Legion个人任务：
与Legion对话得知，异教徒研制出了一种病毒，可以让所有的Geth都认为为Reaper服务是正确的。Legion需要到异教徒的基地去消灭病毒。
前往The PhoenixMassing星云The Sea ofStorms星系
到达空间站后Legion说除了摧毁空间站外还可以把病毒重新改写，让异教徒不再追寻Reaper。对话可以选择。
来到空间站，发现这里的Geth大部分处于休眠状态，只要不触及地板绿色部分，Geth就不会攻击。
前进至这里，Legion会开始上传数据，此时要坚守阵地。
守住后，Legion还会问一次Shepard是要摧毁病毒还是把异教徒的程序改写。决定之后，要在规定时间内返回Normandy。
Legion个人任务结束。
回到飞船，看到Tali正用枪指着Legion，指责Legion扫描了Tali的数据，并且要传给Geth。此处说服技巧高科技化解纠纷，否则只能支持一方。
再次打开地图，Joker说IFF已经装好了，但是EDI说IFF导致其他系统不稳定，需要进一步测试。于是Shepard乘坐穿梭机进行下一次任务。
Normandy上，Jorker还在和EDI争执飞船是否有异样的时候，一艘Collector飞船出现了，EDI说IFF上有病毒，并且把飞船的防御系统解除了。Collector已经强行登陆了飞船，如果想就Normandy的话，必须要Jorker到AI Core，解锁EDI被封锁的数据。
此时控制Joker，沿着地上红色信号灯前进。
Joker来到AI Core让EDI接受飞船，此时，EDI又希望Joker到引擎室重启引擎。Joker抱怨说，你又要我去爬来爬去了。结果EDI开玩笑说；我就喜欢看人类爬行的样子。（AI讲笑话好冷。。。）
Joker重启引擎后，EDI说我将启动引擎开启封闭藏，这样所有的入侵者都会被甩出去。Joker问船员怎么办？EDI说船员都被带走了。。。
Shepard回到Normandy，得知情况后，Miranda责怪Joker让EDI控制了飞船，此时EDI说，我仍然是受到规程限制的，即使没有限制，你们是我的舰友，我不会背叛你们的。
最后Miranda让Shepard去Omega 4 Relay。
最终Boss
前往Omega星云,使用Omega 4 Relay。来到Collector基地附近
经过激战后，Normandy迫降在Collector基地上。
此时要给队员分配任务，指派的人员关系到对应队员的生死。首先在飞船上要指派一个人去开门，一个人领导火力分队。
进入基地，要在规定时间内为开门的队友打开阻挡他前进的阀门，一共有8个开关，都在前进的路上。
如果顺利的话，所有队员都会进入基地大门。发现Collector把抓来的人类都放在了容器里，融化之后，通过管道传到基地中心。此时可以救出部分船员。
EDI说要前进到基地中心必须经过一个被Seeker Swarms覆盖的通道，而Mordin研制的抵抗措施无法同时抵御这么多Seeker。
Samara建议说可以用生物力场（Biotic Field）来抵御。此时要选择释放力场的人、带领火力小队的人以及护送船员回去的人。
继续前进，注意留在生物力场以内。
如果顺利的话会没有人伤亡。到达目的地后，EDI说Collector正在想方设法开门，此时选择一个2个队友进行最后的决战。
前进到最深处，发现原来Collector抓走人类的原因是为Reaper建造一个人类Reaper（Human-Reaper）。Reaper其实是一个机械和有机体的混合生物，每一个制造出来的Reaper都与其提取的有机生命体相像。
最终决战，要射击途中发亮的部位
把Human Reaper打下去以后，Illusive Man传来通讯，希望Shepard不要炸毁基地，而是放射一种电磁脉冲，杀死基地里的生物，而使基地的设备完整。此处玩家自己选择，此处的选择应该会很大地影响到3代的剧情。
就在Shepard要撤离的时候，Human Reaper居然活了。。。瞄准它的眼睛或者心脏攻击，最终Boss其实很简单。
击败后就观看动画吧。。。
最后一幕是Reaper的舰队正在向银河系驶来。
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