？”，“母亲终于不必为我们操心，可以安息了。我认为，这很好..”，“你原谅她了么？”，“我是母亲的孩子！我的母亲..只有她一个..所以！...”。 NIER将化妆瓶递给了他，便离开了。
崖之村再次来到崖之村前的小屋，发现KAINE正在和魔物战斗，“你来干什么！？”，“我是来帮你的”，“现在可不是感动的时候啊”白之书一向是担负着吐槽这一重要的角色。 “鬼才感动”。 KAINE告诉NIER村子里面也出现了不少魔物，于是两人便前去讨伐了。刚进村，出现在两人面前的，正是上次那只巨大的魔物。
BOSS战：魔物
一开始打法和上次没啥两样，比较简单（这里比较有趣的是KAINE的台词...被和谐掉了...），一定HP之后，BOSS会换场地，跑过去之后继续打，这时BOSS的尾巴部位会出现ATTACK GAGE，用黑之枪瞄准速度解决吧，或者也可以等他尾巴砸下来的时候打。继续追击到平台处，打法又回到了第一次时一样。打到一半，魔物突然放出粉末状物体，使得KAINE神志不清，而我们可以清楚的听到魔物的说话声“KAINE，是我啊，是奶奶啊，看到你长那么大，奶奶真是高兴” ，“奶奶....”，“怎么样？KAINE？要到奶奶这里来么？你这样一个人活在痛苦和复仇的深渊中，又是何必呢？”，“就这些么？”，“恩？”，“你要说的，就这些么？”，KAINE似乎恢复了理智。 “奶奶是绝对不会说这种话的！什么叫活着是无可奈何？在我为她报仇之前，我是绝对不会死的，为此，我不惜抱着这丑陋的身躯活到了现在，这种觉悟你懂么！啊！！！？？？”
在两人的奋战之下，终于解决了这只巨大的魔物。而KAINE也倒在了地上...“奶奶，这样可以了么？我真的累了..”大仇已报，KAINE似乎选择就这样离去..“喂！KAINE！千万别放弃！继续活下去！绝对不能放弃啊！”，外边传来的是NIER的吼声，“活下去？到底为了什么？”，“这个..”，“我的复仇..已经结束了”，“真是个麻烦的女人！”白之书又出来吐槽了..“让我们帮你复仇，完了之后就想要说再见了？你打起架来倒是挺利索的，但是脑袋好像不好使的样子嘛，为同伴而死，不正是剑士的夙愿么？”，“同伴？”，“同伴？是啊！我们已经是同伴了啊!”，“我想说的可不是这个意思啊...”傲娇的白之书意外的可爱。 KAINE，你愿意和我一起战斗么！ ？ ”，“笨蛋，你这也太直接了吧”，“或许你说的有道理，小白”，“那你的意思是愿意和我们一起么？ ”，KAINE捡起了地上的双剑，“在我找到这把剑的用途之前，一起也无妨。 ”之后，KAINE告诉NIER，某个国家之王正在研究黑文病，说不定会对其有所帮助，而其所在地，正是沙漠深处，名为假面之街的地方。
假面之街
穿越沙漠，来到了假面之街。好不容易来到王之间前，但是门却打不开，NIER只能原路返回，在路上，碰到一个摔倒了的小女孩，NIER帮她把东西捡了起来，小女孩用手语告诉NIER他叫Fyra，并表示愿意带他们去见假面之王，但是首先，必须要了解这条街的规矩，也就是参观整条街...花了不少时间参观，最后却被告知国王已经由于黑文病去世，现在统治这条街的是王子，而王子现在不方便见客，NIER无奈只能回去找KAINE商量。没想到，Fyra所说的救命恩人，正是KAINE，这令白之书大吃一惊.. 这时，周围的人突然慌张起来，原来，他们听说王子在砂之神殿里失踪了，但是由于这里的规定，假面之街的人未经许可，不得进入沙之神殿，让他们困扰不已。 “这种规矩，废掉不就行了么，还把自己搞的那么麻烦”。 NIER显然不可理解。 Fyra表示要去救王子，但是被制止了，大好人NIER又挺身而出，“如果是外人的话，就没关系了吧？”，好吧，目的地确定了，沙之神殿。
沙之神殿
在Fyra的带领下，NIER和KAINE顺利到达了沙之神殿。在一间房子内，终于见到了王子，原来是个小屁孩，口舌之际，他被一块大石头给带走了...而之后，KAINE也由于没有遵守规定，被石头给带走了= w=经过种种试炼，终于来到了神殿的最深处，迎接我们的却是奇异又高级的石头阵... （试炼分为好几种，简单介绍一下，第一个是不能跳跃，可以靠推箱子来挡住敌人的魔法弹，慢慢推进，第二个是不能停止，这个比较简单，一直跑就OK，第三个是不能跑而且不能放魔法，这个稍微麻烦点，不过可以攻击，到地图左侧去把那些喷魔法弹的东西打掉后，沿着边缘前进，第四个是不能用武器攻击，那自然就用魔法来打，推荐魔之弹..第五个是不能闪避，敌人防御比较恶心攻击也高，建议使用大威力的魔法，比如黑之手）
BOSS：石头阵
这BOSS比较恶心，开始可以上前，依靠黑之手或者黑之枪的减速效果来瞄准红色方块打，全部打完后，先拖一会时间，等KAINE出现，之后当BOSS用手敲地板的时候，他的手上的方块才会变成红色，这时候把红色方块全部打掉，BOSS进入下一阶段，最后个阶段基本就是射击游戏了，建议使用黑之枪来瞄准红色方块，打起来会比较快而轻松一点。原来，王子是去沙之神殿寻找王家的假面。 “自从先父过世之后，我国就频临了各种危机，民众也失去了笑容，但是只要有这个假面在，他国就不敢小瞧我们了，我们也一定能重新振作起来。规定并不是为了束缚，而不是为了自由而存在的！这是先代之王所教导我的话，我已牢记于心，现在的我，配得上做一个王么？”“当然了！”。作为回报，王子答应满足NIER一个要求，NIER提出“如果有不妥当的规定，希望可以通过民众投票来更改”，王子也欣然承诺。但是，王子并不知晓关于黑文病的治疗方法，NIER又再次回到了起跑线上，只能先回去看看妹妹的情况。
村子回到家中，尤娜显然觉得寂寞了，“哥哥，今天会和我呆在一起么？”
分支1：今天留在家中
分支2：今天外出
身为妹控（恩？这话我说了好多次？），今天必须留在家中！尤娜也特别开心，能看到妹妹的笑容，NIER也别无所求。可能是由于累了的关系，NIER做了一个梦，但是，甚至在梦中，他也一直想着封印之咒语，想着如何去救助自己的妹妹，而梦的最后，浮现出的话语，则是“神话之森”，这到底有何联系呢？ NIER决定去一探究竟。正好，POPOL也表示神话之村的村长寄来了一封奇怪的信件，这更坚定了NIER前去的决心。
神话之村
阴气的森林，让人毛骨悚然。村长告诉NIER，最近这一个月，一种名为“死之梦”的病迅速的传播了开来，这是一种一旦睡下就再也起不来的病，村长为了追查这病的根源，而倒下了，现在唯一知道的就是，这种病是通过语言这一特殊的媒介来传播的。 NIER决定进入森林中，寻找解决的方法。经历了各种语言试炼（其实是猜谜，试炼分别选择秘密，日光，人间。），NIER终于解开了死之梦的封印。醒来后，NIER告诉村长，在最后一个试炼中，他遇到了一个与村长极其相似的人，他说“在很久很久以前，我见过你，虽然和现在你不一样”，村长似乎知道了什么，也说“其实，我也觉得以前在哪里遇见过你”，看到NIER吃惊的表情，村长笑了，并表示这可能只是死之梦给人带来的错觉罢了。事后，NIER也从神木中得到了封印之咒语，“原来，助人还能利己。”NIER对此感到欣慰。
村子回到村中，POPOL告诉NIER他妹妹正在找他，到底是什么事情呢？ NIER赶紧回到了家中，妹妹告诉他说，他的笔友生病了，所以尤娜希望NIER能够去帮帮他，“是男孩子..？”，“恩”，此刻NIER肯定心情复杂吧... ..
分支1：既然是尤娜的请求，我怎么能拒绝呢
分支2：还是该快点治好尤娜的黑文病
洋馆
NIER选择了答应她的请求，毕竟这是妹妹难得的朋友啊。来到南方的洋馆，气氛显得有点阴森，执事带他进了一个房间后就离开了。耐不住寂寞的NIER开始四处探索，回来时却发现KAINE不见了，只能再次去寻找。来到一个房间内，发现一名少年正在弹奏着钢琴，优美的旋律却配合不起这个洋馆恐怖的气氛。这个少年，眼睛上缠着绷带，难道就是尤娜所说的人么？少年自称艾米尔，是这个洋馆的主人，但是他对信件的事情却毫不知情，难道不是他？ NIER想要靠近他，却被制止，“不行！危险，我的眼睛，会把人变成石头”。艾米尔虽然对信件不知情，但是却告诉NIER执事可能知道些什么，递给了他星之键和馆内的地图。终于找到了执事，他告诉NIER，和尤娜通信的人其实是他，目的只是希望能有勇者来帮助恢复艾米尔的光明，而治疗的方法正在这个洋馆之中。 “如果可以的话，我当然想自己去寻找，但是那个地方魔物太多，我的能力实在是..”，“别这样，怎么能这么麻烦客人呢？”艾米尔显得有些不好意思。 “我知道了，我去。”，“你就那么想当勇者么？”白之书对这个好管闲事的家伙实在忍无可忍了，“有困难的时候就该互相帮助嘛，而且，反正也得去找KAINE啊”。来到一处图书馆似的房间，“这里的话，一定有治疗我眼睛的方法吧”，突然一本书从书架中飞出，并发出诡异的笑声。
BOSS战：书
攻击比较单调，就是放出无数的书页，只要用魔法弹来一一消灭就可以，之后就上去砍本体，反复即可。一定HP之后，攻击无效化，KAINE出现。之后攻击就奏效了。 BOSS被击败后，从飘落的书页中，NIER发现了记载了石化解除方法的一页，但是，却被暗号化了..执事表示无论花多久的时间，都要解读这个暗号。 （执事的名字是吐槽点，赛巴斯酱） “尤娜，还差一点点，还差一点点，封印之咒语就要收集齐了，之后，就差寻找黑之书了”。 “哥哥，请千万不要讨厌我..”，“怎么了啊，说这种傻话”，“就算我身上出现许多黑色的文字...也请不要讨厌我..”。 “不会的！别担心，我去POPOL那里拿点药来”。
村子POPOL表示药已经没有了，让NIER去南门附近寻找调和材料。此时，映入眼帘的却是疲惫不堪的艾米尔。 “快..从这里离开，魔物...”，外边突然一声巨响，看来魔物的魔爪终于伸向这座村子了！
BOSS战：巨大魔物
共分为3个阶段，第一个阶段有威胁的只有砸地拳，靠跳跃来躲开冲击波，另外杂鱼也比较多，注意HP...第二阶段可以爬上高台，这里相对容易打许多，可以打手，也可以用魔法砸它的嘴巴里，第三阶段就是打脚，一定HP后KAINE出现，之后打空他HP，再跑到图书馆那边的高处，用魔之弹不停攻击头部即可，BOSS攻击基本靠冲击波，跳跃时机把握好就没问题。
BOSS战：触手魔物
不停的攻击触手，然后本体，相对前面一个来说简单了不少，小心旋转攻击即可。
虽然把魔物打进了地下室，但是NIER却被地上突然出现的黑刺刺穿了肩膀，从地底出现的人，和NIER有些神似，而且，他还带走了尤娜。看来，它就是魔物之王，同他一起的，还有黑之书。 “终于见到你了，白之书”，“你，你这家伙是谁？”，“哈哈哈，我是黑之书，也就是你本身”，“你说什么？”，“白之书啊！你难道还没有想起来么，我们真正的目的”，“少口胡！”，“看来你是不愿想起啊..真是愚蠢。我们是为魔王而生之书，只能对魔王示以忠心！”，“我们的目的是...”，“白与黑，当我们融合在一起之时，将魔物解放与这个世界！”，“让你与那小鬼接触，以及收集封印之咒语，都是吾王之意志！”正当白之书被洗脑之时，KAINE的一番话骂醒了它..“我们是相辅相成的，合二为一，对于这个世界是必须的！我们的存在，正是为了乐园！”眼看黑之书就要吸收掉白之书之时，白之书突然放出一阵强光，恢复了自我。 “不可能！我们的存在，必须合二为一才有意义！”，“我管你那么多，我就是我，而且，我还有同伴！”，小白的一番话感动了众人。与魔物之王的战斗一触即发！
BOSS战：黑之书
开始先清理杂鱼，之后到一定程度就能攻击本体了，和先前那个书BOSS攻击方式差不多，但是此时我方的魔法是无法使用的，因此要小心书页攻击，打掉一定HP后就能一个个取回魔法了，之后就简单许多...和先前的BOSS一样打法。眼看黑之书的攻击就要打到小白，NIER挺身而出，但是却身负重伤。 “总有一天，一切都会回到我们的手中！”黑之书说完，便和魔物之王一同离开了。而此时，KAINE也支撑不住了，她要求艾米尔将其石化，连同身后的魔物一起。 “不行，我做不到，这是自杀！”，“你的力量，难道不是为了守护同伴么？快！我已经支撑不住了！”
分支1：将KAINE石化，封印魔物
分支2：就这样全灭
虽然于心不忍，但是这也是万不得已，而且，这也是KAINE所希望的结局吧。艾米尔缓缓摘下了眼睛上的绷带，KAINE望着他，“以后可别再哭了”。石化渐渐蔓延了KAINE全身...“等着，尤娜，等着，KAINE，我一定会...”。
5年后.....
NIER依然做着保卫村庄的任务，“没想到，魔物已经那么快就进入村内了”，“而且，居然还穿着甲胄”，“都是魔王！自从那一天起，一切都改变了！”。 5年之间，NIER一直在追查魔王的下落，但是无果，世界上，因为黑文病而死去的人越来越多。 NIER坚信着，只要不断与魔物斗争，总有一天，会找到魔王的下落。从来信中得知，艾米尔知道了解除石化的办法，让NIER赶快过去。虽然5年过去了，但是艾米尔一刻都不曾忘记过KAINE，正是因为他们身上有着相同的命运，才让艾米尔对KAINE有着一种特殊的感情吧。
洋馆 NIER立刻动身，前往洋馆。从艾米尔那边得知，洋馆内有个地下室，而解决的方法，就藏于其中。来到这个酷似实验室的地下设施，冲破魔物和机关的层层阻碍，NIER和艾米尔两人缓缓前进，但是，走的越深，艾米尔的头痛就越发强烈，仿佛是什么东西在唤醒他沉睡的记忆，而这个记忆，一定破碎不堪...以至于使得他那么痛苦吧...实验体，完全形态计划，6号，7号...一幅幅画面在艾米尔的脑中浮现，而到了最深处，看到了挂在墙壁上的魔物时，艾米尔才想起了一切，原来，他并不是人类，而是一个究极兵器的实验体，代号是7号，挂在墙壁上的，则是他的姐姐...实验体，6号。艾米尔所说的方法，正是吸收6号强大的魔法力量，来破除石化，艾米尔故意被怪物吞噬，看来恶战在所难免。
BOSS战：实验体6号
这个BOSS有些特别，物理攻击对其无效，只能用魔法来打，不过其攻击手段比较少，主要是魔法弹，可以靠防御解决。它在地上时候，就用黑之手攻击，在墙壁上时就用黑之枪射它... 由于NIER外部的干扰，使得艾米尔顺利的吸收了它的力量，但是一阵强光过后，出现在NIER面前的，不再是那个缠着绷带的小男孩了，而是一个略显恐怖的，骷髅状的生物，和6号...几乎长的一模一样。艾米尔此刻心情复杂，以前是被诅咒的眼睛，现在，他的存在本身都让自己觉得厌恶。 "无论你变得怎么样，我们永远都是伙伴。艾米尔就是艾米尔。怎么样？现在眼睛，能看到我了么？"。 "恩，和想象中一样的帅呢。"NIER的安慰，使得艾米尔稍微好受一些，而这一切，都是为了KAINE。
村子
回到村中，艾米尔立刻赶到图书馆，用自己的力量解除了KAINE的石化。
BOSS战：触手魔物
就是5年前那只，一模一样...所以也和5年前一样送他回老家结婚吧。而当KAINE醒来的时候，艾米尔却又不敢正眼看她，他担心自己丑陋的身躯，会被KAINE嫌弃..."艾米尔...是你唤醒我的吧"。 "KAINE小姐..你还认得出我？""那当然了，因为艾米尔就是艾米尔啊。"我想，如果他的眼睛还能流泪的话，早已经泪流满面了吧。总算救出了KAINE，但是DEBOL和POPOL却表示不能让KAINE和艾米尔住在村子里。为什么！明明是他们救了这个村子，为什么！ NIER觉得这简直荒谬，但是，POPOL他们也有自己的理由，毕竟如果他们住在村子里的话，会让村民感到不安吧。从POPOL那里得知，石之神殿有魔王出没的消息，但是，那边的路已经因为倒塌而被封死了，幸好，POPOL告诉他们，还有一条小路，能通往那里。
石之神殿坐船再次来到石之神殿，这里的魔物已经不是5年前所能相提并论的了，看来，说魔王在这里也不是空穴来风。来到祭坛处，守卫再度向NIER发起了攻击。
BOSS战：守卫
攻击方式和以前差不多，注意他身上有防护罩的时候无法伤到他，先把周围的魔物都灭光才行，几次ATTACK GAGE后便能击倒。
在和守卫的战斗中，KAINE不幸被其武器刺穿了胸膛，身上的黑色文字慢慢浮现出来，眼看就要暴走，她让NIER和艾米尔两人别管她，快离开。但是，身为同伴，NIER他们又怎么会丢下她一个人呢...
BOSS战：KAINE
动作迅捷，还会爬墙，在墙上可以用黑之枪打下来，然后猛砍，一定HP后就自动剧情了。 KAINE终于恢复了清醒。 "KAINE小姐，不管多少次，不管多少次，我们都会帮你恢复理智，所以，请不要再说什么丢下你，我们是同伴啊！"艾米尔又急又气，意外的可爱呢...不过这一切，都是出于对KAINE的关心。来到祭坛处，NIER得到了迷之碎片，但是不知道到底有什么用，群众纷纷表示这种时候只要找POPOL就可以了...
村子回到村中，POPOL告诉NIER，要收集全部的5块碎片，才能开启通往魔王城之路，而现在知道的，只有机器人山和神话之森，另外两片还需要慢慢研究。
机器人山来到机器人山，发现只剩下弟弟一个人在这里，当被问及哥哥的下落时，弟弟的头立刻垂了下来，原来，哥哥为了救他，而被铁板压死了。 NIER也明白，在这个动荡的世界，生死早已见怪不怪了，更何况，他们做着如此危险的工作呢。强化完武器后，弟弟请求NIER帮忙去杀死山中那个和机器人在一起魔物。由于多年来受到他们兄弟两的关照，NIER也不便推辞。来到山中最深处，机器人P33赫然出现在众人面前，而它头顶上，有一只魔物，仿佛是在操纵着他一般，身经百战的NIER表示问题不大，顺利击破了机器人。弟弟也算是报了一箭之仇。而NIER也得到了机械碎片。
BOSS战：P33
半血之前和一般的杂鱼机器人没区别，就会踩地冲击波和魔蛋，到了半血后，他会有一招飞天攻击，只要一直跑动就不难躲避，打掉机器人后虐魔物，魔物很菜......
神话之森村长告诉众人，神木那边有异样，让NIER过去看看。于是一番试炼再度开始了...顺利通过后得到记忆之树碎片。
村子顺利得到两块碎片，一时没有了头绪，NIER想先回村里看看POPOL的研究是否有成果。路过邮箱时，发现假面之王发来了请帖，邀请他们去参加婚礼。那个小男孩，也到了结婚的年龄了么，NIER你感觉如何了吖？来到久违的假面之街，王的助手告诉NIER，王的结婚对象正是FYRA，也就是当年给他们带路的那个小女孩。缘分妙不可言。
假面之街第二天，大家兴高采烈的举行了婚礼，花瓣，欢笑，充满了整条假面之街，王也带着他的妻子出现在了众人面前，但是正当他们要举行仪式之时（接吻），一只与众不同的黑狼突然窜出，并咬住了FYRA，甩在了墙壁上。 "是魔物！"NIER等人立刻迎击。
BOSS战：狼
速度很快，建议先解决掉小狼，要注意的是他有一招放出许多的风刃，全吃的话很容易就会死，由于速度快，建议用魔法蓄力时候的减速效果来应付他， HP一半之后它会撤退。第二天，假面之王执意要去狼的巢穴，而助手，带着一群士兵，再一次档在了他的面前。 "我想王你应该知道你自己的身份，是这条街的王...但是，在那之前，你更是一个深爱着王妃的好丈夫！"说完，他转过了头大声说道"我们的王，是谁！"士兵们异口同声的回到"是假面之王！是假面之王！""我们的王妃是谁！""是FYRA!是FYRA！""是谁杀死了我们的王妃！""是该死的狼！是该死的狼！""那么，我们应该怎么做！""手刃它们！为王妃报酬！手刃它们！为王妃报酬！"假面之王此刻的心情，实在是无以言表。没有什么，能比得到国民的理解，更令人高兴了，但是此刻，更重要的，却是为他的妻子报仇雪恨。来到了沙漠深处，终于找到了那只黑狼。大家都像打了鸡血一样，冲了上去。面对士气高昂的假面部队，黑狼还是败下了阵来，被王用长矛刺穿了整个身体。而NIER，也得到了忠诚之地狱犬碎片。
村子回到图书馆中，POPOL告诉NIER，崖之村那边开始了商卖活动，这对于那个死气沉沉的村子来说简直是不可思议的，因此NIER决定过去看看，说不定能有什么碎片的线索。
崖之村来到村长那里，他却表示毫不知情，让他自己去集市那里看看。 NIER立刻发现那里的人十分诡异，俨然是被魔物附身了，清理掉一些杂鱼之后，一个眼球状的巨大魔物赫然出现。
BOSS战：眼球魔物
攻击主要靠魔弹，当它靠近平台边缘的时候可以用剑上去砍，建议片手剑，不然容易被打断，之后剧情，要绕到它的背后用魔弹或者远距离魔法攻击，注意绕的时候要绕到较高的上方，下面是没用的，最后阶段就轻松了，直接魔弹解决。魔物实在过于巨大，NIER的力量显然无法消灭它。此时，艾米尔终于使出了他真正的力量，但是，由于威力过于强大，使得整个村子都被毁灭了，这就是最终兵器的威力么？看到村子因为自己的关系被毁灭，艾米尔沮丧不已，认为这一切都是自己的错。 "这是没有办法的事情。记住，不管发生什么事情，我们都会在你身边"。艾米尔因为这一番话，稍微恢复了一点元气。 NIER他们也得到了最后的祭品之碎片。
村子终于凑齐了5块碎片，接下来，要做的就是冲向魔王城，夺回自己的妹妹，NIER暗自下定了决心。
魔王城魔王城里“看来我们一直回到同一个地方来阿”艾米尔发出了疑问，“总之一定有什么方法能出去”小白表示非常乐观。这时两只鸽子说话了……声音非常的小黑。小白上去和老友对了一番暗号后小黑放出了进城许可，进门后意外的看到了村中的姐妹“DEBOL、POPOL，为什么你们会在这里？”NIER感到万分诧异。 “你们确定要再进去么？里面可是很危险的，而且也不一定能救出尤娜”。身为妹控（阿咧）NIER毫不犹豫的选择了进城救出尤娜。 “那么，没有办法了呢”DEBOL和POPOL双双举起了法杖，不知为什么，两人的脸上露出了悲伤的表情
BOSS战：DEBOL、POPOL
两人的招式虽然华丽，但是没有什么威胁，主要的攻击方式是近身的4连击，躲过之后直接反击即可，第一阶段对姐妹造成一定伤害后，姐妹会封印小白的力量，第二阶段魔法使用不能，姐妹会使用我们一直用着的各种魔法，注意回避“难道你们一开始就是魔王的同伴么？”NIER不敢相信站在眼前的是村子里那对和蔼的姐妹“答案需要你们自己去寻找”夺取了小白的力量后，二人无心恋战，离开了这里。 “居居居居居然夺走了我最最最最最重要的武器口才……”嗯，看来小白的大脑也不太正常了。 。继续深入魔王城，进入了一个类似舞踏馆的地方，机灵的艾米尔发现回去的门已经被封死了。 “没关系，本来就没想着回去”NIER怒火中烧ING。 “就这样一路打进去！”KAINE火上浇油ING。 。 。 。 。战了一阵子后KAINE表示她负责去开门，让大家援护，“还没好么，KAINE”眼看着源源不断的魔物，NIER渐渐支撑不住“这些细心的工作根本不适合我！”KAINE最后还是采用了适合自己的作风，一脚踢开了门。 。映入眼帘的确是黑压压的魔物。
BOSS战：魔物野猪
和普通的野猪差别不大，就是追加了跳起砸地攻击，另外虽然冲刺攻击不好回避，不过伤害很底，虐惯了野猪的同学们纷纷表示问题不大打败野猪魔物后紧接着出现了第二支披着装甲的野猪
BOSS战：装甲魔物野猪
第一阶段和前面一只野猪毫无区别，就是批了层装甲，打倒一次后野猪满血满状态立马复活，第二阶段是逃亡战，箱子很讨厌，善用翻滚到上面后进入第三阶段，第三阶段只要拖延时间等待假面族人打开大门就好好不容易跑到了上方，面前耸立的确是凭借一人之力无法打开的大门，就当NIER等人与野猪战到筋疲力尽的时候，远处飞来了无数的投枪贯穿了野猪，出现在大家面前的是假面族年轻的王所率领的勇敢战士门！面对如此巨大的魔物，王当机立断为NIER等人殿后，战士门打开大门后，硬是把NIER塞了出去。年轻的王，面对如此巨大的魔物难免有些紧张，尽管如此，为了假面族的荣誉！为了死去的王妃！战士们此刻已经不是一个人在战斗了！紧闭的大门对面，NIER还在捶打着大门，他不愿意再让朋友为自己而死了，这时KAINE的一巴掌唤醒了NIER“不能让他们的努力白费”。是的，为了心爱的妹妹，NIER此刻只有继续向前！ “终于来了，我们一直在等你们”DEBOL和POPOL又一次阻拦在众人的面前。 “为什么！为什么要这样！？”“1300年前”面对情绪激动的NIER，两姐妹缓缓道来“人类毁灭前最后的手段'盖修达鲁特计划'，小白，你想不起来了么？”此时小白终于回想起了一切，可是他却说不出口。 “不光是我们，这里的全员，都是为了制作人类的'复制人'，也就是说，你们根本就不是人类！”DEBOL和POPOL代替小白说道。 “怎么会！难道这个世界已经没有人类存在了么？”“不……我们所称呼为'魔物'的家伙其实是人类，原先的人类”。 。 。面对头脑一片空白的NIER等人“把你们的身体还回来吧，还给本来的人类！”“你们有你们的理由，但是我们也有我们的理由，就是这么回事”姐妹两宣告了战斗开始
BOSS战：DEBOL、POPOL
第一形态，POPOL会给DEBOL的身体加上弹幕的加护，DEBOL的主攻手段是黑之拳，因为是面向正面的突刺拳范围很窄，所以乘她放拳的时候回避到侧面攻击会很有效，反复几次即可进入第二形态，第二形态，尽量在POPOL攻击之前攻击她，一旦散开弹幕之后，保险起见还是专心防御等待下一次的攻击机会
“对不起了，POPOL”“DEBOL不要丢下我一个人！不要！！！”面对死去的DEBOL，一直温柔的POPOL终于暴走了“我要杀了所有人……” 为了压制POPOL，艾米尔选择了留下用自己的力量封印住POPOL……“虽然我很讨厌自己少年时代会石化人的眼睛和现在这副样子，但同时我也很感谢它，因为它我才能和大家成为同伴！谢谢大家，现在能成为保护大家的'兵器'我真的很感谢你们”。 。送走了NIER和KAINE后，艾米尔在永恒的黑暗中吐露了心声“真是的，KAINE桑一直很粗暴，小白也口无遮拦的，我不在的时候不要吵架才好……还有NIER，我好想再见见你们……我……不想……死…………不想死阿……” 接二连三的失去重要的伙伴，NIER陷入了失落，KAINE也忍受不住这种痛苦，发泄在了NIER的身上。 。 。但是，他们已经不能回头了，魔王城最深处，满怀着愤怒的NIER和KAINE二话不说就开始了战斗
BOSS战：魔王、黑之书
第一个对手是黑之书，他的攻击手段和之前区别不大，还是用老方法，紧接着开始与魔王战斗，魔王的战斗模式就是片手剑的NIER加黑之枪，离开魔王距离稍远的话会追加一招钻地攻击，比较难回避且防御不能，所以还是勇敢的贴身战斗吧，打到1/3血时发生剧情
正当NIER要去杀了魔物之王的时候，旁边的妹妹忽然出面阻止。 “不用了，哥哥，尤娜，不想占用别人的身体，这个身体里，有着另外一个女孩，她和尤娜一样喜欢着自己的哥哥”尤娜对着魔王这么说。转过头来，“你就是'哥哥'吧”“是阿，一起回去吧……”看到眼前的这个哥哥，善良的“魔物”尤娜决定把身体还给尤娜……一步步的走到阳光下“对不起，对不起，对不起，哥哥，对不起，对不起，最喜欢哥哥……”眼看着自己最爱的妹妹消失，忍受不了痛苦的魔王终于暴走了魔王会放出大范围的光线，防御不能，看准时机一边回避一边用黑枪攻击之。过一段时间后会回到地面展开白刃战。攻击模式和之前差不多，不过速度有所提升。实在不行就嗑药，反正是最终战了
为了阻止魔物之王行动，终于连小白也离开了，“我就是喜欢你单纯的这点，还有，我其实挺喜欢小白这个名字的”
因为魔王被封住了行动，只会在原地发射弹幕，同样，因为小白的离开，NIER也不再能使用魔法。所以推荐装备枪，一路回避过去后利用枪的冲刺给予魔王伤害，大约3次左右就能结束战斗面对消灭了魔王焦急跑到妹妹身边的NIER，KAINE摇了摇头，已经失去形体的小白如此说“尤娜，没关系的，去唤醒吧，尤娜，还有你的记忆，想起来把，你们生存的证明，是你的话可以做到”脑海中，浮现出了尤娜的声音“尤娜喜欢的书叫什么呢？是魔法的绘本。尤娜喜欢的地方呢？有哥哥在的地方。尤娜喜欢的花的名字？花的名字是月之泪哦。那么，尤娜最喜欢的人是谁呢？” “哥……哥……”醒来的尤娜眼前，映入的是哥哥的样子“”这是我的身体？ “是呢，是只属于你'自己'的身体”“哥哥，变大了呢”“是阿，那之后，已经过了一段时间了”“尤娜一直在睡觉么？”“是呢”“好像故事里的公主呢”看到天真可爱的尤娜，NIER忍不住上前抱住了她“太好了，真的太好了”。拒绝了NIER一起生活的邀请“和妹妹一起过平静的生活吧”丢下这句话，KAINE离开了这里，去解决“个人的问题” “哥哥，快看，好美呢。'看着光芒吧' ，总觉得有人和我这么说” 祥和的村子里，酷似NIER的少年采了一朵白色的月之泪交给妹妹，“谢谢哥哥～满天的光芒呢”“是阿”两人悠闲的躺在草地上。另外在纯白的世界里，魔物之王也终于和妹妹走在了一起
结局A。达成
结局B。
击败魔王后，画面转回了1412年前， 面对消灭了魔物保护住自己的哥哥“哥哥也吃一块吧”尤娜拿出了一块饼干“不了”“哥哥从昨天起就什么都没有吃了阿，至少，要吃半块”。 “谢谢”面对关心自己的妹妹，哥哥伸出了手。 。画面一转，魔王一个人在纯白的世界消沉的时候，仿佛看见尤娜出现在了自己的面前，手上拿着的，是之前没有来得及给哥哥的半块饼干. 荒芜的大地……一颗南瓜从天而降“好疼好疼，真不愧是姐姐的身体，真是顽强呢。说来还得去见见大家呢，KAINE和小白在我不在的这段时间里有没有吵架呢～阿只有头真麻烦阿，见大家之前还是先把身体弄好吧。。。。”
结局B。达成
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