随着防御同盟的总统遭到恐怖组织的暗杀，一场充满了血腥的阴谋即将在战争结束的二十五年后发生，原来处于非常平和的状态下的宇宙当中再一次的爆发了大的冲突。三个非常强大的势力组织之间产生了矛盾，他们相互指责，战争是唯一能够解决这场争斗的途径。玩家就是平息这场战争，参与到争斗当中的使者，可以控制天空和地面的多重武力，玩家的部队当中有着许多的武装直升机，并且还装备了巨型的人体形状的武器装备，这个时候玩家耳边会响起来进展的雷达声，这就是要玩家立刻采取行动。在最高指挥官2里面玩家可以体验将近二十种的任务行动，通过完成这些人物玩家就会拥有强有力的战斗力，并且多种的试用武器还给不同类型的玩家提供了适合自己防守和攻击的实战空间。成为最高指挥官的梦想从这里开启。
