第一章 翼を抱いた少女 战斗区域：海底レリクス 游戏开端就是剧情对话和动画，玩家跟其他佣兵一起集合到新发现的区域海底レリクス进行调查，在那里突然发生坍塌，区域内的安全门关闭上，玩家发现自己与女主角都来不及离开，于是便决定一起往区域里面寻找出路。本章节是基本操作教学，一路上的怪物不多，基本是以火属性和光属性为主，沿路进入第二层会有光子护栏挡住去路，玩家只需要使用回避动作就可以避开这些护栏；来到第三层，这个开关需要两条钥匙来开，玩家只要向前走会来到一个房间，到里面启动装置，第一把钥匙就会在房间门口出现，回到开关前只需要打倒两个怪物，第二把钥匙就会出现。
對話選擇
上
少女に声をかける
下
たしかにひどい
下
ここに来たことがあるの？
上
信じる
上
大丈夫
★BOSS战
★スヴァルティア
剧情对话后便有BOSS特写CG动画，本区域BOSS为LV3的光属性大型自律机动兵器，HP不高，攻击也可以使用格档或回避躲掉。
BOSS攻击方式有几种：1.从远处跳到玩家所在位置砸下来、2.从远处冲向玩家发动追尾攻击、3.靠近时发动圆周攻击、4.近身向玩家砍下斧头攻击、5.原地爆发追尾攻击。
提示：战斗一开始会遇到PSO的经典怪物刀魔，刀魔的攻击方式跟以往不同，会跳起攻击玩家，这个攻击方式有击倒效果而且威力对玩家初级杀伤力挺大，要留意用盾防御或回避掉。
战后将增加自由任务「海の底の古代遗迹」和「草原の支配者」和开放行星帕尔姆的移动许可。
战斗后发生剧情对话，大型自律机动兵器原来并没完全击破，当它准备向女主角发动攻击时，玩家为女主角挡下这一击，醒后发现自己已经在Little Wing中，原来是被Little Wing的统筹者兽人大叔克劳齐救起，克劳齐邀玩家加入Little Wing成为雇佣兵。跟女主角发生剧情对话后，进入个人房间，女主角介绍完房间功能后暂时在玩家房间小休一回，当玩家正要离开房间时，女主角体内的迷之女性“美加”出现并要求与玩家说话，原来玩家在救女主角的时候已经被自律机动兵器杀死，美加被女主角强烈的愿望呼唤出来将玩家的身体再构造才得以生存，交谈中发现美加是来自旧文明时代的人，使用已流失的古代技术将其意识寄存在女主角中。原来旧文明时代也曾被SEED袭击，经过长期战斗终于将SEED封印，但是因为SEED的污染，三行星已经不能复原，行星与旧文明的人灭亡只是时间上的问题，于是旧文明的人就实行了跨越时空的“复活计划”，首先对被SEED污染的行星进行净化，然后制作新的人类素体投放到大地上，之后旧文明的人将已经被污染的肉体放弃，维持着精神状态，进入长眠，等待新的人类素体创造出高度文明时就将他们的身体夺过来，由此复活。美加请求玩家协助阻止这个计划。此时女主角苏醒，并向玩家介绍据点的行星移动功能，对话后便获得行星间移动许可和女主角的队友卡片，到此第一章结束。
第二章
黑衣の破坏者
ACT.1
战斗区域：位于热带雨林中的卡修族村
對話選擇
下
任せて
上
依頼を成功させよう
上
わかった
上
全然わからない
下
村が気になる
做完一次自由任务后回到据点发生剧情，克劳齐委托玩家到莫多普行星寻找一个兽人族的男人，玩家和女主角到达莫多普行星的文化保护区后遇见同样也在找人的兽人夫妇托尼奥和莉娜，四人认为这个区域虽然有很多飞船停留却没有其他人在觉得很可疑，于是便决定一起行动。一行人来到卡修族的村子作调查，发现到处都是卡修族设置的陷阱，通道被火柱陷阱挡住通路，此时玩家只需要按L+方向键呼出主观视点就可以向着紫色的花作调查，调查后就可以穿过火焰继续前进。来到第二层会有一个石墙挡住玩家去路，此时只需要呼出主视点调查就可以将石墙击破。一路上怪物以土属性和火属性为主，进入第三层后在柱子群中见到一棵树向树上调查后用枪将果实射下来，调查后可以获得提示拥有紫色花的通道是正确的，其他都是陷阱。进入提示的通道后就遇到卡修族的少年尤多，尤多误会了众人是来袭击村子的，于是便向玩家发动攻击，此时马上进入BOSS战。
★BOSS战
★卡修族少年
卡修族少年体积小而且攻击速度很快，还会专门攻击玩家，刚开始是土属性，受到一定伤害后变成火属性，推荐使用远程攻击武器。
提示:通道选择为1.调查紫花2.从火柱通过3..打破石岩4.二层调查紫花5.走没有黑火的通道6.分支路段上打破中间的石岩7.调查岩石下的机关8.选择向非机械箭形符号的一方9.有紫花一边的通道
ACT.2
卡修族村周边
對話選擇
下
エミリアを助け起こす
战斗后托尼奥和莉娜二人决定留下照顧少年，让玩家和女主角先走，于是二人便继续搜索行动。刚进入第一层守门口的是我们熟悉的PSO经典怪物钻头拉比鸟，与PSO时代的攻击方式不同的是它钻到地下向玩家追尾，还会腾空冲向玩家，此攻击方式带有击倒效果，被打到也会很伤，要注意多用回避和格档。进入第二层后来到大广间会有个粉红色的伪钥匙，此时玩家只需要装备近身武器将它击破即可。来到最后一区守关的是一只电兽，主要攻击方式为全身发出电向玩家作带有小小追尾性的冲击，因为是连续性攻击，所以建议没装备盾且HP防御力教弱的玩家不要防御，在怪物就快要冲过来的时候用回避动作躲开攻击。击倒守门兽后，玩家与女主角来到卡修族村内，此时的卡修族村正被大火吞噬，二人发现一个看起来并非卡修一族的白发黑衣少年，少年手上正拿着一个红色的记录卡，少年将艾米莉亚称呼为“消失了的存在”，并且带有强烈的杀意，正当少年向女主角发动攻击时，美加及时出现救了她。随后托尼奥和莉娜便赶到，发现跟随在少年身边的兽人众好象是被洗脑的样子，托尼奥和莉娜要还要继续调查，就把卡修族的少年和昏迷的女主角带回Little Wing的任务交给玩家。
回到据点后，克劳齐叫玩家到咖啡店商量，寒暄一阵后女主角就来叫玩家到移动室中，告诉玩家在与白发黑衣少年战斗时总觉得那并不是自己的意志，女主角终于察觉到美加的存在，美加向女主角表明身份后，告诉女主角和自己是记忆共有的，女主角才记起玩家是为了救自己曾经死了的事实，因此而自责起来，为了不再连累玩家，女主角便向玩家请教战斗的方法，于是便决定马上跟玩家去Free Mission作训练，到此第二章结束。
劇情对话结束后，系统开放行星莫多普的移动许可，并开放自由任务「修罗の谷」、「热带雨林の猪突兽」、「最凶の砂兽」和道具交换任务「砂漠惑星のオアシス」以及咖啡店的NPC委托任务。
完成了一個自由任务返回据点后，女主角叫出美加，商量为了阻止旧文明的人类抹杀计划必须先阻止亚空间研究，因为亚空间移动会去到旧文明人所存在的「マガハラ」，但经过一番商量后都想不出方法，此时众人便决定先找克劳齐商量。
第三章 造られた「希望」
ACT.1
战斗区域：生物研究设施
對話選擇
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そんなことはない
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その通りだ
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わかった
玩家与女主角来到Little Wing中，发现之前在卡修族一同进行调查的托尼奥和莉娜也在，原来二人在卡修族执行任务时遇见克劳齐，二人因为以前曾当过海盗所以没有其他组织允许加入，而Little Wing的条件只有一个就是“实力”，于是二人便决定加入Little Wing。接收完托尼奥和莉娜的队友卡片后，玩家和女主角便来到克劳齐的工作座位处，将事情的来龙去脉向克劳齐告知，但是克劳齐并不相信，要求二人连同托尼奥和莉娜去一起执行任务，于是二人便去到美容店找托尼奥。
本次任务是要来到帕尔姆行星中帮助インヘルト社研究中心将实验中逃跑的新种原生生物アスクーク驱逐，众人来到研究所中，艾米莉亚还在因为克劳齐不相信的事而烦恼，托尼奥为了鼓励她，说出自己曾经作为G组织的教官保证她，艾米莉亚听到G组织这个词后忽然想起了某些被遗忘的记忆。莉娜将任务向玩家和女主角说明后便开始驱逐，本区域的怪物以电和火属性为主，沿途会碰到新怪物ヮルムス，这种怪物在被击破消失前会防出攻击球作最后反击，玩家要注意击破这种怪物时不要对着它。这次任务中的所有门锁开关都有限时，要注意先清理途中出现的怪物，否则会不够时间赶过去。第二层的其中一个限时开关需要点技巧才能到达目的地，如图示先去打开开关，然后到外面清理好所有怪物后，再次打开开关，赶去传送点就可以到达被锁的门口。
镇压完原生生物アスクーク后，设施警报突然响起，インヘルト的职员跑来向众人求助，原来是设施内的机器暴走，众人便决定将主领导机器レオル・ヴァリア的制御装置破坏。（艾米莉亚流露出与平时不同的见解，建议众人先将主领导机器的制御装置破坏，在卡修族时也是，马上就能辨识到卡修族的语言）由于亚空间发生装置的就在这个研究设施的地下，所以研究人员都不希望放弃这个设施。
ACT.2
战斗区域：亚空间研究设施
對話選擇
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クラウチに怒られる
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よくがんばったと思う
本区域的怪物基本以电和火为主，一路上都是些小杂兵，到第三层时会有几台大型机器，这种大型机器有两种主要攻击方式，一种是对着玩家连续扫射，另一种就是向玩家进行冲撞攻击，这两种攻击前一种可以善用完美防御，完美防御后它就不会继续扫射，冲撞只需要回避动作就可以躲掉。
★BOSS战
★レオル・ヴァリア
BOSS的几种攻击模式
第一种完全不会中的是光线炮，这时候他的脚会小幅度动作，不过不怎么影响攻击。
第二种跳起重压，这个可以回避躲过。
第三种浮空脚上会放出蓝色光圈追尾，这个时候只要跑上平台就不会受到伤害了。
第四种旋转追尾兵器，此攻击分别会有两次袭向玩家，玩家只需要格挡掉即可。
第五种地上随机喷出蓝色烟雾，这个攻击因为有NPC在一般不会向玩家攻击。
第六种对着玩家连续喷发蓝色炮弹，这个攻击如果第一下没能挡掉，那么就很容易被连击至死，所以如果吃了第一下攻击必须快速吃药补血。
第七种浮空移动在身体四周落石，此攻击移动速度慢，跑路或者在它底下都不会受伤害。
战斗后众人遇见了インヘルト社的代表夏目（ナツメ•シユウ），从夏目代表口中得知原来亚空间研究设施和レリクス一样同为集合了旧文明遗产的地方，要移民到目的地亚空间实际上就是发现了旧文明的地方，而亚空间研究实际上就是旧文明技术的研究。 众人跟夏目代表道别后回到据点，切尔茜向玩家和女主角传话，克劳齐要见二人，来到Little Wing找克劳齐，他对女主角大加赞赏，女主角对此感到非常高兴，到此第三章结束。
对话完毕后，系统开放行星帕尔姆的移动许可，并开放自由任务「エンドラムの残党」、「多脚兵器破坏指令」、「砂尘の机械兵士」、「狂う珍兽」和交换任务「机械惑星の秘密结社」以及美容店开放祈祷师小夜的柜台。
完成一次自由任务后，切尔茜便跟女主角联系，告知卡修一族的少年已苏醒，于是玩家与女主角一起到Little Wing了解那位少年的情况，见面后少年马上提高警戒，在女主角的关心下，少年解除了警戒，对话后得知少年名叫尤多，女主角觉得尤多昏迷了一段时间便提议自己请客带尤多去咖啡店吃东西，尤多在进食时已和女主角熟落起来，女主角因为之前被克劳齐表扬，决定买礼物送给大家，正当众人聊得兴起时，Little Wing内部发生紧急事态，原来CLAD 6被不明武装集团入侵，切尔茜决定将CLAD 6内的所有设施暂时关闭减少损害，但当女主角听到枪声时，便冲出咖啡店，刚好碰上持枪的入侵者，原来他们的目的是要袭击女主角，乌鲁苏拉突然出现救了女主角，随后克劳齐在外喝完酒也回来了，乌鲁苏拉苛责克劳齐没有管好治安，此时女主角发现自己买的礼物不见了，其中要送给克劳齐的礼物被本人拾到了，被喝醉酒的克劳齐出言不逊给伤害了，女主角伤心地跑走。将寻找女主角的任务交给尤多后，玩家便按指示来到Little Wing找乌鲁苏拉，对话中了解到原来乌鲁苏拉才是Little Wing的统筹者并且是CLAD 6的舰长，而自称是统筹者的克劳齐则是充当Little Wing的监督角色，因为担心Little Wing的管理问题，乌鲁苏拉决定留下来。来到Little Wing门前发现尤多已经找回女主角，与尤多交换队友卡片后，到控制室找女主角，此时她正在发泄怒气，当女主角稍微冷静点时，美加向二人说当时在袭击者眼中看出异样的视线，尤多也表示那种视线给人不好的感觉，原来尤多也能看见美加，尤多觉得美加跟他们族人侍奉的大地神十分相似，交谈中得知卡修族一直按照旧文明人留下的记忆体侍奉着大地神，那个记忆体就是之前白发黑衣的少年抢走的东西，为了夺回记忆体，尤多要求众人一起修行。
再完成一次莫多普行星的自由任务后，克劳齐告诉大家有新的委托工作，众人来到Little Wing，这次任务是インヘルト社直接委任，成为亚空间发生研究的警卫，具体内容就是要在将装置周边的原生生物消灭，因为责任重大所以インヘルト社同时也会聘请同盟军和G组织的成员，而Little Wing将会派遣玩家、女主角和尤多一起负责。
第四章 ハッピーバースデー ACT.1
战斗区域：亚空间实验制御设施
對話選擇
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行きます
上
わからない
上
ユートのお姉さんみたい
本次任务有时间限制，一路上敌人都以水和火属性为主，途中有新怪物魔法师的出现，他的主要攻击方式有两种，一种是放冰魔法，特殊效果十分高，使用机器人种族的玩家要留意很容易被冰住，另一种是玩家近身攻击的话，它就会冲撞玩家。沿路来到第二层，尤多会向玩家提示正确的道路，玩家只需要跟随尤多的提示选择就可以了。选择正确后第三层就会直接进入守关怪物的地区，本次守关是一只中型火属性怪物，此怪物主要有两种攻击方式，一种是近身回旋攻击，另一种是远程放出电击，玩家稍作留意即可轻松击倒。
击倒怪物后，尤多在对谈中获知玩家曾经死过一次再复活，他逼切地想知道玩家是如何复活，女主角承诺在委托结束后将一切告诉尤多，于是众人便继续向亚空间实验制御设施迈进。
ACT.2
战斗区域：亚空间实验制御设施
對話選擇
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二人とも落ち着いて
上
一人では無理だ
刚进入亚空间实验制御设施就碰到大量原生生物袭击，正当众人逃离时，突然有一位女性冲进来将所有原生生物击倒，对话中得知这位女性是G组织的综合调查部成员，名叫露米娅•韦伯，是来设施中救人的，是前作英雄伊桑•韦伯的妹妹，女主角对G组织莫名的讨厌立即与露米娅发生争执，二人争持不下决定一同救人并守护制御设施。本关主要任务是守护制御装置不要被怪物破坏，而本关怪物主要是以光属性为主，在每个守护地点都设有时限性的屏障帮助玩家暂时阻挡怪物的前进，玩家要善用这些屏障。
★BOSS战
★アルテラツゴウグ
本关BOSS是一条光暗属性同体的双头白色巨龙，攻击方式大致上跟草原的火龙差不多，甩尾、原地移动时身体带攻击判定，双头会同时放出光与暗属性的攻击，推荐使用远程武器攻击它的尾部。
即使驱逐了所有在设施内的怪物也不见有人逃出来，原来是研究设施的生物アルテラツゴウグ暴走了，女主角无法扔下露米娅逃走，于是便于她一起留下来将アルテラツゴウグ消灭，将怪物消灭后三人便回到Little Wing的社长室，原以为会被责骂的女主角惊讶地发现大家为她准备生日派对，到此第四章结束。
对话结束后，系统开放行星纽提斯的移动许可，并开放自由任务「流水の神殿」、「樱华の法击」、「凶飞兽讨伐」和交换任务「星灵惑星の赛钱箱」。
完成一次自由任务后，女主角问美加为何会帮助他们时，美加说自己将格拉尔的人们当作是自己的儿子，女儿一样当成家族看待，因为创造HUMAN正是美加。此时克劳齐让大家到Little Wing集合。
第五章 时を越えた邂逅 在Little Wing观看新闻得知，格拉尔各地发生神秘失踪事件，而已被找到的失踪者都有着不明原因的记忆丧失症状，原来之前袭击女主角的入侵者也是失踪者，他们醒后完全没有入侵CLAD 6时的记忆，跟袭击卡修族的人同样的状态，现在事态更严重，负责搜索失踪者的工作人员也同样失踪了，这次委托的任务就是要把失踪的工作人员找回来。
看完新闻后，艾米莉亚认为袭击卡修族村和袭击自己的应该都是那个白发黑衣的少年所为
ACT.1
战斗区域：エルバルス雪山
對話選擇
上
よろしく頼む
上
すごい子だよ
上
そうかもしれない
三人来到雪山碰见同样执行着任务的露米娅，露米娅要求同行，于是四人便开始搜索工作，本关以水、土、暗属性的怪物为主，众人对于这个区域居然出现被SEED感染的怪物觉得很奇怪，听过艾米莉亚的分析后，露米娅对她的分析能力感到惊讶，结束对话后众人继续前进，进入设施后本次的守关怪物就会出现，守关怪物是个大型自律兵器，要留意它会经常向你投放大范围轰炸弹，轰炸弹的威力大，很容易被连击至死，玩家要只要留意炮弹的攻击方向注意闪避就可以了。
ACT.2
战斗区域：地下洞窖
對話選擇
上
夢なんかじゃない
下
一人では無理だ
打完守关怪物后，露米娅仍旧没获得G组织调查队的信息，原来不单是Little Wing的工作人员失踪了，连G组织的工作人员也失踪了。于是众人决定再往洞窖里的设施探究，刚进入洞窖便听到有人的叫喊声，众人向声音方向跑去，发现是Little Wing和G组织的工作人员，但是他们很惊慌，好象不分敌我一样向众人发动攻击，并且将众人看成SEED，众人惟有在不伤害到工作人员的情况下将他们击倒。本关的怪物以暗属性为主，而任务条件就是将所有神志不清的工作人员击倒，而本关有些墙壁是需要玩家将特别爆弹移动到需要爆炸的位置，移动方法就是向特别爆弹攻击即可，要注意那些特别墙壁背后的隐藏房间是有工作人员在的，建议玩家全部清理掉。进入最后关卡，守关是一只叫SEED•アーガイソ的怪物，要击倒他很容易，不过要先清理好它身边的怪物，因为那些小兵会放出冰属性魔法，容易将玩家冻结。
打完SEED•アーガイソ后，尤多突然感应到卡修族侍奉的大地神，于是便向感应的方向跑走，露米娅留下来处理善后，玩家和女主角便去追回尤多，赶上尤多后，发现他被白发黑衣的少年击倒，失踪事件、袭击事件全部都是少年的作为，此时美加出现，少年称呼美加为反叛者，二人各执一见，美加认为现在的格拉尔是属于现在的人们，那是他们的努力结晶；而少年则认为这个时代的成就是建立在旧文明的遗产基础上，旧文明人是万物的创造主。一番爭吵后，少年便离开了，看来要阻止旧文明人的计划就要阻止那个少年，但暂时大家都没任何胜算，正当大家都在失望的时候，露米娅出现鼓励大家。
回到Little Wing管辖区后，发现克劳齐一直担心着大家不断发送信息，但是因为磁场问题，在任务中的女主角并没收到克劳齐的信息，三人立即到Little Wing中，虽然失踪的社员已经找回来，但失踪原因还是不明，艾米莉亚将事情详细告诉给克劳齐和乌鲁苏拉后，众人便讨论起来，最近参加亚空间发生装置研究的人有部分出现幻觉实体化的现象，估计在地下洞窖时SEED突然出现就是因为幻觉实体化了，但是由于没有足够的证据，暂时只能以逮捕黑衣少年为目标，到此第五章结束。
对话结束后，系统开追加自由任务「燃ゆる银世界」、「冰雪の洞窟」、「最果ての实验基地」和交换任务「乐园卫星の里酒场」。EXTRA任务「白き旅人」
第六章 梦の终わり 完成一次自由任务后，回到Little Wing刚好碰上新闻播放，インヘルト社的亚空间研究计划因为之前发生众多事故，赞助商纷纷脱离，于是インヘルト社展开紧急会议，而夏目代表的儿子西祖鲁也会参加，屏幕中出现的人居然是引发一连串事件的元凶——白发黑衣少年，确信这一噩耗后，克劳齐答应与G组织共同调查，但是他要独自一人调查，要露米娅先跟随主角他们，让四人进入VR模拟设施作实战训练。 ACT.1 战斗区域：VRマシソ森 對話選擇 無 本关就是PSO经典作战场地——森林，出现的怪物以水和土属性的为主。出现的怪物也是PSO中的经典怪物，要注意的是本关所出现的障碍并不会伤到玩家，但只要玩家碰触到就会被送回开始点，从第二层开始要注意一点，有时候系统会要求玩家在规定时间内获得足够的PT点数，否则会影响评价。 ACT.2 战斗区域：VRマシソ洞 對話選擇 上 ルミアをたしなめる 上 エミリアの言う通りだ 本关同样是PSO经典作战场地——洞窟，出现的怪物以火为主，但同样也会有水土雷的怪物。来到第三层需要注意的地方就是翼龙，虽然攻击方式跟PSO时代差不多，但他的光线喷射变成火焰，而且射程和时间都要比以前长，玩家很容易因为中了这攻击而死，所以要小心对付。 ★BOSS战 ★ドラゴン PSOEP1森林经典BOSS火龙，本作的火龙的攻击方式与以前有很大分别，首先它会向玩家作正面冲击，近身时会有旋转范围攻击，还有甩尾攻击，在它前面的时候他会用头锤和喷火焰，原地动作时身上带攻击判定，钻进地底时它所钻的洞口会持续喷出抛物火球，玩家要时刻留意龙的动作，善用紧急回避。 结束实战模拟训练后，乌鲁苏拉说克劳齐有重要的说话跟玩家说，是关于艾米莉亚的。到了Little Wing后，克劳齐告诉玩家，经过调查后西祖鲁消息不明的那段时间与失踪事件在时间上匀合，也有目击者证明制造失踪事件的人就是他，根据目击者们的证词，他的目的就是要夺取旧文明遗产，而他的一连串行动最终目标就是艾米莉亚，所以克劳齐决定今后的任务都不需要再让艾米莉亚去执行，就当克劳齐说出这句话时正好被艾米莉亚听见，艾米莉亚以为大家不再需要她，伤心的跑走。到此第六章结束。
对话结束后，获得露米娅的队友卡片，系统开放自由任务「プラント夺还」、「灼热の震角兽」和交换任务「砂漠地带のオアシス」。
第七章 たいせつなもの 完成两次自由任务后，回到Little Wing后克劳齐委托玩家要尽快搜索到艾米莉亚保护好她，此时玩家脑海中突然出现景象，原来艾米莉亚为了能让大家认同，去了インヘルト社的机密地带打算独自一人去调查。回过神的玩家将所见到的影象告诉了大家，克劳齐了解到事情的严重性后命令大家分头去找回艾米莉亚。
ACT.1
战斗区域：インヘルト社设施
對話選擇
上
どういたしまして
上
ユートを信じる
上
人が足りない？
下
道はわかるのか？
到达インヘルト社的私有地后就遇到这次一同搜索的G组织综合调查部成员——露和玛雅。尤多感觉到美加的存在，于是众人跟随着他的感觉便开始搜索行动。本关的怪物分布前半部分是以炎和雷属性为主，后半部分以安属性的怪物为主，本关并没什么难度，需要注意的地方就是陷阱很多，玩家要带备枪类武器，开启主视觉将陷阱击破，以免防碍战斗。
一路上尤多说这个地区给他的感觉跟上次在雪山的十分相似，来到インヘルト社施设后发现全是被SEED感染的生物，避免3年前的事件发生，于是现在首要任务先消灭SEED。
玛雅说虽然看见的的确是SEED，但攻击感觉却象在空气一样没实感，此时露感应到周围有异常反应，眼前建筑突然变成3年前的最终战场リュクロス，经过露的分析，大家眼前所见到的只是VR模拟虚象，并非实体场地，此时尤多再次感觉到很强烈的美加的气息，要求大家到里面搜索。
ACT.2
战斗区域：思念体リュクロス
對話選擇
上
たしかに聞こえた
下
集中
上
エミリア
下
迎えに来た
另一方面，克劳齐他们怎么也联系不上玩家一行人，心急如焚的克劳齐拜托乌鲁苏拉暂时看管Little Wing后就独自离开了。在リュクロス内，露感应不到有其他生体反应，估计在这个场所内只要他们四人，此时尤多和玩家都听见了艾米莉亚的求助声，众人便决定继续往里面搜索。
提示：本关怪物全部都是暗属性，场地北面的主要通道被两道红色屏障给挡住去路，玩家先碰触屏障让露分析解决方法，碰触后分别到东、南、西面踩开关，每踩一个开关需要一位同伴留下，三个开关同时踩下后再回到北面通道就可以过去了。到最里面后，发现失踪的G组织成员象看到什么幻影一样正在对什么都没有的地方开枪，突然成员们看到的SEED幻影实体化，并向众人袭来。本次守关怪物是会随着玩家使用的武器属性而变更自身属性，要注意它变更后的属性切换相对的武器。
击倒守关怪物后，玩家集中精神感应到美加的求助声，但是露和玛雅不能对失踪成员弃之不顾，让玩家和尤多先行去搜索，在里面发现晕倒的艾米莉亚，经过玩家大声叫她的名字后终于醒来，艾米莉亚醒来后四周的场景又变回インヘルト社施设，艾米莉亚并不相信玩家和尤多是来迎接她，于是又跑开了，正当艾米莉亚跑到设施外面被怪物袭击的时候，克劳齐突然出现救了她，克劳齐将西祖鲁想阻击她的意图告诉她后化解了艾米莉亚的误会。
回到Little Wing，当艾米莉亚向大家道歉之后克劳齐便开始说明现在的情况，在インヘルト社私有地内发现失踪者这见事引起很大轰动，G组织和同盟军联名要求インヘルト社对这一连串事件发表给个解释，完全冻结亚空间计划，并且强制性调查インヘルト社内，为此インヘルト社的事情暂告一段落，克劳齐让大家先休假放松。克劳齐允许艾米莉亚今后也跟大家一起战斗，但条件是必须有队友在身边，不能独自行事，艾米莉亚听到后非常高兴，克劳齐将保护艾米莉亚的工作就交给了玩家。在艾米莉亚感谢完玩家后，到此第七章结束。
对话结束后，系统追加自由任务「黑き星に巢くうモノ」、「星の伤痕」和交换任务「机械惑星の秘密结社」。
完成两次自由任务后，乌鲁苏拉通知大家，インヘルト社的搜查行动终于开始了，让玩家到Little Wing，G组织的人会来进行任务说明，说明的人原来是之前一起进行搜索的玛雅，原来艾米莉亚和玛雅早就相识，但艾米莉亚记不清楚，只是依稀认得玛雅而已，从玛雅口中得知二人是在调查リュクロス的研究室中认识的，自从艾米莉亚离开G组织后就再没有联络了，听到玛雅的话后，艾米莉亚慢慢记起那段不愉快的记忆，接受不了事实的艾米莉亚飞奔出Little Wing，玩家跟着追去后，玛雅便向克劳齐讲述艾米莉亚的力量和悲伤的过去。在控制室找到艾米莉亚，她向玩家说明自己想起的记忆，原来她跟玩家一样是靠美加的力量复活的，在3年前リュクロス的时候其实已经死了。
第八章 绝望への序曲 玛雅告诉克劳齐，是G组织养育设施收留了父母双亡的艾米莉亚，如果她只是一个普通的小孩，那么到适龄时期就会由别人收养，可是艾米莉亚并非普通的孩子，她的演算分析、记忆力都比当时的学者要高的天才，G组织的学者不放手这样的她，任何人都想得到她的能力，于是便开始生体电脑「テソマ」的开发计划，艾米莉亚本身也知道这个计划真正目的，但还是为了大家而努力着，相信自己的能力能帮助到大家，「テソマ计划」一直实行了六年，但始终没什么进展，研究员将责任归咎到艾米莉亚身上，但是艾米莉亚依然努力着研究，但是在她13岁的时候，也就是3年前SEED入侵リュクロス事件中，被怪物袭击，当时艾米莉亚放声求救，但G组织的人丢下一句“她只是个电脑演算部件”便舍弃了她，此时艾米莉亚终于知道，大家需要的并不是她，只是她的能力，无助的艾米莉亚就此被怪物杀死。正当艾米莉亚的意识快要消失时，美加便出现了，虽然她当时是在寻找HUMAN的肉体并夺取为己有，但美加对于抢夺他人的身体感到反感，但又不能丢下頻死的幼小女孩，于是她便进入艾米莉亚的体内帮她治疗。悲伤过后，艾米莉亚收拾心情分析情况，她认为那个思念体リュクロス应该就是西祖鲁的所为，只要调查思念体リュクロス就可以获得西祖鲁的情报。之后收到克劳齐的紧急召集命令，原来同盟军的搜查部队在进入インヘルト社的设施后便下落不明，这次任务艾米莉亚被米祖鲁袭击的可能性高，于是克劳齐也会同行。对话结束后分别获得克劳齐和玛雅的队友卡片。
ACT.1
战斗区域：ハピラオ禁止区
對話選擇
上
わかる
下
いい薬だ
上
大丈夫！？
上
強くなったな
本关主要目的是让艾米莉亚进行亚空间发生装置的调查，每找到一个瓦砾隐藏的装置，就打开主视搜索开关，然后让艾米莉亚测试演算，任务中不能让艾米莉亚死，而在这关同伴指令会增设两个，两个指令分别是让艾米莉亚等候和行动，善用这两个指令一方面可以让艾米莉亚避过危险，另一方面则可以让她协助踩机关。提示：本关会出现很多陷阱，近身职业的玩家会很吃亏，进行任务前记得先预备好远程武器。当艾米莉亚完成演算后，突然遇到两只大型生物，尤多被其中一只捉了起来，正当他意识迷糊时想起了与大家一起的日子，不甘心就此死掉的他召唤出圣光幻兽攻击，得以脱离怪物的魔爪。
★BOSS战
★アジンゴウム・ギジンゴウム
本关BOSS为两只土属性大型怪物，它们的攻击方式虽然看起来很搞笑，但也不能忽视，尤其要注意合体攻击技，高速旋转的同时放出强力火焰喷击，当其中一只被打倒后，另一只的攻击速度就会上升，不过他的攻击方式很单调，使用远程武器的玩家基本不会被它伤到。
ACT.2
战斗区域：デネス•レリクス
對話選擇
上
あきらめるな
打倒BOSS后，艾米莉亚也完成了亚空间的预测演算，并发现失踪的同盟军士兵的行踪，他们现在正处于自己的记忆实体化空间デネス•レリクス，于是众人便决定进入这个根据记忆再现的VR空间デネス•レリクス。本关以电和光属性的怪物为主，并且会出现很多守关级的强劲大型怪物，玩家要多加小心。提示：本关会有两个地方需要踩机关开锁，第一个机关踩点顺序是绿、红、蓝、黄，第二个机关黄色踩点会有个柱子挡住，先呼出主视觉调查，然后将柱子击破，接着就可以进行踩点，顺序是绿、蓝、黄、红。
来到最后房间，发现西祖鲁正在里面，他承认一连串事件都是他引起，失踪的人并非被洗脑，而是被他把精神抽离肉体，为了展示他的力量，使用记忆实体化，瞬间便将亚空间从デネス•レリクス变成被SEED侵蚀的同盟军司令部。
★BOSS战
★マザー•ブレイソ
久违了的前作BOSS之一，攻击方式少，玩家只需要留意住它的攻击节奏捉住攻击时机即可无伤过关。
打败了BOSS后，亚空间消失，西祖鲁发现艾米莉亚产生与他同样的波动气息，当西祖鲁听到“美加”这个名字后突然狂笑起来，美加出现告诉艾米莉亚，西祖鲁其实是旧文明的统治者——太阳王カムハーン（卡姆哈），卡姆哈说美加是反叛者，他的旧文明重建计划快要完成，诱说她回到他的身边，原来美加是卡姆哈的妻子太阳妃，美加不肯并且表示无论如何都要阻止他，此时インヘルト社代表夏目出现，看到自己的父亲，被卡姆哈夺去肉体的西祖鲁暂时恢复意识，央求父亲为了格拉尔的未来将他杀死，因为他已经没办法再阻止卡姆哈了，原来卡姆哈还没完全控制到这个身体。正当大家以为已无法阻止卡姆哈时，美加告诉大家，卡姆哈还没有掌握最后的钥匙，到此第八章结束。
对话后系统追加自由任务「踊る珍鸟」、「虹色の法兽」、「电脑の化身」和EXTRA任务「红の战鬼」以及交换任务「星灵惑星の赛钱箱」
完成一次自由任务后，乌鲁苏拉便要求玩家尽快赶到Little Wing，原来她要大家看紧急新闻报道，三行星中陆续发生多人不明假死现象，而且这个症状还迅速蔓延到各地区，而发生假死现象的人基本以之前的失踪者为主，所以怀疑这次事件仍是西祖鲁所为，夏目代表告诉大家这个症状是亚空间发生装置引起的，在人的意识中制造一个小空间散播“死亡”的信息从而让人产生假死幻觉，只要让假死者产生到“生存”的意识，那么就可以解除假死现象。但是还有三个问题需要解决，第一个是产生现象的专用研究设施，但是Little Wing并没有这样的设施。
第九章 终わる银河 此时露米娅和玛雅出现，并向夏目代表提供G组织的研究设施；第二个问题就是要产生比假死者接收到的“死亡意识”更强烈的“生存意识”，这个问题克劳齐就交給尤多可以应付，之前尤多被怪物袭击差点丧命时，曾經产生了强烈的生存意识，最后一个问题就是谁去进行亚空间发生装置的演算调整，但是即使是帕尔姆的最高电脑运算也需要580天，正当众人以为无法解决这个问题时，玛雅提出一个可解决方法，就是使用格拉尔生体电脑「テソマ」，虽然对「テソマ」感到恐惧和害怕，为了一直守护自己的众人，艾米莉亚认为这次要由自己来守护大家，于是决定启动「テソマ」来进行运算。（于是大家便尾随着玛雅和夏目代表一起到G组织本部集合）启动完「テソマ」后艾米莉亚需要休息，而克劳齐也有要事在身，玩家暂时没有拍档，乌鲁苏拉有个提议给玩家，叫玩家到咖啡店找她，原来乌鲁苏拉提议暂时让她和切尔茜与玩家组成队伍执行任务。对话后获得乌鲁苏拉和切尔茜的队友卡片。
ACT.1
战斗区域：货物用列车
對話選擇
無
玩家一行人进入インヘルト社的货柜车内进行列车调查，，但触动了电脑警报，系统作出防御措施，要舍弃车辆进行引爆。本关主要目的就是守护爆弹避免引爆，玩家要善用限时保护装置，怪物以光和土属性为主，守关怪物则是火属性。
ACT.2
战斗区域：亚空间研究设施、海底レリクス
對話選擇
下
指導が足りませんでした
上
何をばかな
来到列车头，发现开车的人是克劳齐，原来乌鲁苏拉的目的是一边追赶卡姆哈，一边将载满爆弹的列车去亚空间研究设施引爆，可是爆炸时间比预期的提早，逼不得已克劳齐才会停车。
本关前半部分到进入研究设施怪物以火和雷属性为主，后半部分到达海底レリクス，怪物则以光和火属性为主。一直到达海底レリクス最底层，终于追上了卡姆哈。
★BOSS
★战人类形态的卡姆哈Ⅰ
本关BOSS攻击方式只有一个，攻击节奏也很慢，没附带属性的攻击，攻击动作后会有一段时间硬值，趁空隙攻击他即可。
击倒卡姆哈后，他便全力袭向艾米莉亚，美加出现和他对峙起来，最终美加不敌，艾米莉亚当场晕倒，众人只好决定先离开。当艾米莉亚醒来后发现美加已不在他体内，原来美加和卡姆哈所说的“最后的钥匙”就是指美加自身，卡姆哈得到美加后已经完成好他的“理想”亚空间场所，要到达卡姆哈那里必须使用空间移动，众人便决定利用CLAD 6进行空间飞跃到他那里。
第十章 Save This World 战斗区域：天守阁 本章节3个ACT是连续性进行不能返回CLAD6补给，如果在执行其中一个ACT时死亡，那么返回据点后再进入故事任务时不需要重新从ACT1开始，直接进入刚才执行的ACT。
这关基本不会有什么剧情发生，因为身处亚空间的关系，进去天守阁玩家就会和CLAD6失去联系，而目的地只有一个，就是天守阁顶层。本关因为要一口气连续做完3个ACT，所以前期尽量多使用格挡和回避躲开攻击，留着足够的回复药准备之后的三场BOSS战，本关一路上都是些超强怪，而且暗属性居多，例如PSO经典怪物死神、机忍和海牛，尤其是很容易被死神和海牛连击致死。
ACT1.★BOSS前作最終BOSS（GE才會出現，NE不會出現）
ACT2.★BOSS战人类形态的卡姆哈Ⅱ
本关BOSS虽然攻击方式不多，但会放出两个分身，虽然比第一次打的时候攻击速度要快，不过与尤多相比则显得有点慢，没什么附带属性的攻击，攻击动作后会有一小段时间硬值，玩家趁此机会打他，不要贪刀，善用格挡将他的攻击档下来再等待攻击时机即可。
ACT3.★最终BOSS 太阳王
太阳王分别有两个形态，第一个形态是暗属性，第二个形态是光属性。
第一形态的攻击方式
1. 円周攻击
2. 追踪剑
3. 炸弹攻击
达到一定伤害后
1. 二连毒气喷射
2. 毒气球
3. 回转天罚光束
4. 极大天罚光束
这一形态的BOSS其实很好打，上述攻击方式基本上都能跑路躲掉，两种天罚光束则需要看准时机做格挡防御。
第二形态有几种攻击方式
1. 面向玩家或NPC挥刀，此攻击方式容易闪避，闪避成功后只要不是正面对着它，就可以尽情攻击。
2. 追尾剑，尾随玩家和NPC从下而突上的剑，只要跑路就可以躲掉。
3. 放出跟踪浮游机雷，BOSS放出机雷后并不会马上自爆，玩家只需要切换上中距离近身武器就可以将机雷打掉。
达到一定伤害后
4. 暗沼泽，当BOSS受到一定伤害后，就会开始暗沼泽攻击，这个攻击会持续一段时间连击，如果来不及就会立即被连击致死，当BOSS发动这个攻击时，不要贪刀，立即躲到边缘。
5. 重力球，BOSS藏到光纹下伸出双手制造重力球，玩家只需要一直在边缘做跑步动作就可以躲避这个攻击。
6. 全屏天罚攻击，当BOSS发动这个攻击时，玩家马上切换盾然后进行防御，受到第一下攻击时立即吃HP回复药就可以避免秒杀。
7. 到画面边沿连续放出弹幕，这一攻击也很容易将玩家连击致死，玩家要及时躲到地图边缘，切换盾防御掉几下攻击即可。注意，BOSS在放完弹幕后会返回地图中央，此时它的身体带有攻击判定，不小心会被它冲撞到。
将卡姆哈消灭后，被他吸收进体内的美加也不能幸免。在消失前，美加向大家道谢，感谢一直跟她相处的女主角和玩家对待她象对待家族一样，让她感觉到很幸福。这一切事件都完结后，切尔茜辞去Little Wing的职务后，专心经营她的酒吧，尤多虽然返回卡修族村，但会经常来到Little Wing找艾米莉亚一起吃东西，而克劳齐则与乌鲁苏拉结婚，正式收养了艾米莉亚。经过这一战役，格拉尔的人们又再一次靠自己双手保护了这个星系。（NE）
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