【背景故事】
克洛斯贝尔自治州。这个被埃雷波尼亚帝国和卡尔瓦德共和国夹在中间，以大陆上数一数二的贸易和金融都市为地位发展起来的区域，因某个狂热宗教团体引起的事件经历了一次危机。黑帮集团之间的对抗，谜之药物"真知"（Gnosis）事件，这一系列的事件因"特务支援科"的活跃而得以平安化解，自治州再次迎来和平。在将与教团和黑帮有牵连的帝国派和共和国派议员一扫而空后，迎来新市长的克洛斯贝尔似乎前途一片光明。但是，这对于即将迎来激荡时代的塞姆利亚大陆来说，只不过是片刻的休息罢了。这是为"在同样的时代生存下去"的故事，以此送给想要"跨越壁障"的所有的人……
【游戏系统】
轨迹系列一直存在着的手帐设定，通过按△+方向键可以快速打开对应的不同的手帐的界面。
在搜查手帐中此可以看到自己各个章节任务的完成情况。其中包括任务目标和提示，认领了之后的支线任务也会在这里显示，并且任务期限和奖励一般都会在此注明。游戏中的各种关于导力器、导力魔法的组合方法、不同特殊结晶具有的效果和晶片数、核心结晶的核心魔法、升级搜查官等级会得到的奖励、有关于钓鱼和料理的基本方法在手帐中都有很明确的介绍。平时多看看搜查手帐相信会对玩家们攻关带来不小的帮助。
战斗手帐则是每个地图中所有可以遇到的和剧情遇到的敌人的数据。有关弱点属性和特殊效果无效，以及该敌人的介绍。需要使用情报侦查仪或者是技能后才能收集到手帐中。该项收集要素可以换取额外的奖励。
钓鱼手帐跟料理手帐则是有关于在特定地点钓到过的鱼的数据和通过和NPC对话习得的料理的资料。料理手册中还会注明哪名角色擅长该种料理，方便玩家们在做料理的时候不易失败。
【游戏操作】
键位系统（以手柄为例）：
游戏操作
非战斗情况下：
摇杆，十字键：人物移动(默认跑步模式)。
摇杆+X：走路模式。
△+↑：料理手册(料理菜单的确定，料理食物)
△+↓：钓鱼(鱼类手册以及钓鱼)
△+←：搜查手册(确认任务，游戏手册等)
△+→：战斗手册(查看战绩，各个地图已知怪物数据等)
O：对话，确认选项。地图模式下是缩放地图。
口：打开界面菜单。
X：快进，取消选项
L：切换队长
R：打开迷你地图。
START：打开世界地图。
△：button 1O:button 2X:button 3 口：button 4
【序章】
在教团事件中失势的哈特曼原议长和厄内斯特原秘书，在逃往帝国被驱逐之后，又潜逃到了共和国。获悉他们出现在数年前破获的旧教团据点，克洛斯贝尔方面与共和国方面进行了协调。由特勤支援科牵头，搜查科、警备队和游击士协会参与，组成了非正式行动小组，前往抓捕二人。
达德利搜查官、班宁斯、诺埃尔上士 、亚里欧斯四人来到遗迹，随即开始第一场战斗。第一场战斗主要是教学过程，别忘了用道具或者达德利搜查官的幻系辅助魔法，探查怪物的情报。进入旧据点后，给罗伊德和诺埃尔装备核心回路，会在后面的战斗开始后两回合有状态加成，得到的核心回路是xx和xx，攻击力和魔防上升。然后四人一起开始探索洞窟，用亚里欧斯开路比较好，他的地图攻击范围大，在地图上把魔兽打晕后可以秒杀。
这个迷宫以中心平台为界分为两大区域。 第一区域一开始向右走打开一个机关后，才能打开大门。 两大区域各有一个低级魔兽宝箱，比较轻松。第一区域的宝箱是省EP1的回路。到达中心平台之后，会追上厄内斯特原秘书和 哈特曼原议长 两人，原来 哈特曼原议长是被厄内斯特原秘书掳来的，秘书会召唤出两个魔导傀儡。这两个傀儡魔防不高，主要是直线形攻击，利用亚里欧斯的战技可以轻松取胜。
战胜之后，通道被震塌，小队被迫分头行动， 亚里欧斯和公务员先走一步，罗伊德和诺艾尔只能绕路前往最后的据点，罗伊德和诺艾尔学会合体技。。。第二区域也有一扇大门，需要向左走打开机关后才能打开。第一区域的宝箱是回路“毒之刃”。打开大门后到达了迷宫最深处，两人对战魔人厄内斯特第一形态，靠药和回复可以磨死他，很容易打；达德利和阿里奥斯赶来汇合，四人对战魔人第二形态，魔人的攻击属于面攻击，注意站位分散即可，也不难打。
魔人第三形态因药量不足而崩溃，罗伊德发动嘴炮神技，凯文神甫闪亮登场……最终，哈特曼原议长和厄内斯特原秘书双双归案，众人在阿尔泰尔市分手，罗伊德和诺艾尔回到克洛斯贝尔，新的特务支援科成员在车站到齐，罗伊德、诺艾尔、瓦吉、艾莉组成了新的特务调查科阵容，序章终结。
【第一章 预兆~新的生活】
先到三楼将琪雅带出门上学，然后去导力商店，售货员小姐会赠送两个核心回路“利刃”和“ 妖精 ”，接下来就是核心回路的简单使用教程，之后我们战斗一场后再交任务就行了。然后去警察局报道，前台小姐说一科的艾玛搜查官有委托准备交给我们，在警察局里找到艾玛。根据艾玛得到的情报雷克特艾莱德尔可能在帝国出现过，要求我们搞清楚情报的真假，有线索表示雷克特在后巷一带出现。一行人来到后街，发现记者格蕾丝在寻找新闻线索，正在谈话间，黑月商会的曹和手下走了过来，原来黑月商会准备收购处理鲁巴彻倒台后遗留下的地产。意外的从格蕾丝口中得到雷克特在龙老饭店出现的消息，前往龙老饭店。在龙老饭店发现雷克特，雷克特金蝉脱壳，得到“龙老炒饭的食谱”和“料理手册”，料理系统开启。和门口的小孩洛依交谈后得知雷克特去了广场。和百货店门口的利娜丽交谈，知道雷克特进了百货商店。与二楼楼梯处的肯交谈得知，红毛上了楼顶。在楼顶短暂剧情后，他又用绳索溜到了后巷。
完成导力商店的任务后会得到回路“鹰目”。出了导力商店，得到科长的通知前往位于西克洛斯贝尔街道的警察学校。准备好后沿着西克雷斯贝尔街道前进，向着贝加尔门方向走即可。在途中遇到一只红发巨汉，他让罗伊德观察火车，然后会问火车上的乘客数量，他离开之后，众人发现西克雷斯贝尔街道的魔兽尸横遍地，应该是红发巨汉的杰作。魔兽通缉任务强制终止。下一地图会遇到巴士站，往下是警察学校的方向。穿过漫长的诺克斯森林道，来到了警察学校。触发剧情，选择交通法基本守则，科长为特务科成员配备了一辆导力车-蔡斯工房出品的飞艇级别的超豪华导力车，导力车系统开启。大家开车回到克洛斯贝尔市后得知琪雅还在大圣堂没有回来，就开车到大圣堂去接她回来，在大圣堂门口遇到了莉丝修女，交谈后得知莉丝修女是来大圣堂报道的。众人在主日学校找到琪雅后，才知道她现在升上了高年级班，将琪雅带回家后一夜无话。
第二天早晨，淅沥小雨，罗伊德发现琪雅又偷偷钻进了自己的被窝（此处我想省略一万字。。。）。第二天，检查任务终端，出现了三个在市内做的短期支线。完成支线后到旧市街交换店打听红发独眼巨汉的消息。在亚修莉的有限描述中，只知道巨汉是一个食人虎类的人物。出了交换店，众人正准备离开旧市街，瓦鲁多突然出现，他对瓦吉的不顾离去表示不解和愤怒，并向瓦吉提出挑战，瓦吉告知他离开的真正原因并且使出真正本事将瓦鲁多打倒，此战只能瓦吉单挑，但是加上了无敌buff，轻松秒杀。清扫完第二天出的支线任务，才能继续剧情。“调查可疑住户”任务：一共三处住户。住户一：住宅街的可疑住户“高贵之血”，发现只是几个轻浮的青年，又在东街见到了迁居的原住户本德先生。住户二：旧市街的莲花公寓一楼的房间。发现里面有人却不开门，原住户盖特纳老人已经迁居别国，发现里面是藏匿在此的落魄议员。住户三：东街的钓皇俱乐部，发现原来钓公师团失去了此地的租赁权，他们邀请众人去后街的爵士酒吧聚会。在酒吧里得到初级竿，钓鱼系统开启。
完成任务后，接到芙兰的电话，告知玛因茨矿山出现魔兽，请求特务科的支援。众人开车前往矿山，和镇长交谈后，得知旧矿山封锁的大门遭到破坏，里面有魔兽游荡。众人去矿山一探究竟，出了镇子向左上角方向就是旧矿山，没想到刚进入矿山洞口就被炸塌了，众人只好继续前进。矿山没有复杂的岔路，就是比较漫长，一直走即可，一条路到底。到了旧矿山的尽头。在众人准备返回的时候，一只强大的仙女龙从天而降，辛苦兰迪和蔡特前来支援，开始boss战斗，龙还是面攻击，注意补血和站位即可，难度不大。磨死龙之后那些矿工才赶来救援，大家返回矿镇，五人坐车赶回克雷斯贝尔，在吊桥上出现了小丑肯帕雷拉和另外一个白衣老头，小丑宣布了一个更宏大的幻焰计划的开始。从兰迪口中得知鲁巴切的领地被猎兵团“赤色星座”控制的空头公司所收购，众人赶往后巷后，发现兰迪的叔叔“赤色星座”的副团长和“赤色星座”的队长谢莉.奥兰多，他们告知兰迪，他的父亲已经在与“西风”的决斗中同归于尽，众人归于沉默。
第二章 西塞姆利亚通商会议
间章 难得的休息
经历了兰花塔恐怖事件的众人收到了瑞贝卡的邀请来米沙拉姆疗养地游玩，在渡轮上罗伊德先后和众队员交谈一遍，渡轮就两层，很好找，渡轮抵达疗养地之后，瑞贝卡安排上午先到海滨浴场，此时罗伊德可以先闲逛一下，也可直接到酒店一层，走右边的出口即是海滨浴场，在浴场里罗伊德和众位美女发生各种情节，有堆沙堡、沙滩排球、寻找纯白之石:地图正东面的海水边缘线上也可以找到一块，琪雅附近可以找到一块，修利附近可以找到一块、为美女涂防晒霜(。。。选人只关系到好感)等。。激情过后，准备晚上的晚宴，艾莉告知罗伊德琪雅不见了，罗伊德独自去寻找，1F与珠宝店前的艾丽洁对话，得知去别墅区寻找琪雅，前往 别墅区 （左边的门出去），找到琪雅，发现她在迎宾馆前回忆往事，罗伊德安慰她说会照顾她一辈子（这是什么情况。。）。
前往主题公园（酒店北侧通道）同缇欧他们对话触发剧情，获得5个票卷，可以跟任意想提升好感的角色去游玩项目。全部票卷用完后触发剧情，回到酒店，会与目前好感最高的角色组队。半夜，罗伊德醒来，下楼时遇到利夏，发现她正在忧愁，罗伊德为她开解，这时琪雅出来，罗伊德带琪雅回去睡觉，次日凌晨醒来后，发现琪雅失踪，众人追着神狼出门，此后进入BOSS战。
战斗TIPS： 血量13000±的两只幽灵怪，一只魔吸收，一只物吸收。攻击方式为魔免怪单人物理伤害，物免怪与群体伤害2000±为主，水风免疫，弱土，能力减弱BUFF无抗性。均会召唤小怪，召唤出来的小怪和召唤怪同属性。①上场后集中干掉物理吸收的那只放群体伤害的怪，如果用缇欧与大小姐的话，推荐使用空属性的压缩炮魔法，各自加ATS BUFF后伤害力拔群，其他人使用土属性魔法即可……等级足够的话两轮齐放就可以把那只怪打死。②魔法吸收的怪比较难削……不过行动力慢又吃各种能力低下BUFF和减速buff，基本不担心会对我方造成威胁。注意如果等级比较低的话要给罗伊德与兰迪加STR BUFF才能对它造成靠谱的伤害。另外如果有带缇欧出战的话……记得让缇欧远离这只怪，缇欧的普通输出判定为魔法输出，会给怪补血。boss战后，噬身之蛇NO.0小丑肯帕雷拉正式登场亮相。众人将琪雅寻回，休假结束。本章终。
第三章 胎动~众兽的狂欢节！
第一日：在野外发现大量的幻兽，市政府将处理幻兽的任务交给了游击士协会和支援科，支援科负责处理乌拉尔斯间道和的东克洛斯贝尔道的幻兽 。前往乌斯拉尔间道中间的分歧点，从楼梯下去后西北角即是幻兽所在地，地上捡到省EP2。※所在地地图宝箱中有结晶碎片勿忘记回收。战斗TIPS：AGL BUFF上好……这boss可以昏厥，面攻击，记得加饰品……如果怪开始蓄C技能，5500左右伤害，可以秒人，记得打断就好，主要使用幻属性魔法，别忘记调查资料收集手册。战斗结束后调查蓝色的花朵。前往租船小屋，短暂剧情后，遭遇章鱼怪，章鱼怪一种酸雨攻击，物攻，全体掉3300左右血，附加debuff，魔法攻击全屏6500左右，建议四名队员至少两人配出A-反射屏障，空属性6，反弹魔法攻击，反弹之后大boss就不剩什么了。还有两只小怪，会破坏魔法反弹，魔兽都是弱空属性。（出去后会获得第四把钓竿，用这把钓竿可以容易的钓起各种各样的大鱼，于是爆钓大赛……诸位懂的）。战斗结束后调查蓝色的花朵，发生诡异的光芒，把花摘走。前往大教堂，从右侧的门进到日耀教室触发剧情，然后把花交给教堂进去后左侧房间执勤室的大主教，向大主教请教蓝花的来源，没想到主教看到蓝花之后神情大变，并且缄口不言。众人离开之时遇到莉丝修女，出门，前往左侧的宿舍，与莉丝修女对话得知这种花是传说中的灵智之草。
第二日：提交过关于“ 灵智之草 ”的报告后，开始第二日的工作，罗伊德提出去工房探访一下，众人准备装备后准备前往，人形工房，发现博士就是结社成员，不过无法接触到结社更高层的秘密，并且告诉众人一些关于结社的真实情况，三个问题可以各选一次。回到交叉点的路上有通讯接入，得知西克洛斯贝尔发生火车出轨事件，这里选择直接前往事故现场，进入事故现场后发现现场什么可疑，★开始调查事故：①同坐在石头上的列车员对话，②调查火车头侧面（有感叹号），③调查火车头正面，④绕道火车内侧去，最后得出结论，这次事故并非落石引起，具体原因需要进一步调查，就在这时听的远处魔兽的嘶叫，众人立刻沿着声音的方向追踪而去，在去警察学校的路上，发现魔兽的种种踪迹，从训练场绳索处下到诺克斯森林中，再次发现诡异的力场扭曲和魔兽出没。这里虽然路有点绕，但是只有简单的岔路，岔路主要是宝箱，在路的尽头发现了已经魔人化的瓦鲁多，此战可以输，前面好好做任务的可以尝试击败瓦鲁多，瓦鲁多击败众人后，警备队赶来支援，但也不是它的对手，魔人瓦鲁多自行逃去。众人回到特务科一夜无话。
第三日：早餐时，游击士协会传来消息，两名游击士失去了联络，准备装备后前往协会。在游击士协会得知两人在调查幻兽和魔花之间的关系时失去了联络，众人去IBC总部找到了通过艾格尼玛调查两人位置的办法，在兰花塔顶上缇欧通过先知系统调查到两人现在位置位于东南方的湿地一代，众人准备好装备后到港湾区码头乘坐小艇前往湿地。到达湿地之后，遇上也来调查异常情况的银，邀请银加入队伍，必须留下诺埃尔或者瓦吉其中一个暂时离开队伍。湿地入口处有钓鱼点X1，湿地主要分为三块，在第二块和第三块进口处分别发现了二人，二人被奇异的紫花迷住，将他们交给留守的队员照顾，继续前进，在湿地的尽头发现了三名结社的成员：小丑、第六柱博士、第七柱“钢”，他们看到支援科众人赶来，并不紧张，这时一只幻兽飞来，向众人袭击。进入boss战：这只boss：LV72、71520、异常全面、AT下降免疫，不过也不难打，吃负面状态，最好战斗前准备抗毒首饰，一开战用缇欧的S技加两次完全防御，其他慢慢磨就可以了，BOSS喷的毒雾也是魔法属性判定，站位不要太扎堆就行了，其他没什么特殊需要注意的。打倒幻兽后，钢向众人挑战，一枪劈开了银的面具，正像大家所知道的那样，莉夏就是银，支援科众人被钢的能力和银的真相所惊呆，处于小风，这时亚里欧斯带领多位游击士赶来支援，结社三名成员并不恋战，他们只说自己为确认幻焰计划进行度而来，然后潇洒的转身而去。众人回来克洛斯贝尔市，接到达德利检察官消息，“赤色星座”全员撤离了市区，正在大家猜疑他们的去向时，又接到了巡逻队被猎兵团歼灭的消息。夜里，兰迪悄悄准备离开，却被瓦吉发现，但是瓦吉理解兰迪的心情，因为他也是一个有故事的人。
第四日： 第二天，众人发现兰迪不告而别，只留下一张字条。罗伊德和众人坚决要将兰迪找回来，猜测兰迪可能是准备以猎兵的身份向“赤色星座”复仇，就到交换店、修理店、巴鲁卡酒吧寻找兰迪的线索，得知兰迪将自己当猎兵时的武器进行维修并采购了大量的弹药，顺序选巴鲁卡--修理店--交换店，这时接到了曹的电话，约众人到百货大楼见面，见面之后，曹从众人口中确认了银的身份并且告知了兰迪的去向。原来兰迪去了玛因茨山道，从山道瀑布滑索而下从背后进入了旧矿山，打算出其不意的袭击猎兵团。众人开车赶往山道瀑布，停车点选择山道中间，穿过旧矿山山道，山道光线很暗，控制速度，过一座桥的时候被两只猎兵团的魔兽偷袭，没弱属性，不过很好打，纯属战前热身。打过豹子不久就穿过了矿洞，看到兰迪正在和猎兵团厮杀，却被血腥谢莉偷袭，众人赶紧上前营救，进入boss战。boss：谢莉、两杂兵、一只豹子。谢莉攻击3300左右，有几率即死，建议先缇欧S级加两盾，然后组合技秒掉杂兵和豹子，剩下谢莉加上减速，就可以慢慢磨血了。输出高的配置完全可以搞掉谢莉。谢莉和猎兵团成员很快就撤退了，众人这才发现不对劲，这时大家看到远处克洛斯贝尔市内燃起了熊熊大火。
第四章 前途未卜的克洛斯贝尔！
克洛斯贝尔市内，剧场中、警察局、IBC大楼、旧市街处处燃起了烽火，猎兵团向市内各处发动了袭击，非常多的人牺牲受伤。特务科敢去IBC大楼进行支援，在大楼前遇到了逃出的人群，左边的人给药，右边的人回血，往前走就会遇到“赤发战鬼”西格内多.奥兰多，这是一场限时5分钟的战斗，即使你一动不动可以，或者选择试图干掉战鬼，不过一周目难度很大，现阶段装备情况下战鬼一下6w多，毫无还手之力。IBC整栋大楼都被炸毁，赤色星座全体乘坐飞艇离去，而留下了克洛斯贝尔一片废墟。
第一日：特务科成员在准备帮忙之余， 前往医院看望受伤的芙兰，在同医院前台对话。按顺序前往301号房、302号房、303号房探望受伤的众人，答应寻找失踪的莉夏，前往304号房，小滴不在房中，到天台后跟小滴对话得知琪雅行为有点反常（对话两遍可看到更多信息），离开医院时接到约拿的电话，他要求特务科带他去位于地下空间C的控制室，准备好装备之后到码头灯塔处见到约拿，约拿准备从地下区域C进入控制室，要求特务科保护他过去。地下区域C中小怪大多是火属性，记得装上防烧伤的饰品，可以配出较高级的水属性魔法。在红色火焰地区穿行需注意，人物会受到不同的程度的伤害，尽量不要在该地区遇敌。到了地下区域的终点，突然冲出来一只智能机器人，进入boss战。boss：会召唤小机器人，火伤害。主要风属性和水属性魔法即可，另外boss会自爆，自爆伤害5000+,而且boss会把人物吸到自己身边，要么加盾，要么注意血量，最后一下时刷满血或者跑位。打完之后左边的门坐升降梯回到地上空间。
一周之后，传来了惊人的消息，迪特市长宣布克洛斯贝尔市独立，成立克洛斯贝尔独立国，自任总统，由亚里欧斯任国防军最高长官，并且以各国在克洛斯贝尔市的财产要挟各国承认克洛斯贝尔独立国的合法性。帝国和共和国震怒，大战一触即发。特务科成员决定到游击士协会探听事情的究竟，得知亚里欧斯确实在国防军中任职去了，并且辞去了游击士协会的工作。这时接到了一个故弄玄虚的电话，原来是雷克特到了克雷斯贝尔，并且邀请众人到鲁巴切商会一见，众人赶到商会，见到了雷克特和雾香得知“赤色星座”袭击克雷斯贝尔并不是帝国的主意，罗伊德嗅到了阴谋的味道。塞尔茜打来电话，亚里欧斯带走了琪雅，他们去了米修拉姆疗养院。众人收拾装备之后赶往米修拉姆。此时的米修拉姆弥漫着灵压的气味，到处开满了灵智之草。众人赶往镜之城。先后遭遇了前面遇到过的三只幻兽：灵狮、章鱼怪、仙女龙。灵狮很一般，注意抗毒，章鱼怪主要加好魔法屏障，仙女龙更废柴。。。按照老打法即可。以上三场剧情战如果感觉每场都消耗挺大的话可以每打完一个回酒店二层睡一觉回满。进入镜之城后开了左右两侧的门，走哪一条都可以，记住上楼就行了，上到顶楼原来的许愿镜那里，这时准备好装备，后面boss战，当然不准备也无所谓，因为一周目很难干掉风之剑圣的。穿过镜子，看到了令人惊叹的空间。瑞贝卡和亚里欧斯守卫在琪雅的前面，原来一切事件的起源是瑞贝卡家族的渊源。失去了空之女神至宝的xxx家族利用家族的力量寻找并要创造新的至宝。boss战：风之剑圣：亚里欧斯。。很难打。此战可以输。空中传来了帝**和共和**大举入侵的景象，琪雅为了整个城市，选择了唤醒自己的能量，成为了比幻之至宝更为强大的零之至宝。赋予了琪雅强大力量的三架智能人形兵器击溃了进犯的军队，迪塔市长的野心开始无限膨胀。
断章 跨越虚幻的乐土
人形兵器已经零之至宝的出现，改变了整个塞姆利亚大陆的格局，帝国陷入了战乱之中，共和国掀起了恐怖主义的浪潮，小国和中立国都加入了以克洛斯贝尔为首的联盟。克洛斯贝尔也发生了翻天覆地的变化，而此时罗伊德被囚禁在警察学校改造的拘留所中，对自己的未来头一次感到了迷茫，他和加尔加诺关在了一起，在战斗巨熊的鼓励下，他决定振作起来，逃出拘留所，找到同伴并把琪雅救出来。他和加尔加诺略施小计，把牢房的门骗开了。此时罗伊德身上无装备无道具无回路，只能使用战技和普攻。一般先用加尔加诺的50%气绝的战技打晕，然后罗伊德放心攻击，一路A过去就是了，注意收集房间的药物。在离开拘留所前捡回所有的道具。离开拘留所后，战斗巨熊离开队伍。罗伊德独自一人逃亡。在国防军的追击下，罗伊德逃入了诺克斯森林。在森林的尽头被团团包围。本来已经以为走投无路，结果幻兽化的蔡特出现了，原来这才是它的真身。在蔡特的帮助下，罗伊德逃到了与共和国接壤的边境上。远远望去，克洛斯贝尔市的上空笼罩上了巨大的结界。罗伊德决心返回克洛斯贝尔拯救被困的伙伴们。这时，瓦吉、阿巴斯、凯文、莉丝一同出现，原来他们都是星杯骑士团的骑士，潜入克洛斯贝尔调查上古至宝的下落。他们决定协同罗伊德改变克洛斯贝尔的命运。众人上了教廷专用的飞艇，向结界中的克洛斯贝尔驶去。
终章 即使这样，我们也……
众人先前往阿尔摩里卡村，从村长处得知哈罗德留在了村里，然后去白蜡亭二楼，找到哈罗德一家，他告知众人古战场处有一股反抗军。罗伊德一行前往古战场，寻找反抗军的踪迹。来到古战场向太阳堡垒的方向前进，在第三张图的开始处，遭到猎兵团的伏击，进入战斗。犬2、赤色星座大剑、赤色星座机关枪，速度快，最好利用提前准备的合体技或者爆灵槽解决战斗。打倒之后，黑月成员以及莉夏出现，罗伊德将伊莉雅的话带给了莉夏，莉夏决定离开黑月，协助罗伊德进行战斗。莉夏加入队伍。
打倒军犬后需要穿越玛因茨山道，山道中有地雷，贴地道边走或者用缇欧攻击开路即可，里面魔兽不多。出隧道过完桥后不久会触发军用犬X6+支援狙击兵的，所以推荐事先整理好装备以及存盘。狙击兵有即死效果，记得整理饰品。推荐使用爆灵宝玉加爆灵槽结束战斗，弱水属性。战斗结束后，兰迪回来，原来兰迪一直在玛因茨间道这边打游击，兰迪归队。格蕾丝记者跟随大家到了梅尔卡瓦上。
在西克洛斯贝尔发现了着落点，前往贝加尔门，众人发现戒备森严无法前进，折返克洛斯贝尔方向，在火车出轨现场处向贝加尔门方向前进，从已经停运的货车轨道进入了贝加尔门。准备上二楼去见索尼娅司令，结果遇到了严阵以待的诺艾尔。进入战斗:诺艾尔：此战罗伊德单挑，诺艾尔主要是普攻，s技，技能会造成罗伊德AT下降，可提前准备饰品规律徽章，其他无难度， 诺艾尔不会嗑药，磨死就行了。战胜诺艾尔之后，索尼娅司令邀请众人到办公室交谈，她否决了警备队直接协助众人的可能性，但是提醒大家如果独立王国的合法性受到了动摇的话，警备队将保持中立。众人决定去米修拉姆寻找艾莉归队和麦克道尔议长。 连续五场boss战，第一场枪兵x2 斧兵x1 魔兽x3，魔兽弱水火属性；第二场枪兵x2 斧兵x1 魔兽x4，第三场枪兵x2 斧兵x1 魔兽x3 ，第四场魔兽x3， 赤狮 x1，赤狮弱土属性，第五场枪兵x2 斧兵x1 赤狮x2 ，冲进房子之后，进入最后的战斗，是三台机甲，一大两小，战胜之后解救出来最后的艾莉以及麦克道尔议长。
大家决定先通过议长通过导力网络发表演讲来瓦解国防军的军心为后面的反抗战斗提供便利，之后大家可以在飞船上进行相应的队伍编组。后期需要特定的队伍编组。人偶工房传来消息，关闭月之僧院、星见之塔两处的大钟共鸣也许可以解除克洛斯贝尔的结界。先前往月之僧塔，打败入口处的机甲可进入塔里。想要进入教堂深处，需要打开两处的结界门取得水晶才能打开进入最后的区域，此两处的结界。第一处需要到达左部入口进入地下墓地，来到最底层自动进行战斗的机甲处，打败机甲；才能解锁左部的结界门；之后在左部深处左边第二个房间可以找到水晶。而右边的门，在上层右部出口进入的废墟花园，中部的强行机甲BOSS作战处才能打开，之后进入右边的结界可以得到另一个水晶。将所有的水晶放置在中间的祭坛即可。到了月之僧院的最深处，见到了小丑肯帕雷拉，与小丑的BOSS决战，小丑一直处于自身魔法反射，此战需要提升防御+魔法反射+普攻，或者将小丑的魔法准备打断，注意不要让缇欧普通攻击，会被反弹。战胜小丑后将钟的共鸣停止。之后来到星见之塔，按照指示分别击破三层的守护骑士即可来到最高层，迷宫不复杂。注意沿途的很多宝箱都是终极装备的获取来源，可以装上回路“探知”。来到最顶层的深处，将两个光玉放置在中间的天平上面打开通往boss的决战道路。与boss钢之圣女的决战。本场战斗无疑是难度最高的BOSS作战。第一阶段，玩家务必长期使用魔法反射和高护盾提升魔法技能来避免被boss的S战技秒杀。当其HP降低到一半以下，其面具会掉落；此时玩家如果被击败也可继续进行剧情。第二阶段的招式和第一阶段一样，玩家可以采取相同的作战策略之后大家停止了两处的大钟和克洛斯贝尔的结界也得以消除，反抗军开始从数条路线开始总攻来为大家进入克洛斯贝尔市区作战提供掩护。 而大家的老熟人约修亚也带着玲和艾斯蒂尔一起赶来支援大家对付终极机甲的行动，而进入市区不久，大家又遇到了数次强力机甲的围攻，之后达德里指挥官赶来救出了大家并且加入众人的队伍，一行人从地下通道来到上层一路回到支援科总部取回了汽车。收到消息雷克特希望大家来到南部的站台交换情报，之后大家进入兰花塔。兰花塔一开始玩家只能从21F到30F进入，沿途会有不少的魔兽；而一些结界则需要通过打开指定的开关才能通过。而且平台上会有闪电会消耗人物的HP和EP，必须要注意一下，之后两个大机甲成功被援兵摧毁，而大家也来到塔顶见到了迪塔总统与之进行决战。迪塔总统驾驶终极白色机甲开始与众人决战，进入boss战。由于boss的战斗可以完全破物理防御魔法，所以可以准备魔法反射来反弹BOSS的伤害，之后幕后黑手暴露，原来之前的伊安律师和贝尔才是幕后的所有策划者，而平地而起的碧之大树将是最后的决战之地。建议再次进行完整的补给来确保后面游戏的顺利进行， 碧之大树的分叉比较多，但是仍然是一条路居多；总体不是太复杂，注意沿途其特殊颜色的宝箱，打败里面的魔兽可以获得高级属性的晶石和终极装备。
进入碧之大树，建议将莉夏和瓦吉代入队伍方便以后进入结界。这里注意两件事就够了：第一，宝箱尽量都开，好药、好装备、好回路、机关钥匙之类的。第二，遇到机关能开就开，岔路有，但是不会太绕远，而且会有箱子作为补偿。①进入色之领域队伍里需要有丽霞。②进入象之领域队伍里需要有瓦吉。③进入业之领域队伍里需要有兰迪。④进入戒之领域队伍里需要有罗伊德。只需要在PT中即可，不需要是出战成员。当然你也可以临时回到飞船进行队伍重组。 第一个结界，象之领域， 该领域无数的雷电会消耗玩家的EP，但是迷宫并不复杂；最后的区域需要玩家使用攻击打破碎石才能进入, 之后则是与魔人瓦鲁多的决战。本BOSS战斗则是简单的全体物理防御提升，而之后先解决两边的杂兵在集中围攻BOSS即可. 第二个色之领域，这里需要不断的变化水晶打开前进的道路；玩家随便乱走也能到达最后的boss战区域后则是与谢莉的决战。各位玩家要装备上即死的装备--神圣之链，其他很容易。 之后是很长的一段路，进入到大树的内部，第三个区域是业之领域，之后则是与西格蒙德的决战，在其引诱下兰迪没有迷失自我。这次的战斗和以前的策略一样，玩家注意多使用爆发集中力量几个回合打趴下该对手即可 。最后一个则是戒之领域。这个也很简单，分别开启特殊宝箱打败里面的魔兽取得银色，金色，铜色，黑曜石的门钥匙，打开四层通道进入最后的战斗。亚里欧斯将这一切发生的缘由和所有内幕和盘托出，以及罗伊德哥哥的死亡细节，原来真正的凶杀是伊安律师。下面就是是与风之剑圣的最后决战。与亚里欧斯的战斗则是让艾莉和缇欧在后面加血加提升闪避的属性，而罗伊德和兰迪则是肉盾车轮战一样的吸引其作战目标；重复慢慢耗死他。同时也要注意加强你的物理防御避免被秒杀。
众人来到控制琪雅的最终地点，玛丽亚解释了碧之大树的真正目的，就是改变时空改变因果从而创造一个完美的世界，操控因果律。。。之后则是与玛丽亚的决战，这算是最难的一场。玛丽亚只释放S战技和魔法攻击，而且玩家的作战环境被孤立到四个点。所以玩家迅速集中，之后将自己的魔法防御和物理防御不停的加到最高，并且使用魔法反射抵御其疯狂的攻击。之后琪雅在玛丽亚刺激之下化身为疯狂的怪物，碧之神与大家进行最后的战斗。第一阶段下，招的小怪如果没有一次被秒掉的话会触发boss无限时空循环回血，所以这一战比起boss来如何一次性秒掉4只杂鱼成了重点。否则神会不断的使用时间轮回吸收残余的杂兵恢复血量，清掉小怪之后就是一只沙包，随意蹂躏即可。第二阶段则讲究高速度，boss血厚速度快，还附加各种打断技和消灭技，玩家一定要全程开动爆发状态快速用最强大的战斗技能杀死boss，拖延太久会被神的超级爆发终极技能全部秒杀（一旦到这一步，之前最好准备土人偶，至少保证留下一个活口）。通过卡boss的无神无虚这一技能来限制boss的输出，有防禁魔的队员发动小魔法来吸引boss使用技能。反复如此就可以安全顺利的对boss进行输出，同时削减boss血量。最后，罗伊德发扬自己的老好人风格，冲进虚幻世界中救出了琪雅，也遇到了死去的哥哥；大家带着受伤的同伴逃离了大树，伊安律师被打成了重伤，而贝尔决定接受结社的邀请，成为使徒。
然而最终克洛斯贝尔陷入了帝国的占领，下一部作品的舞台转到了帝国，真正的“幻焰计划”即将登场。
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